国民政府其他机关对海军部权力的制衡
北京政府时期，海军军政、军令分属于海军部、海军总司令部。1927年，闽系以海军总司令部及其下辖的各舰队归附国民革命军，蒋介石仅更换为“国民革命军海军总司令部”，并未设立新的海军军政机构，海军总司令部实际同时负责军政、军令事务。1928年12月成立的海军署并未对此作出改变，由于海军署属于军政机构，海军署的设立实际上是为撤销海军总司令部做准备。1929年2月22日，国民政府国务会议决定：海军总司令部于3月15日前撤销，同时成立海军编遣办事处，负责全国海军的编遣工作。
经过以上的机构设置变动，掌管海军军令的海军总司令部被撤销，到6月1日，海军部正式成立后，海军部仅负责海军军政。1930年2月4日公布的《海军部组织法》，规定了海军部的隶属关系及其权限：
第二条 海军部对于各地方最高级行政长官执行本部主管事务有指示监督之责。
第三条 海军部就主管事务对于各地方最高级行政长官之命令或处分，认为有违背或逾越权限者，得请行政院院长提经国务会议议决后，停止或撤销之。[17]
由直隶军政部改为直隶行政院，海军署在扩署为部过程中，地位提高，与军政部平行。
北洋政府时期闽系集团同时控制着分掌海军军政、军令的海军部与海军总司令部，闽系高层人员可以在两部门之间流动。南京国民政府海军部成立以后，闽系所能控制的仅有海军军政权，军令权则被收归中央。除了北洋政府与南京国民政府因体制不同而在海军部门设置上的差异外，实际上则反映了闽系海军在中央部门权力的收窄。(https://www.daowen.com)
那么，南京国民政府时期究竟是谁掌控了海军军令权？1942年6月，陈绍宽在一次海军讲话中给出了答案：“海军部直隶于行政院，掌理全国海军行政事宜；海军军令部分则隶属于军事委员会。”[18]而根据1932年3月11日国民政府公布的《国民政府军事委员会暂行组织大纲》规定，“国民政府军事委员会直隶国民政府，为全国军事最高机关”，“关于军令事项，由委员长负责执行”。因此，长期担任国民政府军事委员会委员长的蒋介石掌控着海军军令。
闽系虽名为“中央海军”，但由于不是蒋介石的嫡系，因而，蒋介石在政府部门权限设置上对海军部多有限制，以期达到对闽系海军部的制衡。
一是军政部。虽然海军部在地位上与军政部平行并同隶属于行政院，但毕竟海军部的前身海军署隶属过军政部，因而“海军部虽与军政部地位平行，但经费预算和弹药配补仍由军政部掌握”[19]。
二是参谋本部。1932年9月26日国民政府公布《参谋本部组织法》规定“参谋本部直隶于国民政府，掌理国防及用兵事宜”，“参谋总长综理部务，统辖全国参谋人员、陆海空军大学校、测量总局及驻外武官”[20]。
三是训练总监部。据1933年3月公布的《训练总监部组织法》，直隶于国民政府的“训练总监部掌管全国军队教育及所辖学校教育并国民军事教育事宜”，“训练总监对于全国各军队主管教育长官关于教育上有直接指挥监督之权。”[21]
由上可知，参谋本部掌控全国陆海空军最高学府的统辖权，训练总监部掌管全国军队普通教育之权，海军部的军政权受到了很大的限制。
北京政府原设海军部、海军总司令部分掌海军军令权、军政权，此段时间海军部与海军总司令部均为闽系所控制，因而闽系实际上掌握着北京政府的海军军令权与军政权。南京国民政府成立后，由军事委员会掌握海军军令权，以海军总司令部名义归附国民革命的闽系仅掌握海军军政权。北伐完成后，蒋介石为统一海军军令、军政权，设海军署，隶属于军政部，同时取消海军总司令部。闽系海军为保持自身独立性，力争设立海军部。海军设部之争实质上是闽系与蒋介石对海军军政权的争夺。争夺的结果，一方面是闽系得以实现“扩署为部”，从海军部及其附属机构的人员构成上也可以看出，海军部为闽系海军的天下；但另一方面，蒋介石取消海军司令部，实行军委会、海军部分掌海军军令权、军政权的新举措，从体制上根本改变了闽系独掌海军大权的局面。即使对由闽系控制掌管海军军政权的海军部，蒋介石亦从国民政府其他机构的权力设置上对其进行制衡。海军权力分配的新格局直接影响了接下来海军的统一。因闽系海军实现了设部的愿景，接下来闽系仍以中央海军的姿态着手进行统一海军的举措。