吕坤对道学的批判
首先应该指出吕坤在学术上的战斗性和独创性。汪永瑞《吕沙随先生祠记》说：
“吕先生之学以自得为宗，不切切训诂，而于古六艺之旨博综贯串，驰骋上下，皆有以穷其旨趣而通其大意，至于天地鬼神阴阳之变，山川风土之宜、兵谋权术、浮图《老子》之所记载，靡不决择而取衷焉，盖合内外之道也。”（《去伪斋集·附录》）
由此可知，吕坤不但不株守道学门户，而且博综百家，加以贯通融会。这种学风，显然已经超出了道学的狭隘天地。不仅如此，吕坤更率直宣布他不属于道学，他在《呻吟语》中写道：
“人问：君是道学否？曰：我不是道学。是仙学否？曰：我不是仙学。是释学否？曰：我不是释学。是老、庄、申、韩学否？曰：我不是老、庄、申、韩学。毕竟是谁家门户？曰：我只是我。”（卷一《谈道》）
在《阴符经注》中，吕坤也表示了同样的态度，他宣称：
“自有《阴符》以来，注者不啻百家，要之不出三见，曰儒曰道曰禅，倚于一则三见皆边也。……余注此经，无所倚著，不儒不道不禅，亦儒亦道亦禅。”（《注阴符经题辞》）
在吕坤看来，三教都不过是各有所倚的“边见”（按：“边见”即偏见。道教北宗的刘处玄在《至真语录》中解释说：“边者不通其理也，见于有而不通其无也，见其无而不通其有也，谓之边见。不著于边见，则通其理也。”），而他自己则以“一中”名学，凭着他所尊视的理性，超越于三教之上。他曾强调说：“此心果有不可昧之真知、不可强之定见，虽断舌可也，决不可从人然诺。”（《呻吟语》卷一《存心》）在当时道学的迷雾充塞学术界的情况下，吕坤这样敢于坚持真知灼见的精神，是具有突决樊篱的作用和进步意义的。
对于方巾阔袖的道学先生，吕坤痛斥之为“伪”和“腐”。“伪”是指他们的言行不一，“腐”是指他们的空谈无用。吕坤自称为“去伪斋”，即意味着砭除这种伪腐的风气。
和南宋永嘉永康学派相似，吕坤认为只有确能建立事功的才是真学问。他认为“冥目端坐，见性明心”是“释氏之寂”，而“只说‘无声无臭’”则是“俗儒之幻”（《去伪斋集》卷七《日用说》），对国对民，二者均无任何裨益。他更进一步指出，不仅当世的道学家只会清谈，就是古来的名儒硕学，也经不住实际的考验：
“儒者惟有建业立功是难事。自古儒者成名，多是讲学著述人，未尝尽试所言；恐试后，纵不邪气，其实成个事功，不狼狈以败者，定不多人。”（《呻吟语》卷四《品藻》）
因此，他把“开口便讲学派，便说本体”的道学玄谈，斥为“痴人说梦”（《呻吟语》卷一《谈道》）。
吕坤深深厌恶学人堕入空谈天道性命的漩涡，《呻吟语》中载有下列一段有趣的问答：
“一门人向予数回穷问‘无极’‘太极’及‘理’‘气’同异、性命精粗、性善是否。予曰：此等语，予亦能剿先儒之成说及一己之谬见，以相发明，然非汝今日之急务。假若了悟性命、洞达天人，也只于性理书上添了‘某氏曰’一段言语，讲学衙门中多了一宗卷案。后世穷理之人信彼驳此，服此辟彼，百世后汗牛充栋，都是这桩说话，不知于国家之存亡、万姓之生死、身心之邪正见（现）在得济否？”（《呻吟语》卷一《谈道》）
把道学描绘为“讲学衙门”中无用的卷案，真是穷形极相的讽刺。
吕坤特别指出，宋儒的道学是极端烦琐的，“议论如茧丝牛毛，绳墨如躧橇缘榷”（《去伪斋集》卷四《答大宗伯孙月峰》），因而他警戒学者说：
“汉儒杂道，宋儒隘道。宋儒自有宋儒局面。学者若入道，且休著宋儒横其胸中。”（《呻吟语》卷四《品藻》）
吕坤也指出，道学的主要来源是禅学，他说：
“晋唐而后，借吾道以酝酿瞿昙；至于今日，又尊西方圣人而卑孔孟。即明道、阳明，皆自禅悟入，艳南（慧）能而鄙北（神）秀。”（《去伪斋集》卷四《答礼部康庄衢》）
因此，吕坤虽然也谈“道脉”，但这完全不同于宋明道学的宗传，如他自己所说：“求道学真传，且高阁百氏诸儒，先看孔、孟以前胸次。”（《呻吟语》卷一《存心》）所谓孔孟以前的“道学真传”，显然不过是他为自己的学术所虚设的一种凭借而已。
按照吕坤的说法，不仅有“异端之异端”，而且有“吾儒之异端”，后者害人之烈不下于前者：
“人皆知异端之害道，而不知儒者之言亦害道也。见理不明，似是而非，或骋浮词以乱真，或执偏见以夺正，或狃目前而昧万世之常经，或狗小道而溃天下之大防，而其闻望又足以行其学术，为天下后世人心害，良亦不细。是故有异端之异端，有吾儒之异端。”（《呻吟语》卷一《谈道》）
此处所批判的“吾儒之异端”无疑即指道学，而所谓“其闻望又足以行其学术”者，则主要是影射那已成为道学偶像的朱熹，这一点还有必要进一步加以说明。
吕坤是朱熹的批判者，他除在理论上与朱熹对立（见下）以外，还曾专著两部书来批判朱熹。第一部书是对《家礼》的批判，刊本题为《四礼疑》，但据墓志铭及汪永瑞所撰祠记，原名实为《家礼疑》。在此书序中，吕坤说：
“是礼也者，枝叶忠信，而后世之礼则忠信之贼也。……礼之检人情者，吾不敢不尊之，以为世道卫；礼之亡忠信者，吾不敢不辨之，以为世道防。……不揣愚昧，尝就朱元晦《家礼》所辑录者，作《四（家）礼疑》。”（《去伪斋集》卷三）
这段话中包括了一个明显的三段论式：
（一）后世之礼是忠信之贼。
（二）对礼之亡忠信者，吕坤不得不辨。
（三）吕坤所辨为朱熹《家礼》。
把这一论式倒转过来，毫无疑问，朱熹的《家礼》正是忠信之贼。正因为这一批判过于露骨，所以现存的为吕坤之子知畏、知思所校刊的《四礼疑》，不但换了书名，而且剜改了序文，隐去了朱熹的名字，又加入“伏读《大明会典》及《孝慈录》，见大圣人之制作度越千古，至分别品官庶人，彰明较著，臣子钦承，又何容喙？”云云一大段颂谀文字，以表白不敢触犯封建等级制度。我们怀疑现存本的内容一定也遭到了粗暴的删改。然而到了清道光朝议以吕坤从祀孔庙时，《四礼疑》仍被指责为“疏于考典，轻于议古”。
第二部书题为《纲目是正》，即对《资治通鉴纲目》的批判。这部书的命运更为乖舛，吕坤自述他的著作和封建统治思想的矛盾，有这样的话：
“〔《纲目》〕自文公以一序冠篇，遂使后人奉若蓍蔡，噤不敢出一语。余小子沈酣此书及《宋元纲目》，四十余年矣，每参验于《春秋》，无论《凡例》取义，未尽合圣经，即《纲目》所书，未必尽合《凡例》。……厘之共七百七十六则，脱稿矣，不敢以传。何者？自有《纲目》以来，《纲目》如《春秋》重矣，世儒不研文义之实，而震于不敢非议之名，又附于信而好古之君子。坤也独倡此语，即有万喙以张吾军，有一人者出，加以诋䚹先贤、变乱成法之罪，则万喙短气，况以孤陋之独识，有倡无和，而置百年朽骨于不正，一人之吻，何所苦而堕此口业，受千百人弹射乎？……余既焚余稿，而记其大都如此，若以俟千古契心之人，知契心者足重其言否也？而况能为吾重邪？呜呼！”（《纲目是正·序》）
由此便可看出，吕坤所切齿的那种富有闻望而为天下后世人心之害的儒者，正是朱熹这样的人物。由于朱熹之流的学术与封建统治阶级的利益密切结合，就形成不可侵犯的垄断势力。在自撰墓志铭中，吕坤写道：
“今已矣，欲有所言，竟成结舌；欲有所为，竟成赍志。卷独知之契于一腔，付独见之言于一炬。”
吕坤死后，其后人补墓志铭说，吕坤的著作除已刊行者外，“余悉焚之”。应该指出，吕坤在理论斗争上是勇敢的，但他的弱点是始终只进行个人的搏斗，他既不能像泰州学派那样接近市民群众，也没有如东林党那样参加组织同志的团体。因此，到了老年，如上引自撰墓志铭所反映的，他看不到天明的希望，这种孤立的寂寞就迫使他走向自焚书稿的悲剧。李贽曾题所著书为《焚书》，而吕坤却真的由畏忌而自焚其书，这是他们不同的地方。
对明代的学术，吕坤对王守仁一派反对最烈。吕坤曾因见邹元标浓于禅味，“恐其叛道，作书戒之”，又批评另一个王守仁的门徒说：
“周伯时刻意讲学，尚是傍人脚跟走，无一付自家天趣，替宋儒添卷案。弟与谈论，每多乖驳，大都谈本体，宗上乘，不能接引后学。近日多是此等流派，不出姚江（王守仁）黄安（耿定向）口吻耳。”（《去伪斋集》卷四《答大宗伯孙月峰》）
同时，他对泰州学派则加以肯定。他曾为杨启昧的文集作序，称赞杨启昧之学为“实学”或“有用之学”，“非伪腐之儒假玄谈以自标其门户者也”；又赞同杨启昧“分人以财，教人以善”的主张（见同上《杨晋庵文集·序》）。按杨启昧之学得于杨起元，杨起元则是罗汝芳的弟子，是泰州学派的嫡传，而吕坤所批判的耿定向（天台）也正为李贽所深恶痛绝，从这里也可以看出吕坤的思想的进步倾向。