枪杆子里面出政权
为了在革命的低潮中鼓舞人心、凝聚士气，1849年2月15日，恩格斯在科隆工人联合会委员会议上提议，为纪念法国二月革命一周年组织一次宴会，得到了委员们的赞同。2月24日，宴会召开，两三千人加入进来，恩格斯为正在进行民族解放斗争的意大利人和罗马共和国举杯祝酒。3月19日，为纪念柏林三月革命一周年，更大规模的宴会在科隆举行，吸引了五六千人前来。主席台上挂着象征共和的黑红黄三色旗和象征革命的红旗。恩格斯提议为巴黎六月起义的战士们干杯，这次宴会的祝酒辞不啻为一篇将革命进行到底的宣言书。
3月28日，经过长时间的辩论，法兰克福国民议会终于通过了一部新的帝国宪法，规定德国是一个将奥地利排除在外的、由普鲁士领导的世袭帝国。尽管这部宪法表明资产阶级向封建贵族极大地妥协和退让，但毕竟是德国第一部带有资产阶级性质的宪法，力图维护德国的国家统一和主权完整，让人民享有一定的民主自由权利，有利于资产阶级立宪制度的逐步推行。就此而言，这部宪法具有一定的进步意义。但是，普鲁士各邦的封建统治者拒不接受这部宪法，这部“无辜的可怜的作品”被认作革命的共和主义者的极端产物。普鲁士国王威廉四世甚至拒绝接受帝国皇位，称它是“从街上捡来的王冠”。恩格斯在《新莱茵报》评论说：“国王狠狠地打了法兰克福国民议会一记耳光，并把奉献给他的那顶幻想帝国的虚假皇冠轻蔑地当面掷还给它。”
4月中旬，为筹措《新莱茵报》的资金，马克思去了威斯特伐利亚，恩格斯再次代理总编辑的职责，并密切关注局势的发展。5月3日，保卫帝国宪法的武装起义首先在萨克森王国首府德累斯顿爆发，2500名起义者与政府军队激烈搏斗了四个昼夜。普鲁士王国的起义首先在莱茵—威斯特伐利亚工业区爆发，主要由小资产阶级民主派领导，在佐林根、杜塞尔多夫等地发生了激烈的巷战和街垒战。5月9日马克思回到科隆，而当天在恩格斯的故乡爱北斐特也爆发了武装起义，革命军肆意倾泻着不满情绪，攻占了监狱，驱散了市政府，甚至破坏了市长的住宅。恩格斯明知这场战斗最终获胜的可能性微乎其微，但还是决定离开职场走上战场。5月10日，恩格斯离开科隆前往爱北斐特。途径佐林根时，当地工人还送给他两箱子弹。
5月11日，恩格斯到达爱北斐特，为了避免与小资产阶级民主派发生分歧矛盾，以维护帝国宪法运动的大局，恩格斯向安全委员会报告了科隆的局势，表示只进行军事方面的活动，不涉及任何政治。78年后的1927年，在中国湖北汉口召开的八七会议上，毛泽东同志说过一句非常著名的话：“要非常注意军事，须知政权是从枪杆子中取得的。”恩格斯曾有炮兵部队参军经历，一生都对军事学非常痴迷，他大概比毛泽东更早地知道“枪杆子里面出政权”的道理。爱北斐特安全委员会直属军事委员会授权恩格斯检查城内全部街垒，并指导建筑防御工事，又于次日授权他自行斟酌安装大炮。恩格斯一一照办，组织了工兵连，指挥改造原有街垒，并于要紧处增设了许多新的街垒。
5月13日，恩格斯身披红色军官肩带，检查连接爱北斐特和下巴门的哈斯佩列尔桥的防御工事。结果，他劈头遇到了正要去教堂做礼拜的父亲。父亲极其惊愕，继而万分盛怒。父子俩在桥上的对峙极具象征意义——一个是在巴门和爱北斐特全城享有极高声誉的市民、全教区里最虔诚的资本家父亲，另一个是在欧洲无产阶级阵营中享有极高声誉的革命者、“完全像丹东—罗伯斯庇尔”一样的儿子。父亲满心希望儿子能够成为一名成功的资本家，但儿子却最终成为一位最令资本家胆寒的共产主义者。父亲认为恩格斯在家乡筑起的街垒、发射的子弹最终就是要置像他一样的资本家于死地，这个儿子已经无可救药，发誓不会再给他一分钱。
5月14日，像恩格斯父亲一样恐惧的爱北斐特资产阶级作出决议：我们对近来居住在科隆的巴门公民弗里德里希·恩格斯迄今在本城所进行的活动予以充分公正的评价，但是还是请求他今天就离开本城区，因为他的逗留可能引起对运动性质的误解。资产阶级像害怕瘟疫一样害怕恩格斯，生怕他掌握武装起义的领导权甚或建立红色共和国。这一决议引起了正在战斗中的武装工人和支援部队的强烈愤怒，他们请求恩格斯留下来，承诺用自己的生命保护他。恩格斯为了顾全革命大局，不因自己的原因使起义队伍发生分裂，在做完说服工作之后于15日离开了爱北斐特。在返回科隆的途中，恩格斯还组织了一起小规模的袭击军械库的行动。16日，恩格斯回到科隆。17日，恩格斯在《新莱茵报》上发表了关于爱北斐特起义的详细报道，对支持他的工人和战士表示衷心感谢，并表明他永远坚定地支持无产阶级革命运动：
让那些对我们的编辑表示如此深厚的情谊和如此依恋不舍之情的贝尔格和马尔克的工人记住，现在这个运动只是另一个更重要千百倍的运动的序幕，在那个运动中涉及到的将是他们工人切身的利益。这一新的革命运动将是现在这个运动的结果，而只要这个新的运动一开始，恩格斯便会——这一点工人们可以相信！——像“新莱茵报”的所有其他编辑一样，立刻出现在战斗岗位上，那时世界上再也没有任何力量能使他离开这个岗位了。
恩格斯离开家乡后，爱北斐特连同莱茵河其他地区的起义都以失败而告终。就在恩格斯5月16日回到科隆的当天，马克思收到了24小时内被驱逐出境的通告。一天之后，恩格斯也收到了逮捕令。科隆警察局称以马克思为首的《新莱茵报》编辑委员会全部属于最不受约束的社会民主党人，《新莱茵报》的所有编辑都在逮捕之列。形势急转直下，危急存亡的时刻来到了。恩格斯后来回忆说：我们不得不交出自己的堡垒，但我们退却时携带着自己的枪支和行装，奏着军乐，高举着印成红色的最后一号报纸的飘扬旗帜。
《新莱茵报》最后的绝唱到来了。5月19日出版了最后一期，通篇用红色的油墨刊印，象征着革命精神永不停息，共发行了两万份。刊头是致工人阶级的告别书：“‘新莱茵报’的编辑们在向你们告别的时候，对你们给予他们的同情表示衷心的感谢。无论何时何地，他们的最后一句话始终将是：工人阶级的解放！”在第一版中间位置，在伦敦避难的编辑弗莱里格拉特为终刊写了《〈新莱茵报〉的告别词》：
别了，战斗的惊雷。
别了，亲爱的战友
以及被硝烟玷污的原野。
别了，利剑与长枪。
别了，但不是永别。
他们消灭不了我们的精神，兄弟们！
当钟声一响，我将重获新生，
我将立即披甲返程！
在多瑙河与莱茵河上，
穿过我们的呐喊，
通过我们的利剑，
我将从起义者中间徐徐走来。
战野之上，那场永不停息的战斗
将继续反抗不公，追寻正义，鲜活依旧。
《新莱茵报》耗尽了马克思的全部家财，为了偿还巨额欠款，他变卖了所有的财物，甚至是在德国收藏的所有书籍。此时他的夫人燕妮带着三个孩子在特里尔，马克思和恩格斯一起离开科隆前往法兰克福。恩格斯在1884年《马克思和〈新莱茵报〉》一文中说：“没有一家德国报纸——无论在以前或以后——像‘新莱茵报’这样有威力和有影响，这样善于鼓舞无产阶级群众。而这一点首先归功于马克思。”
《新莱茵报》的停刊象征着马克思和恩格斯在革命浪潮中被迫后退，然而他们随即希望通过一息尚存的护宪运动重新前进。5月20日和21日，马克思和恩格斯在法兰克福向德国国民议会的民主派议员提出，希望他们领导德国西南部的护宪运动，把硕果仅存的巴登和普法尔茨的革命军召集到法兰克福。然而，议员们“既没有勇气和毅力，也没有才智和主动精神”，他们根本不想参加或领导因这个帝国宪法的实施而开始的运动，对马克思和恩格斯的提议无动于衷。他们只得继续上路，寻找革命的希望。23日，他们来到巴登首府卡尔斯鲁厄，路途中他们看到位于曼海姆和路德维希港的起义军面临坐以待毙的局面，因而他们向巴登临时政府首脑布伦坦诺提出了同样的建议，但同样遭到拒绝——小资产阶级民主派只看重地方的“安宁与秩序”。24日，他们又来到普法尔茨首府凯撒斯劳滕，结果遇到了同卡尔斯鲁厄一模一样的情形。
无奈之下，恩格斯陪伴马克思前往宾根，燕妮和孩子已经从特里尔来到那里，等候着马克思全家团聚。途中，马克思和恩格斯被怀疑参加武装起义，遭到黑森军队的逮捕，被押解到达姆施塔特，随即被转运到法兰克福，最后因证据不足而获释。辗转到达宾根后，马克思同恩格斯分别，与全家人一起前往巴黎。恩格斯则留在德国。6月6日，他看到了普鲁士发布的关于自己的特别通缉令，这份通缉令不仅在报纸上公布，还在莱茵河流域四处张贴布告，各边防检查站也在紧锣密鼓地严密盘查，一经发现立即逮捕。恩格斯在绝望中激发了革命斗志，他打算作为一名浴血沙场的战士，“在这个运动中占居《新莱茵报》唯一能占居的地位——士兵的地位”，在巴登—普法尔茨战场搏斗冲杀，亲自谱写这场护宪运动最后的绝唱。
普法尔茨与普鲁士之间的战斗打响了。普法尔茨临时政府宣布脱离巴伐利亚王国，而普鲁士则与萨克森、汉诺威、巴登结成同盟，双方军事力量对比悬殊。而此时莱茵河地区爱北斐特、佐林根、哈根等地的起义已经失败，因此普法尔茨起义面临孤军奋战的境地。起义部队主要由正规军、市民自卫团和志愿军组成，共产主义者同盟成员奥古斯特·维利希指挥其中一支起义小部队，恩格斯作为一名步枪手担任维利希的副官。尽管这支部队人数不到一千人，但恩格斯称他们是全普法尔茨最可靠的士兵，因为他们的主力是由参加过巴登起义的工人组成的“贝桑松连”。1848年底，维利希曾在法国贝桑松集结战败的巴登黑克尔起义部队，连队因此得名。恩格斯完成了很多艰巨的任务，如为部队筹集武器弹药、寻找战斗中失散或掉队的战士，甚至亲自指挥了“贝桑松连”好几天。
恩格斯在此期间参加过四次规模较大的战斗。第一次是6月17日的林塔尔战斗，这是维利希军团掩护普法尔茨起义部队回师巴登途中的一次遭遇战。恩格斯指挥侧翼部队夺占高地，以便与另一侧起义部队完成对敌包抄。但是恩格斯刚登上荆棘丛生的山坡，就发现面前是一片开阔地，对面的普鲁士步枪手从丛林里向他们猛烈射击，中间毫无掩蔽的200米地带根本无法通过。恩格斯的部队就这样在极其不利的地形下坚持了半个多小时。但是，另一侧负责包抄的上尉因急躁冒进而中弹重伤，结果原本坚守阵地的战士溃退下去，导致恩格斯的部队在敌人的火力下暴露无遗，也只得且战且退，最终整个高地全部落入普鲁士军队之手。
第二次是6月21日的卡尔斯多夫战斗，恩格斯的部队担任普法尔茨起义军的前卫阻击敌人，并遭遇到一个营的普鲁士军队。恩格斯勇猛大胆地冲锋陷阵，但是他们的士兵却临阵惊慌了。恩格斯十分恼火，后来回忆说：“尽管我这时由于看到我们的士兵都被吓得象小孩子一样心惊胆怕而感到很气恼，可是我觉得普鲁士人非常可怜，他们虽然预先得知我们来临的消息，但是却放了几枪就停了火，也是慌慌张张地退走了。”身先士卒的恩格斯险遭不测，以至于他的战友们以为“他完了，我们不会再看到他了”。但是普鲁士军队的枪法也不高明，双方的表现都很糟。这两次战斗使起义部队从三万多人锐减到一万三千多人，他们只得退到牟尔克河畔的拉施塔特城堡，并与四倍于己的敌人进行了最后的决战，巴登—普法尔茨起义的最终命运也是在此一战。
6月28日，恩格斯参加了第三次战斗。此时恩格斯原来的部队被编入右翼第一师，维利希任师参谋长，恩格斯依旧担任维利希的副官，共产主义者同盟的莫尔也在其中。起义军前卫部和敌人隔着牟尔克河的峡谷，在两侧的斜坡上猛烈地进行对射，最终在常备营的增援下赶跑了敌人。第二天，恩格斯参加的第四次战斗打响了，这也是最激烈的一次，普鲁士军队沿着牟尔克河向普法尔茨起义军展开全面攻击，恩格斯和维利希率领一连步枪手与敌军第一军团激烈战斗，激战一个小时后敌军开始后退，但随后敌军大股增援部队赶到，双方展开殊死搏斗，共产主义者同盟领导人约瑟夫·莫尔在战斗中英勇牺牲。最后，起义军在极为不利的局势中全面溃退，轰轰烈烈的护宪运动最终宣告失败。
7月12日，恩格斯掩护维利希志愿军280人——这支仅存的普法尔茨起义军——步行200公里退入瑞士境内。由于巴登和普法尔茨的护宪政府毫无作为，这几次战斗都是在敌众我寡、敌强我弱的形势下进行的，均以护宪军失利告终。在恩格斯看来，“最坚定的共产主义者也是最勇敢的兵士”，在战斗中表现出视死如归的英雄气概，“冲锋陷阵的勇敢是人们能够具备的最平常的品质。子弹飞鸣简直是微不足道的小事情”。随着巴登—普法尔茨起义的失败，席卷整个欧洲大陆的革命风暴也归于平息，封建势力在欧洲恢复了统治，并对革命者进行了残酷的迫害。恩格斯再一次回到瑞士，开始了流亡。