反对神秘的五行灾异之说

王廷相对于“五行分配十二支于四时”、“以五行配五脏六腑”、“以五行名星纬”、“以五行论造化生人物”等的妄说，都进行了批判。

他从自然科学知识出发，驳斥“以五行分配十二支于四时”，首先指出，寒暑的变化与四季的循环，取决于得日光之多少：得日光多则热，得日光少则寒，与“五气之布无与焉”。其次，四季的每一季之中，均有金、木、水、火、土，如果说“春止为木，则水、火、土、金之气孰绝灭之乎？秋止为金，则水、火、土、木之气孰停留之乎？土惟旺于四季，则余月之气孰把持而不使之运乎？”（《五行配四时辩》）他最后的结论是“书以辩物，数以衍历，历以纪时”（同上）。这里，他把“物”看成第一性，而人为的“书”、“数”和“历”不过用来记录“物”的变化，因此不能离开自然变化来杜撰“书”、“数”和“历”，而“五行配四时”的妄说就犯了这样的错误。

在王廷相看来，金、木、水、火、土只不过是五种物质元素，纬说以之附会于儒家的经典，是荒唐的。和纬说相对立，他从如何利用这五种物质元素为人类服务，来解释《大禹谟》：

“《大禹谟》曰：‘政在养民，水、火、金、木、土、谷惟修’，言六者能修治之，使遂民用，则养生之具备矣。堤防祛害，灌溉通利，水行地中，则水政修矣。出火纳火，钻燧改火，昆虫未蛰，不以火田，则火政修矣。裹蹄泉货，铁冶鼓铸，金政修矣。山林有禁，取木有戒，斧斤时入，木政修矣。画井限田，正疆别涂，高城深池，土政修矣。教民稼穑，播艺百谷，谷政修矣。六政既修，则民用皆足，五者生养万民之功成矣。”（《慎言》卷十）

因此他强调“人定能胜天”的道理，更由此出发猛烈抨击五行灾异的谬说。首先，他阐述自然现象的发生和变化，不受人们意志的支配，根本就不存在着所谓“和气致祥、乖气致异”的必然联系的现象，这从“尧仁如天，洪水降灾；孙皓昏暴，瑞应式多”的事例就可得到证明（见《答顾华玉杂论》五首）。其次他强调只要把握住自然的规律，水旱之灾是可以克服的，这就是明证：“尧尽治水之政，虽九年之波，而民罔鱼鳖；汤修救荒之政，虽七年之亢，而野无饿殍。人定亦能胜天者此也，水旱何为乎哉？”（《慎言》卷十）

对于纬书中的神秘思想和周敦颐的《太极图说》，他也予以批判。

他的看法是“天自是一物，包罗乎地，地是天内结聚者，且浮在水上”（《答孟望之论慎言地是天内凝结之物》），论证是：一、“瓶倒于水而不沉，瓮浮于水而不坠，内虚鼓之也。观此则地所附可知”（《玄浑考》）。二、“观掘一二十丈，其下皆为水泥；又四海环于外方，故知地是水火凝结、物化糟粕而然”（《地是天内凝结之物》）。

这一解释中的合理因素是：王廷相反对了对于天地形成的神秘解释，而从物质本身的变化来加以阐明，但他的解释也包含着局限，亦即重复着一种古老的因袭观念，认为大地“浮于水上”。

王廷相依据当时的地质知识以及他自己的观察所总结出的“地生而后生物”理论和五行家的妄说展开斗争。他说：

“山是古地结聚，观（注意此“观”字）山上石子结为大石可知，土是新沙流演，观两山之间，但有广平之土，必有大川流于其中可知。因思（按：“思”是在“观”的基础上进行理论的概括）得有天即有水、火，……有水则必下沉，水结而土生焉，有土则木生，有石则金生，有次序之实理如此。”（《天是地内凝结之物》）