生理学及免疫学时期

1870—1920 年，微生物已经发展成了一门独立的科学，在理论上、技术上、生产上都取得了不少成果。在这个阶段，巴斯德作出历史性的贡献。1857 年他利用曲颈瓶试验证实，空气中确实含有微生物，它们引起有机质的腐败，彻底否定了“自然发生论”。1877 年，巴斯德在研究中发现将病原菌减毒可诱发免疫性，以预防鸡霍乱病。其后他又研究了牛、羊炭疽病和狂犬病，并首次制成狂犬疫苗，证实其免疫学说，为人类疫病防治作出重大贡献。巴斯德还证实酒精发酵是由酵母菌引起的，还发现乳酸发酵、醋酸发酵和丁酸发酵都是由不同细菌引起的，为进一步研究微生物的生理生化奠定了基础。一直沿用至今的巴斯德消毒法也是巴斯德的重要贡献。他不仅在实践上解决了当时法国酒变质的实际问题，而且也推动了微生物病原学说发展，并深刻影响医学的发展。巴斯德是微生物学、生理学、免疫学的奠基人。

继巴斯德之后，德国医生柯赫在病原菌的研究及微生物学实验方法的建立等方面作出突出的贡献。柯赫证实了炭疽病菌是炭疽病的病原菌；发现了肺结核病的病原菌，这是当时死亡率极高的传染性疾病，因此柯赫获得了诺贝尔奖；提出了证明某种微生物是否为某种疾病病原体的基本原则——柯赫法则。柯赫在微生物基本操作技术方面的贡献更是为微生物学的发展奠定了技术基础，这些技术包括配制培养基；利用固体培养基分离纯化微生物；创立了许多染色法，如细菌鞭毛染色法。这些技术仍是当今微生物学研究的重要基本技术。

在巴斯德的影响下，1860 年英国外科医生李斯特创立了消毒外科技术，为防腐、消毒及无菌操作奠定了基础。

俄国的伊凡诺夫斯基在1892 年首先发现了烟草花叶病毒，扩大了微生物类群范围，为病毒学的建立奠定了基础。

微生物生理学建立发展的同时，免疫学开始兴起，我国明代已应用人痘预防天花。18世纪末，英国医生琴纳创制的牛痘苗和巴斯德创制的炭疽、狂犬病等疫苗为传染病的预防开辟了广阔的前景。

人们对抗感染免疫本质的认识，是从19 世纪开始的。俄国学者梅契尼科夫提出了细胞免疫学说，德国的欧立希提出了体液免疫学说。他们从不同角度片面强调了免疫的部分现象，直到20 世纪初才完全确认细胞免疫与体液免疫都是机体免疫的组成部分，两者相辅相成、共同发挥免疫作用。