解放战争时期：随校迁回广州石牌继续任教
1945年底，中大迁回广州石牌原址。曾昭琼随校迁回广州后，被安排住在石牌教授住宅区松花江路10号。[21]1946年度，时任校长王星拱不仅延聘了王亚南、薛祀光、梅龚彬以及曾昭琼等教授，而且在全国各地陆续聘来了一批知名学者以充实师资。1946年夏，曾昭琼接替薛祀光出任法律学系主任一职，同时兼任司法组主任。与此同时，法律学系新聘何襄明、何炳梁两名教授。1946年度法学院共有教授31名、副教授5名、讲师8名以及助教6名，可谓青年才俊云集、人才济济。[22]
自担任法律学系主任以后，曾昭琼自觉责任重大，除了忙于学院行政事务外，他平日若有闲暇便召集同在中大求学的湖南临武籍学生到家里相聚，关心后辈的生活和学业。为促进学生主动探究学问，法学院鼓励学生组成自治型学术团体。[23]据资料显示，法学院设有法律学会、政治学会等由师生共同组成的群众性学术组织。[24]1946年12月23日，为了指导学院各学会的工作，时任法学院院长萨孟武教授曾召集各学会负责人开谈话会并请各系主任参加指导。[25]会后，由曾昭琼指导的法律学会率先响应，于1947年2月5日邀请国民政府司法行政部次长谢瀛洲博士到学院举行关于中国宪法问题的学术讲演。[26]
在各学系的负责人中，经济学系主任彭尘舜教授于1944年8月到职，社会系主任龙冠海教授和法学院院长兼政治系主任萨孟武教授均是1946年8月到职，相较而言，身为法律系主任的曾昭琼是四人中在中大时间最长的，对学院的情况也最为熟悉。[27]也许正是出于这个原因的考虑，1947年初，须萨院长参加的学校教务会议，若其事务繁忙而无法顾及，多由曾昭琼代为出席。[28]1947年5月中下旬，身为国民参政员的萨孟武须赴南京出席参政会议，在此期间院务由曾昭琼代理。[29]然而，一场风暴正在酝酿，暗涌浮动，一触即发呼。
在参政会会议召开期间，震惊全国的“五二○”事件发生。为响应平津京沪学生“六二”反内战、反饥饿号召，同学们决定举行游行。[30]1947年5月31日，来自国立中山大学、广东国民大学、广东文理学院、国立中山大学附中等学校的学生3000多人，举行示威游行，被称为“五卅一”运动。[31]法学院是该次学潮的漩涡中心，被捕教师和学生亦以法学院人数为最多，包括梅龚彬夫妇以及章导、彭芳草等教授。镇压过后，法学院学生并未退缩，继续成为推动学潮的主力军。1947年6月10日，法学院法律学系和司法组的同学，为了抗议国民党“毁法”“乱法”，揭露当局的残暴和无耻，在孙中山先生铜像前集会，铜像上贴“六法千古”四个大字以及二尺见方的“为焚烧六法全书哭孙中山总理铜像文”，同学们悲愤地宣读完祭文，并将六法全书及祭文付之一炬。[32]
关于本次学潮，曾昭琼本人虽未留有文字或向后人述及，但鉴于他当时既是法律学系主任同时又兼任法学院代理院长，学潮发生时应由他负责应对。对于学潮过后，6月中下旬萨院长赶回学校后即将学潮的后续事宜转交经济学系主任彭尘舜教授处理一事，有学者猜测，也许是由于萨院长不满曾教授未能阻止同学们焚烧六法全书而心生芥蒂。[33]但在本次学潮中，薛祀光选择挺身而出，运用其在法律界的声望和国立中山大学教授会会长的名义，迫使当局释放进步人士，他亦为此被当局列入黑名单，后于1948年被迫离开服务了20年的中大法学院。[34]薛曾二人一向交好、亲如兄长，薛祀光的这一举动无疑对曾昭琼产生极大促动。对此，曾昭琼于1952年自填表格《教职员履历表》中的陈述可以作为佐证，他在该表“参加社会工作以来的重要社会关系”一栏提到三个人，其中，薛祀光是他提到的法学院同事中的唯一一位，在“其政治面目对你影响”一项中，提到薛祀光对其的积极影响。[35]另外，上文曾提到的梅龚彬，在学潮过后即被当局立刻解聘。正是由于薛祀光与梅龚彬的影响，以及爱护学生的赤诚之心，使曾昭琼对“五卅一”事件中同学们的遭遇产生油然而生的同情与愤慨，亦使他的思想从相对保守走向进步。(https://www.daowen.com)
紧接着，又一个新的学年开始，1947年度曾昭琼继续担任法律学系主任。1947年11月14日，他出席学校1947年度第二次教务会议，并在会上报告了法院书记官考试阅卷暨准备上课、住宿及开支考试费用等事宜。[36]同月25日，法学院依据补考办法第三条的规定“科目任课教员本学期已离校者由院另编定公布其补课时间”，对已离校教员负责科目进行了补考。[37]1947年12月中旬，为发扬学术研究风气，法律学会（学生社团）决定在该学期内须举办学术壁报、演讲讨论会和出版法律学报等计划。[38]为了支持学生们的工作， 1947年12月23日上午，曾昭琼身先士卒应邀为该学会举行第一期讲座，讲演题目为《进化的犯罪》。[39]在教学以外，曾昭琼专注研究。早在坪石时期便筹备复刊的《社会科学论丛》，终于在1948年4月出版新的一卷，其中刊登了曾教授的新作《刑法上的个人保护及社会防卫思想》。[40]不过，《社会科学论丛》虽计划为季刊，却因经费困难，最终只出了这一期。[41]
1948年初，应由时任法学院院长萨孟武参加的学校行政会议多由曾昭琼代为出席。[42]虽学校续聘萨孟武继续担任1948年度法学院院长，但由于时局关系，他应聘未到，中大法学院院长一职久悬。据资料显示，此时萨孟武早已应台湾大学之聘，从广州启程赴台，于1948年9月出任台大法学院院长 [43]。获悉这一消息后，1948年8月起学校请曾昭琼暂代法学院院务。[44]与此同时，共事多年的薛祀光亦被迫离开中大法学院。也正是在这个时候，曾昭琼选择参加革命。据《关于更改曾昭琼同志参加革命工作时间的决定》［中共中南政法学院委员会文件院党字（89）第27号，1989年12月6日］文件所载，曾昭琼参加革命工作时间 [45]被更改为1948年8月。关于确定和更改新中国成立前干部参加革命工作时间的工作是一项非常严肃的政治工作，申请人须向所在单位提出申请，阐明更改理由，并提供有关线索。虽然笔者无法获悉曾昭琼当年所提交的材料，但1948年8月前后正是广州爱国民主协会（又称“广州地下学联”）最为活跃的时期，[46]且广州解放后，地下学联成员大部分转入了中国新民主主义青年团。曾昭琼本人曾自述系新民主主义青年团成员反推，他很可能于此时参加了广州地下学联。
1949年1月下旬，南京国民政府宣布迁粤，一时币值狂跌，通货膨胀严重。象牙塔内外一片混沌，教职员的生活极其困难。在此时局动荡、人心浮动之际，须曾昭琼参加的学校教务会议，他从不缺席。[47]1949年3月初，曾昭琼担任1948学年度第二学期校训育委员会委员。[48]5月，杭州、武汉、上海相继解放，胜利的曙光正在降临。据曾昭琼哲嗣曾良昆先生回忆，1949年新中国成立前夕，在四叔曾昭玕的动员下，父亲曾出面保护和支援进步师生，亦参与了中大护校运动。曾良昆的四叔曾昭玕是共产党员，后改名曾方，毕业于国立中山大学法律学系，新中国成立后曾任湖南郴州师范学校校长。查阅曾昭琼1952年自填的《教职员履历表》，笔者发现在“其他主要成员”一栏所填的三人中，其中之一正是“曾方”，当时他28岁，是中国共产党党员，与曾昭琼是兄弟关系，在临武县人民政府文化馆从事文教宣传工作。[49]但滚滚历史长河，当年的更多细节，我们已经无从知晓。
1949年10月14日，广州解放。时年37岁的曾昭琼在与中大共同度过了近十年艰难岁月后，选择留守。