留守巴蜀
汉元年（前206），刘邦、韩信率领大军向东进击，萧何作为丞相留守在巴蜀之地，安抚百姓，整治机构，并负责给前线军队补充粮食和兵员。
很快，刘邦便占领了关中的“三秦”之地。
接着，他让萧何坐镇关中，辅佐太子，管理栎阳[13]，自己则继续领兵向项羽领地的都城彭城进发。
萧何接受命令之后，安顿好巴蜀事务，快马加鞭奔至关中，继续开展后勤保障工作。他在赴任途中看到关中地区因为连年的战争，已经民不聊生，满目疮痍，地里没有庄稼，街上没有小贩。他意识到，当前最重要的工作是安抚好百姓，尽快恢复农业生产，只有这样才能保证前线的军粮和兵源补充。
于是他马上下令，重新建立各级政府机构，快速恢复政府的管理功能，推倒遭到破坏的建筑，重新修建城墙、宗庙等建筑。除此之外，他还对百姓施以恩惠，安抚民心。
在萧何的整治之下，关中地区局势逐渐稳定，百姓的生活和生产也渐渐地走上了正轨。刘邦攻打彭城的过程异常艰难，好几次大败而逃，几乎全军覆没。多亏萧何源源不断地从后方运来兵员和粮草，才使得刘邦得以重整旗鼓，屡败屡战。
萧何的办事能力赢得了刘邦的信任，于是刘邦便让萧何全权处理关中事务。有时候，萧何来不及请示便根据具体情况自行定夺，等到事后再报告给刘邦，刘邦不但不怪罪他，还总是对他大加赞赏。
汉三年（前204），刘邦和项羽在荥阳展开了拉锯战，刘邦好几次派使者到后方去慰问萧何。萧何很感动。
他的门客鲍生却对他说：“丞相，大王在外风餐露宿，却多次派人回来慰问您。您可明白大王的意思？”
“难道不是因为我在后方运送粮草有功吗？”
鲍生摇摇头：“大王这是对您生了疑心啊！”
萧何心内一惊：“那依您看，我该怎么办？”
“为了摆脱大王对您的怀疑，不如将您族内可以打仗的青壮年全部送到部队里，这样就可以取得大王的信任。”
萧何连忙依计而行，刘邦知道后，果然很高兴，便不再怀疑他。