清宫砚台的整理
（1）按照等级重新装箱
在清点藏砚时，弘历发现宫廷藏砚的等级分类有很大一部分不符合自己的心思，于是下令让造办处“广木作”等相关部门将鉴选过的砚按不同等级进行了重新分类，并加以集中装箱。其分类标准是以汉代砖瓦所制的陶质砚为尊，其次为石砚，再次是玉、瓷等。又有仿古各式，是作为“乙夜披章，淋漓丹墨”实用砚台的陪衬。
对于汉瓦砚，弘历决定用红雕漆箱盛装精品。例如他要求原藏乾清宫的瓦砚三方，即汉未央宫东阁瓦砚与铜雀瓦砚一、铜雀瓦砚二配匣盛装，并令苏州织造舒文新制雕漆盒四件，刻“大清乾隆年制”款，盒面由翰林题写“古陶三友”四字。漆盒样式由宫内提供。当年年底，新制红雕漆盒送到，安放于养心殿内。
对于次一等的宋代端砚，弘历要求对原箱进行重新配屉。乾隆四十二年（1777）十一月，弘历传旨将一对雕红漆长方箱之内各式古砚三十方进行配屉盛装。这三十方古砚皆为入“谱”精品。有关机构于是设计了“每箱配三屉样，每屉盛得砚五方”的布局方式，得到了皇帝的批准。
不仅如此，皇帝还对每方砚台都有一定的要求：如苍雪庵凤池砚一方配钟式漆盒，太平有象砚配制长方漆盒，余剩十五方俱配紫檀木盒，将新配长方盒并旧有未嵌玉长方盒各嵌玉一块，其随形砚盒并漆盒俱不嵌玉。
另有嵌玉、画雕花纹、交懋勤殿刻字等步骤，最终分别交养心殿、乾清宫摆放。
同月，内廷交给造办处原存乾清宫洋漆长方箱一件，内盛观象唐砚等十方，各随嵌玉一块紫檀木盒。皇帝传旨：将古砚十方按次序发往苏州，另配新制红漆雕龙箱，并题“璧水联辉”四字。对于再次一级且艺术性较为平常的砚，弘历下令俱用
（鸡翅）木箱盛装。乾隆四十三年（1778）十月，他让太监一次性交给造办处四十方砚台，计有唐澄泥六螭石渠砚一方，宋吴儆井田砚一方，宋端石重卦砚一方，宋澄泥海涛异兽砚一方以及旧澄泥玉堂砚一方等。他传旨将砚四十方按次序做屉，配 （鸡翅）木箱一对。
对于之前未曾配箱的新制松花石砚与其他砚台，皇帝的要求不甚严格，故而盛装材料也一降再降。例如在乾隆四十三年（1778）十二月，“广木作”收到红丝石风字砚等十方砚台。弘历传旨将砚一方配二层屉紫檀木匣盛装，每屉摆砚五方。然而此匣尚未做完，弘历便直接下令将这些砚台交宁寿宫摆，并吩咐造办处其外套匣不必成做。据《西清砚谱》序，砚谱已于当年春月编撰完毕。相比之前几个批次的砚台整理过程，此次质量较次的几类砚台的盛装过程未免过于草草。我们从中即可体会出皇帝明显的优劣偏好。
乾隆铭澄泥海涛异兽池长方砚
（2）对残损砚台进行修补改制
在对内廷藏砚的清点、归类过程中，人们发现“破”砚占有很大比重，如不经处理便无法继续加以收藏。对这些残缺、损坏的砚，弘历指示进行“收拾”。“收拾”的措施根据砚品破碎程度的不同，主要包括粘补、描金、局部改型、复制重做等。
首先是“刷洗”。它作为最为初级的修补手段往往与“擦抹收拾”同时进行。其次是“收拾见新”。这是对砚的原样做到最小程度的干预，宗旨是“不可去旧意”。此举主要就某些部位不合皇帝心意者，进行增改，如增添花纹、磨去旧字重刻新字，或将砚盒上字并砚底上字俱磨去，或者将砚体进行局部改动。另外还有“补制”，属于“收拾”中的最高层次。这种举措通常是在有盒无砚，需要另外配砚以补充砚囊匣或文具多宝格内有余空间的情况下进行的。主要原因是皇帝对于砚的消耗与缺损问题表示不满，要求工匠们另外制作新砚，以便将前朝缺失的旧砚补齐。所补之砚的样式、图案一如原来盒内旧砚以配成套。由于这些被仿制对象的造型设计图案和字体书写基本有章可循，故而具体实施与完成的速度也相对较快。
清改制“亿年无疆”铭汉瓦当砚
（3）销毁
被弘历归入“毁”砚系列的，主要是那些质量不高且无法使用，已没有必要保留之砚品、砚材。如银、锡等金属砚会熔化后另作他用。
长久以来，关于澄泥砚的烧制技术一直是摆在苏州工匠面前的一道难关。其根本原因在于新澄泥不足够坚硬，因而在烧制试验期间被屡次“毁做”。
乾隆四十一年（1776），相关主办人曾专门就此事询问有经验的砚匠，得到的回答是：
此澄泥砚性软，系新澄泥，颜色旧意成做，用此澄泥加磁面等，毁造经火可坚硬仿旧等情……
虽然此批砚台后来获准制作，但是皇帝尤感遗憾。
不仅是制砚匠人，而且苏州织造舒文也上奏声明：“传做澄泥砚所以坚硬者，系用彼处所出之时成做。”然而皇帝仍传旨于他，要求此次“务必用澄泥做砚”。
结果乾隆四十三年（1778）十月，苏州送到澄泥玉兔朝元砚二份，经由懋勤殿研墨试看，发现这二份新造的砚台仍然“性软掉泥”，还得送回另行烧造。
直到乾隆四十四年（1779），苏州工匠们将新做澄泥砚的砚坯“加宜兴澄泥三成之法”以后，砚台才最终因改变了成分而符合了皇帝反反复复强调的“要坚硬”“俱要成做坚硬”的要求。
澄泥仿汉海天初月砚
从这里我们得知，不断添加成分配比并重新烧制，使得澄泥砚的砚体硬度增加是当时苏州工匠们一直不懈努力的目标。
（4）留作他用或变价出售
按照物尽其用、厉行节俭的原则，某些艺术价值不大但弃之可惜的小件砚材，被收贮入宫中陈设百什件中；某些已经制成但尚需进一步加工的砚台，一般在懋勤殿等处保存或使用，留待日后关注。一些不堪使用的砚材以及天然砚材、砚坯、被换下的砚盒、嵌玉、象牙牌等则分门别类登记造册，并进行收贮，以便日后“有用处用”。至于一些已经无法收拾或破旧严重不堪再用的砚盒、玉石镶嵌、砚台，多交崇文门税关进行变价。