方以智著作所表现出的历史意义
方以智字密之，号曼公、浮山愚者。他的儿子方中通说：“先曾祖廷尉野同公命老父之名曰：‘蓍圆而神，卦方以智，藏密同患，变易不易。’故老父别称宓山氏；浮山有此藏轩，故称浮山愚者。”（《物理小识·总论》注）他在明亡后，改名为吴石公。别号甚多，隐于岭南，称愚道人，出家后，名大智，号无可，又称弘智、五老、药地、浮庭、墨历（或木立，以音讹呼，故名）、愚者大师、极丸老人等。他是商业发达区域的桐城人，生于明万历三十九年（公元1611年），卒于清康熙十年（公元1671年）。
方以智的曾祖方学渐（公元1540—1616年）、祖父方大镇（公元1558—1628年）、父方孔炤（公元1591—1655年）都是当时有学问的名士兼官吏，也是直接间接参加东林党的人物。方以智在少年时代就和陈贞慧、吴应箕、侯方域等参加了政治活动，“接武东林，主盟复社”（卢见曾《感旧集话》），愤慨国势，“日与诸子画灰聚米，筹当世大计，或酒酣耳热，慷慨呜咽，拔剑砍地，以三（？）尺许国，誓他日不相背负”（徐芳《愚者大师传》，见《明文海》卷四二一）。方以智的学问修养和政治活动自然要受家世和朋辈的影响，他的先生王宣（号虚舟子，著有《物理所》）对他的影响也很大，但决定他的思想的还是他所处的时代。我们可以说他是东林—复社人物在理论上的总结者。
崇祯时方以智任翰林检讨。弘光时为马士英、阮大铖所中伤，几不免，遂逃到南海，以卖药为生。永历时，任方以智为詹事府左中允，后又被太监王坤诬劾免职。清兵入广东后，下令搜索方以智，他不得已在梧州出家，表示决不服事清朝。此后又奉曹洞宗的觉浪道盛（即天界丈人）为师，避不见人。道盛是清初统治者所注意的和尚，顺治五年曾因旧诗中有“太祖高皇帝”字样，被诬下狱。他的门下明遗民很多，除方氏外，还有倪嘉庆（啸峰大然）等人（参看《五灯全书》）。
方以智最为王夫之所敬，《船山遗书·姜斋六十自定稿》有两首诗为对方以智而作。一首是因方以智给刘安礼书垂顾念之情，而表白难以相从之意：“洪炉滴水试烹煎，穷措生涯有火传，哀雁频分弦上怨，冻蜂长惜纸中天，知恩不浅难忘此，别调相看更冁然，旧识五湖霜月好，寒梅春在野塘边。”（前二句烹煎、火传指方的哲学，见后）第二首是吊方以智诗二章：“长夜悠悠二十年，流萤死焰烛高天，春浮梦里迷归鹤，败叶云中哭杜鹃。一线不留夕照影，孤虹应绕点苍烟，何人抱器归张楚，余有《南华》内七篇。三年怀袖尺书深，文水东流隔楚浔，半岭斜阳双雪鬓，五湖烟水一霜林。《远游》留作他生赋，土室聊安后死心，恰恐相逢难下口，灵旗不杳寄空音。”（《南华》指方著《药地炮庄》，《远游》指方著《九将》等赋）
方以智的学问很渊博，他对于文学、经学、医学和书画、音乐等艺术都有造诣，特别对于科学和哲学作过系统的研究。王夫之说他“姿抱畅达，早以文豪誉望动天下”（《方以智传》）；“密翁与其公子为‘质测’之学，诚学思兼致之实功，盖格物者即物以穷理，惟‘质测’为得之。若邵康节（雍）、蔡西山（元定）则立一理以穷物，非格物也。”（《搔首问》）全祖望说他“尤以博学称”，朱彝尊说他“纷纶五经，融会百氏”（《静志居诗话》）。而《四库全书总目提要》仅以方著“开国朝（清）顾、阎、朱考据之风”称许，却不合史实。
方以智的著作很多，除《通雅》和《物理小识》为人所熟知外，据我们所搜集，现存尚有下列各种：
文集、诗集：
《浮山前集》十卷
《浮山后集》四卷（抄本）
《博依集》十卷
《流离草》（抄本《方密之诗钞》摘录）
《流寓草》九卷
《药集》（抄本）
《膝寓信笔》（见《桐城方氏七代遗书》）
《象环寤记》（抄本）
《合山栾庐占》（抄本）
哲学著作：
《药地炮庄》（刊本，成都美学林排印本不全）
《东西均》（抄本）
《易余》（抄本）
《性故》（又名《会宜编》，抄本）
《一贯问答》（抄本）
语录、禅诗：
《冬灰录》（抄本）
《愚者智禅师语录》（《嘉兴藏》本）
《禅乐府》
音韵学著作：
《四韵定本》（抄本）
《正叶》（抄本）
《五老约》（抄本）
医学著作：
《内经经络》（抄本）
《医学会通》（抄本）
杂著：
《庐墓考》（抄本）
《印章考》（见《篆学琐著》）
此外，在他参加编辑的《青原志略》（抄本）中还有一些散佚的材料。但他的佚失的书也不少，如据方昌翰上引《遗书》编案说：“《易余》见于《经义考》，他如《学易纲宗》、《易筹》、《诸子燔痏》、《四书约提》、《阳符中衍》、《旁观铎》、《太平铎》等百余种，今皆佚去”；又如《桐城耆旧传·方密之传》说他“凡天人礼乐律数声音文字书画药卜，下逮琴剑，无不析其旨趣，著书数十万言。……所著《易余》、《切韵源流》、《通雅》、《物理小识》、《炮庄》、《诸子燔痏》、《几表》、《浮山前后集》”；再据《安徽通志》一七〇卷载，还有《周易图象》、《烹雪录》等书；据他自己的《浮山前集》，还有《史汉释诂》、《五言古诗》、《医学》等书，这里面不少种是已经佚失了。这里不是以列举他的著作多寡来评断他的学术价值，而是要指出，在现存的他的著作以外，如《诸子燔痏》、《学易纲宗》等书一定是有价值的著作。因此，我们在下面首先看看他的著述的志趣。
方以智前期的学术作品以《通雅》一书为代表（《物理小识》原编于《通雅》书尾），后期的作品以《炮庄》为代表。据他的《诗集》，有“取稽古堂各种杂录合编之曰《通雅》”一题，下注辛巳，即公元1641年。这年他是21岁，他的父亲就在这时被他营救出狱。《通雅》“序”作于辛巳夏日，卷首之一、二、三诸条综合性的重要论述，也都注作于辛巳，凡例则作于癸未，即1643年。这样看来，他在30岁前后，《通雅》编辑已成。他在诗句中说，这书是用三冬之力写成的，而晚年又作了增改，所以钱澄序说“要其三十年心血尽在此一书矣”。姚文燮刻《通雅》序说“自先生未通籍即有《通雅》一书，书成三十余年矣”，这话相当合于事实，但应指出，书首的重要部分是在通籍以后辛巳年写的。方以智有《书通雅缀集后》（《浮山前集》），记他搜集资料的困难，这文作于他36岁，约在1646—1647年。
《通雅》（包括《物理小识》）是一部什么性质的书呢？过去不少学者把它看做一种类书或字书，这是不公允的。是的，从表面上来看，它和一般的类书好像没有区别，例如序《通雅》的钱澄就这样说：此书“犹之郑樵之为《通志》，马端临之为《通考》，以言乎无所不该也”。其实方以智自己不但在《通雅》凡例的第一句话便否定了这种看法，他说：“此书本非类书”，而且他时常批判类书，并把他的书和类书严格地区别开来。例如他在他的题编《通雅》诗中，表示不苟同于古人的编书，而主张自出创见。他责斥前人编书多陷于“鱼鲁空荟蕞，真赝各讹传”，他的自序说前人编书“一袭一臆，两皆不免，沿加辩驳，愈成纰缪；学者纷拏，何所适从？”他在《浮山前集》卷之五《曼寓草》中此《藏轩音义杂说引》一文中，指出文字是“载道法、纪事物、合外内、格古今”的器，“士子协于分艺，即薪藏火，安其井灶，要不能离乎此。时移改体，沿变传讹，株守臆造，两皆纷舛”。（按：上引文标重点的四句话，曾被鲁迅所注意，套用来批判人们评论人物的错误方法。）他更指出：“类事之书，始于《皇览》。……《魏志·刘劭传》：黄初中受诏集群书，以类相从，号《皇览》。……宋李昉等《太平御览》、杨亿等《册府元龟》，各千卷。然《御览》之类，见一字相同则连引之，而本类之应有者反不载；于杂书多引，而见正史与注疏中者往往遗漏。”（《通雅》卷之三《释诂》）他又说：“尚论古今，贵有古今之识，考究家或失则拘，多不能持论，论尽其变；然不考究，何以审其时势，以要其生平？”（《浮山前集》卷五《史断》）
《通雅》也和一般的字书不同。他说：“学惟古训，博乃能约，当其博，即有约者通之，博学不能观古今之通，又不能疑，焉贵书簏乎？……小学原流，忽为细故。上下古今数千年，文字屡变，音亦屡变。学者相沿，不考所称，音义传讹而已。上古眇矣，汉承秦焚，儒以臆决，至郑、许辈起，似为犁肤，后世因以为典故。闻道者自立门庭，糟粕文字，不复及此；其能曼词者，又以其一得管见，洸洋自恣，逃之虚空，何便于此？考究根极之士，乃错错然元本，不已苦乎！摭实之病，固自不一，属书赡给，但取渔猎，训诂专己，多半傅会；其以博自诩者，造异志怪学。”（《通雅·自序》）他因为人们对于《通雅》的音义诸说，只识其小的方面，所以力辨他的书和前人有区别，说：“古人说理事之音义，转假譬喻为多，不可执后人之详例以论也，况有卮寓附会者乎？……上古荒唐，随人傅会。……训词喜于深厚，加以上古方言，后世属文，袭取生割。……汉儒解经，类多臆说，宋儒惟守宰理（按：指伦理政教），至于考索物理时制，不达其实，半依前人。”（《通雅》卷首之一《音义杂论》）
那么《通雅》的著作志趣是什么呢？详考他的论断，下面两点是值得注意的：
（一）方以智的著作充满了科学即他所说的“质测”的研究，和这“质测”之学相联结的是他的唯物主义思想。《通雅》和《物理小识》包括了天文、算学、地理、动植学、矿物学、医学、文字学、文学、艺术以及他所谓的许多“志艺”之学。他的书，自夸不但汇集古今知识的大成，而且取资于西方的学术。请看他的自豪语：
“古今以智相积，而我生其后。考古所以决今，然不可泥古也。……智常见数千年不决者，辄通考而求证之。……生今之世，承诸圣之表章，经群英之辩难，我得以坐集千古之智，折中其间，岂不幸乎！”（《通雅》卷首之一《考古通说》）
“农书、医学、算测、工器乃是实务，各存专家，九流各食其力；……总为物理，当作格致全书。……道德、经济、文章、小学、方伎，约之为天道人事，精之止是性理、物理，而穷至于命。即器是道，乃一大物理也。践形者，神理泯于事物。……大成贵集，述玅于删，千古之智，惟善读书者享之！”（《通雅》卷首之二《藏书删书类略》）
“因地而变者，因时而变者，有之，其常有而名变者，则古今殊称，无传学者会通之耳！天裂孛陨，息壤水斗，气形光声，无逃质理。智每因邵、蔡为嚆矢（按：此后一句为王夫之所否定），征《河洛》之通符，借远西为郯子（按：郯属于东夷，己姓，《春秋左传》记鲁昭公十七年郯子朝鲁，曾讲论自然知识，孔子就学，并告人说：“吾闻之，天子失官，学在四夷，犹信。”），申禹周之矩积。……常统常变，灼然不惑，……通神明之德，类万物之情，……或质测或通几，不相坏也。”（《物理小识·总论》）
“今日文教明备，而穷理见性之家，反不能详一物者，言及古者备物致用、物物而宜之之理，则又笑以为迂阔无益，是可笑耳！卑者自便，高者自尊，或舍物以言理，或托空以愚物，学术日裂，物习日变。……安得圣人复起，非体天地之撰、类万物之情，乌能知其故哉？”（《物理小识·总论》）
由上面的话看来，方以智是以当时的圣人、集大成者、通人自居，是以大科学家和大哲学家而自豪。他对于世界的认识的唯物主义态度，显然和中世纪宋、明的正宗道学家的态度是相反的。正如他批判道学儒者说：“世所为儒者，多有二病，穷理而不博学，闻道而不为善！……拘守苦难（指名教）以尊礼法，与好作诡异以超礼法者，皆好名之徒，桎梏其至性为之者也。”（《稽古堂文集·旷达论》）这种批判的精神，反映了封建制解体过程中社会发展的新旧的矛盾，表现出启蒙学者对封建礼教信仰者的斗争。
他对于新世界曙光的探索意识，也显然和中世纪科举文士束缚于小天井的偶像意识是相反的。他自己常说他的态度，“操笔是非，举止异趣；容迹骂世，指斥臧否；条奏急状，不知忌讳；已然诺，分泾渭”（参看《浮山前集》卷七《寄李舒章书》）。那些科举之士只是“终年役一编，居它侈侈无所知，……不过为利禄资，安用是博学深造也？”而他则“推本经史，讲求古今之成务，则群怪之”（同上；又《稽古堂文集》二集下《士习论》）。据他说，问题就在于“好古者（按：指通人）计千秋，逢时者计一日”（同上书《七解》）。他又总论他和这样士习的区别说：“愚者若得世资，当建草堂，养天下之贤才，删古今之书而统类之，经解、性理、物理、文章、经济、小学、方技、律历、医药之故，各用其所长，各精其极致，编其要而详其事，百卷可举。”“尝疑象数专门，须明律历，考察天地人身之故，乃可旁征而会通之。今天下群役于帖括（制义），……何暇及此？适有所疑，皆无从问，必当自作宓羲大挠，岂不难哉！”（《膝寓信笔》）这就充分表现了他把现实矛盾转化为超人和俗士的对立。
因此，方以智的《通雅》一书，是企图汇集和总结当时所有的一切知识，如他说：“函雅故，通古今，此鼓箧之必有事也（按：这句话出于《孟子》，但在《孟子》那里是作正心的道德律来看的）。不安其艺，不能乐业，不通古今，何以协艺相传。……理其理，事其事，时其时，开而辩名当物。……今以经史为概，遍览所及，辄为要删，古今聚讼，为征考而决之，期于通达，……名曰《通雅》。……备物致用，采获省力。”（《通雅·自序》）而在全书之中贯穿着唯物主义哲学和自然科学的融合联系：
“老父（指方以智）……每有所闻，分条别记，如《山海经》、《白泽图》、张华李石《博物志》、葛洪《抱朴子》、《本草》，采摭所言，或无征，或试之不验，此贵质测，征其确然者耳。……《通雅》残稿，自京师携归，《物理小识》原附其后，……小子分而编之。生死鬼神，会于惟心，何用思议，则本约矣。象纬、历律，药物同异，验其实际，则甚难也。适以远西为郯子，足以证明大禹、周公之法，而更精求其故，积变以考之。士生今日，收千世之慧，而折中会决，又乌可不自幸乎！”（方中通：《物理小识·编录缘起》）
“盈天地间皆物也。人受其中以生，生寓于身，身寓于世，所见所用，无非事也。事一物也。圣人制器利用以安其生，因表理以治其心。器固物也，心一物也。深而言性命，性命一物也，通观天地，天地一物也。推而至于不可知，转以可知者摄之。以费知隐，重玄一实，是物物神神之深几也。寂感之蕴，深究其所自来，是曰‘通几’；物有其故，实考究之，大而元会，小而草木蠢蠕，类其性情，征其好恶，推其常变，是曰‘质测’。‘质测’即藏‘通几’者也。有竟扫‘质测’而冒举‘通几’，以显其宥密之‘神’者，其流遗物。谁是合外内、贯一多而神明者乎？万历年间，远西学入，详于‘质测’而拙于言‘通几’。然智士推之，彼之‘质测’犹未备也。儒者守宰理而已。圣人通神明，类万物，藏之于《易》，呼吸图策，端几至精，历律医占，皆可引触，学者几能研极之乎？”（《物理小识·自序》）
这明显地是从自然史出发的唯物主义一元论。这里说的“通几”二字，相当于现在的术语“哲学”，而排斥了那种否认物质存在的神学。“通几”二字出于《易传》，即“惟深也，故能‘通’天下之志；惟‘几’也，故能成天下之务；惟神也，故不疾而速，不行而至。”方以智把古代思想材料利用来，改变了其中的内容，表达了他自己的新认识，所谓“寓通几于质测”，即是寓哲学于科学，如果没有新时代的客观条件，就不能有这样“收千世之慧”而“折中会决”的新世界观。同时，他并不是简单地吸收古代的思想资料，而是有所吸取，也有所舍弃，《易传》后一句“惟神也，故不疾而速，不行而至”的唯心主义和有神论的命题，就被他批判了。他一方面说“质测即藏通几”，即是说科学即藏哲学，但另一方面更说“通几护质测之穷”，即是说哲学指导科学，但反对从事物之先、离物质以空求神学，例如：
“通几护质测之穷。……即多即是，皆统类于此矣。……大凡推之于先，多属洸洋；任之于后，则动颐而迷。……此中之秩序条理，本自现成，特因几务而显耳。格物之则即天之则，即心之则，岂患执有则胶、执无则荒哉？若空穷其心，则倏忽如幻！”（《愚者智禅师语录·示中履》）
方以智的学术不但受了前人的影响，如王宣的《物理所》，而且以批判的态度看待西方知识。上面已经提到他对于远西“质测”之学综合批判的话，如果我们通查他的全书，我们几乎可以看出他在各种科学中都想会通所谓“泰西”。这即他说的“智尝因悉昙泰西，两会通之”（《通雅》卷首之一《音韵通别不紊说》）。这也是很自然的，正如列宁在《我们究竟拒绝什么遗产？》中指出的，近代启蒙人物总是欢迎比较走在前面的欧洲文明。当时中国的启蒙学者还没有提出“欧化”，但如方以智和李之藻等已经主张会通泰西学术而补缀三代的阙典遗文。
方以智积极活动的年代正是利玛窦等传入西学的活跃阶段，当时重要的译述，如《天学初函》等书，他都研究过。他说：“西儒利玛窦泛重溟入中国，读中国之书，最服孔子，其国有六种学，事天主，通历算，多奇器，智巧过人。著书曰《天学初函》，余读之，多所不解，幼随家君长溪见熊公（明遇，号坛石），则草谈此事；顷南中有今梁毕公（即毕方济），诣之，问历算奇器，不肯详言，问事天，则喜，盖以《七克》（庞迪我著）为理学者也。”（《膝寓信笔》）
上面方以智说的“六种学”不知是依据《名理探》的分类法，还是依据《西学凡》的分类法。从前者说，六种学包括“超形性学”、“形性之学”、“审形学”、“克己”、“齐家”、“治世”诸学；从后者说，六种学包括“文”、“理”、“医”、“法”、“教”、“道”诸学，其中所谓“理”指斐禄所费亚，即Philosophia的音译，也即今日所说哲学，而方氏叫做“通几”。这里应该注意的是，方以智十分怀疑西学，他列举各科并批判神学之后，主张三分法如下：“有专言德行者，专言经济者，专言文章者，专言技艺者，专言权势者，专言兵符者，专言法纪者，专训诂者，专记事者，专寓喻者，统而言之，无非道也，无非性命也。而有专言性命之道者，离事离法以明心，……因有专言生死鬼神者，因有废世事以专言仙定者，因有专言养生者。……考测天地之家，象数、律历、声音、医药之说，皆质之通者也，皆物理也；专言治教，则宰理也；专言通几，则所以为物之至理也。皆以通而通其质者也。”（《通雅》卷首之三《文章薪火》，按：三种分类法指自然科学、社会科学和哲学。）
方中通纪他父亲讨论西方科学的情况，曾说：
“先生（汤若望）崇祯时已入中国，所刊历法故名《崇祯历书》，与家君（方以智）交最善，家君亦精天学，出世后绝口不谈。”（《陪诗》卷二《与汤道未先生论历法诗》注，按：《陪诗》在别处也说到方以智早精天文，入山后弃置不讲此道。）
方以智的书中提到泰西之学的地方，不下数十处。他讲文字音韵学的时候，一再说要会通西学，例如：“今日得《西儒耳目资》，是金尼阁所著，字父十五，母五十有甚，……可以证明吾之等切。”（《膝寓信笔》，并参看《通雅》卷首之一）此所谓互明，在《通雅》卷首之一，具体指出古音的通转可以借西方文字说明，如“西方字母，‘阿’或兼‘遏’”。在卷之一，更大胆地提出语文一致说：“字之纷也，即缘通与借耳。若事属一字，字各一义，如远西因事乃合音，因音而成字，不重不共，不尤愈乎！”他更说：“泰西字，十字皆一画，简便。”（同上卷之一，按：指阿拉伯数码）又如在《通雅》卷之十一《天文》中，提到利西太（即利玛窦）历说，指出“今之法密于古”，“西图前所未有”，在《地舆》中比较了中西地图，在《考古通说》中承认“至泰西入，始为合图，补开辟所未有”（按：在别处对此合图也有批评），在《曼寓草》（上）中痛恨“前年远臣进《坤舆格致》一书，而刘总宪斥之”。其他如讲风引述泰西的风力说（《物理小识》卷二）；讲水引艾儒略的水力说（同上）；讲交通引用利玛窦的船舶制造说（同上卷八）；讲“地游、地动”虽未引西说，但他常批判利玛窦的地圆说之不够服人；讲地圆之说，曾和西儒的说法论难（《曼寓草》下）；讲中西假设五行、四行的不同，发挥了宇宙形成的创见（同上卷一）；他更和利玛窦辩论日大于地的看法（同上）。
总之，他不仅为学习科学而一再提到“借泰西为郯子”，而且经过批判之后，进而研究哲学，例如他说：“尝借泰西为问郯，豁然表法，反复卦策，知周公、商高之方圆积矩全本于《易》，因悟天地间无非参两也。”（《曼寓草》下）这也就是他以孔子自居的乐观主义态度，所谓“合天下万世之分，以势其理”，“坐集千古之智，折中其间”（皆见《曼寓草》中），并以古今学问为“薪火”，而由他来烹炮炉炼，如他的诗句所说的：“且劈古今薪，冷灶自烧煮！”启蒙学者大都有世界范围的认识，大都有综合前人的抱负，方以智正是这样，他说“古人有让后人者”，“学以收其所积之智也，日新其故，其故愈新，是在自得，非可袭掩”（《通雅》卷首之一、三）。方中通也综合了他父亲的志趣说：“聚古今之议论，以生我之议论；取天下之聪明，以生我之聪明，此之谓择善。”（《陪古集》）因此，在启蒙学者中，或多或少地可以看到“民族的片面性和褊狭性日益失去立足的地位”（《共产党宣言》页27）。
（二）我们应指出，方以智的科学知识还是具有17世纪的色彩，而和18世纪的法国唯物主义者是有差别的。方以智的社会实践和世界观的悲剧矛盾、他对于改造文化方面的方法论的普遍应用和对于政治上的开明专制的无力呻吟，正反映了当时社会的矛盾，活的萌芽的东西在生长，而死的束缚的东西更在作祟，后者沉重地压迫着前者。历史在发展，而其发展又处于缓慢而迂回的进程中，这就决定了方以智的思想还没有条件借以走上法国“百科全书”派的典型道路。
方以智一再表示他是屈原、贾谊型的人物，甚至自状他是不能有事于功业的“废人”或“恬退人”，但他却自豪他能从一切文化方面“通古今，识时务”，汇聚古今天下的智慧，而“观天下之变”，“宇观人间宙观世”！一切都可能安排在至善至美的境地或乐园，然而他在这样恶浊的俗世却无能为力，始而远游，继而逍遥，终而伪装逃佛。
这里应附带指出，方以智虽因躲避清廷的搜索而走了逃禅一路，但他的思想方向并没有因此改变。我们看他为僧后的著作以及语录，除在例行仪式上虚应故事外，毫无坐禅佞佛的迹象。下举康熙四年方氏在生辰时与其子中通的对话可以说明此点：
“师诞日，侍子中通请上堂。中通问：‘桧树即荆条，死路走成生路；祖关穿圣域，钟声敲出铎声。《河图》五十五点恰应地户天门，如何是参天立地处？’师云：‘挥空一斧，几人知恩？’进云：‘半生先天，半生后天，未免打成两橛。’师云：‘直下火炉，是奉是背？’进云：‘尼山、鹫岭已同时，谁能不辜负去？’师云：‘绝壁奔雷，莫耳聋么？’进云：‘冬炼三时传旧火，天留一磬击新声。’师云：‘室内不知，儿孙努力！’礼拜退。乃云：‘……我这里堂内堂外，个个都似木鸡，事事还他鱼贯。未经桶底，却自忘机现前。松风石涧，摆脱厉色淫声；碓觜茶铛，陶尽凡情圣解。莫道美食，不中饱人’。”（《愚者智禅师语录》卷一）
这节对话采用了禅机的形式，其意义却很明白。所说“桧树”、“圣域”、“铎声”、“尼山”均指儒学，“祖关”、“钟声”、“鹫岭”均指佛教。方中通问语的意思是说：方以智在儒学形式中开辟了新途径，现在又以和尚身份讲说象数哲学，这样半生为儒，半生为佛，前后似有矛盾；禅师的身份是否阻碍人们对他的学说的理解？并希望方以智重新振作，有所作为。方以智答语则说：自己开辟新境界的功绩有“几人知恩”？又说明自己的思想始终一贯，并未自违本旨，而这种学说好像“绝壁奔雷”，有耳共闻，不会引出误会；最后则把未来的事业寄托于后人的努力。我们由上述对话和方氏末尾的示众语，可知他明知所谓“打破桶底，成佛作祖”的禅宗佛教完全虚妄，不过是借此“摆脱厉色淫声”而已。方以智在改造社会的实践方面虽然无力，装作和尚来“忘机现前”，但他仍志在以“钟声敲出铎声”，没有丧失雄大的学术抱负。
上面我们曾引证过《通雅·自序》开宗明义的话，“函雅故，通古今”，这是方以智的基本方法论。按他的话是说，正好像我们清楚各种不同的手工业一样，所谓“不安其艺，不能乐业”，如果“不通古今，何以协艺相传”呢？照他的意思讲，只要“函雅故，通古今”，那么“古今聚讼”的事物规律，都可以“为征考而决之”！什么叫做“函雅故，通古今”呢？他说：
“雅故，雅言训故也。《尔雅》者，藏远于迩而以深厚训之也。孟坚叙传曰：函雅故，通古今。张晏曰：包含雅训之故也。管子曰：圣人博闻多见，蓄道以待物，知其故，乃不惑。”（《通雅》卷三《释诂》）
方以智一反理学家以虚玄一路讲贯通的方法，他以为真确的方法的第一义是从事实出发。这里“故”指的是“故实”，因此他说“固实即故实”（《通雅》卷三《释诂》），更说“《野同录》曰（指方大镇说）：用虚于实，即事显理。此治心之薪火也；感而遂通天下之故，子舆曰：苟求其故，此故之原”（同上）。他以为真确的方法的第二义是通其故，这里“故”指的是事物的实然或事物的原因。他说：“副墨洛诵，推至疑始。始作此者，自有其故，不可不知，不可不疑也。……以音通古，义之原也”（《通雅》卷一《疑始》）。这也就是《通雅·钱序》中引述方氏的话：“吾与方伎游，即欲通其艺也，遇物欲知其名也，物理无可疑者吾疑之，而必欲深求其故也。”因而方法论的第三义是从事物的所以然而求得的所谓“义”，也即《通雅·凡例》说的“辨当名物，征引以证其义”，或他说的“贵明其理，或以考事，或以辨名当物”（《通雅》卷首之一《考古通说》）。什么是“通”呢？这就是方法论的第四义，也即是他的哲学的基本思想或“通几”之通，按他的说法“通几”就是“深究其所自来”，同时也寓于“质测”之中，“物有其故，实考究之，类其性情，征其好恶，推其常变，是曰质测；质测即藏通几者也”（见上引）。他主张只要根据他的方法，既不“舍物以言理”，又不“托空以愚物”，那么一切自然社会的事物之所以然都是可以认识到的。关于他的哲学思想将在下文详论，这里仅把他引王宣的话列举如下：
“天有日月岁时，地有山川草木，人有五官八骸，其至虚者即至实者也。天地一物也，心一物也，惟心能通天地万物，知其原即尽其性矣……本末源流，知则善于统御，舍物则理亦无所得矣，又何格哉！”（《物理小识·总论》）
方以智应用他的方法论反驳庄子的不可知论，有两个有趣的例子，从这里很可以看出他的“通天下之故”在认识论上的重要意义。
“愚曰：无知之知乎？择识之知乎？……天人本无分合，执二执一皆非。大宗师应病予药，神在知症，知症神于知故。《孟子》曰：（则）故而已矣。《易》言幽明之故。‘故’是何物？至诚默识，而神明通之，则言有言无，言分言合，言共本，言自根，皆‘安时处顺，哀乐不能入’之悬解也。……知则不为一切琦辩奥理所惑，而我可以‘转’（用《庄子》语汇）之；不知则一端暗合，而他端又纱縠矣！”（《炮庄·大宗师篇》评语，他甚至敢批判庄子的“大宗师”是“糠粃”。）
“愚者曰：何处非沃焦归墟乎！《中衍》曰：人皆谓源一而流分，会（曾？）知源分而流合乎？水出于山，山各一谷，渐合而沟浍，渐合而江河，归于海，则大合矣，岂非流合而源分乎？然则源一之说奈何？曰：源为流之源，流则源之源也。地形如胡桃肉，凸者为山，凹者为海，海各归地心，地心转出于山顶，犹人身之血也。自非
格物者，以费表隐，何能决信？”（《炮庄·秋水篇》评“北海”寓言）从上面两段话来看，方以智从质测和通几，即从科学和哲学，应用“通其故”的方法论，指出庄子不知其故的理论必然走向神秘的唯心主义。方以智的“炮”制《庄子》，比王夫之的《庄子通》更高明一筹。
方以智运用“通其故”的方法，特别在文字语言的研究方面，有“知其原”的发现。占《通雅》重要部分的卷之首和卷之一、二、三，都是从这方面讲的，他一再警告人们说，这书是不能从音义之小节处看待的，而是“坐集千古之智”的通几和质测兼有的“一大物理”书。实际上从《通雅·自序》和首篇讲知识是“古今相续而成”的进化的观点，一直到末尾讲形神问题和运气问题，都在说明“智藏于物之道”，而例子最多的是他所熟习而在当时容易掌握的一门语言音韵科学。通过他的方法论，他不但从文字语言方面寻求出“即器即道”、“心亦一物”和“质测”藏“通几”等唯物主义的观点，寻求出“乡谈随世变而改”，“声音之道与天地转”（《方言说》）的进步的历史观点，寻求出“人所贵者心，而不离五官”（《六书声音转假说》）的认识开始于感觉的观点，寻求出“学也者，觉悟交通，诵习躬效而兼之”的实践观点，而且他自认在文字语言科学方面，“数千年不决者，辄通考而求证之”（《考古通说》）。
他把文字语言比作薪，把道理比作火，所谓“文章薪火”，“即薪藏火”，“文藏性天，圣人所以大畜古今之神，而安万世之灶”。这就和道学家们把六经形式捧成符咒似的僧侣主义观点相反了。他指出：“声音文字之小学，盖道寓于器，以前用尽神（指知识）者也。”（《曼寓草》中《字彙辩·序》）古人的文字并不是神秘的东西，文字不过是人们就万事万物而表达名义的东西，“晶光莫文于天，条理莫文于地，配义而昌之以名。人受中生而传呼其中，因表其象。……人心之所吹呴流注，即神不可测者也”（同上书，《采石文昌三台阁碑记》）。因此，与其说天地万物是神而不可测的，毋宁说人类的创造是神不可测的，此所谓“神”是人类的知识能力，它的无限创造发展，就能理解万事万物，掌握了神明，所以他说：“天之为天也，神不可知，而神于可知之人。”
拿文字为例，他以为，文字既然是“智藏于物之道”的广阔的工具，人们不但不能把它神化，反而要正视它的起源，这就是《通雅》卷之一开头说的：“方言者，自然之气也。以音通古，义之原也。”不要以为古文是难懂的，其实它在当时就是像方言似的通俗的白话，而文章和语言原来是一致的。然而为什么古书字义难识呢？他说这是由于“义随世变而改，声音因天地而转”，因为声音方言的古今变化，于是古书就难通了。早在春秋时代孔子就觉得三代的制度不容易懂得，然而方以智却以为如果按“通其故”的方法研究，后人就能超过前人，孔子不懂得的东西，后人却可以懂得。方以智在这一点非常自负，他说：“古今方言亦变矣（按：他分其历史为五个阶段）。……愚历考古今音义，可知乡谈随世变而改矣。不考世变之言，岂能通古今之诂，而是正名物乎？”（《通雅》卷首之一）“愚者遍考经籍，证出历代之方言，始知其所以讹、所以通耳。音定填字，伦论不淆，岂人力哉！……此物理微至之门，别有精论。”（《通雅》卷首之二）
这里我们省略他书中所举的证据，只引他的书首凡例，就可以了解他文字学方面的创见了：
“各方各代，随时变更。……天地岁时推移，而人随之，声音亦随之，方言可不察乎？古人名物，本系方言，训诂相传，遂为典实。智考古今之声，大概五变。”
从这样的理论出发本来可以得出语文一致的改革方案，但他着重了“观古今之变”，在改革当世之务方面恬退下去。尽管如此，他仍是近代以前第一个提出文字改革的人物。他已经流露出了这样的意见，他说：“字之纷也，即缘通与借耳。若事属一字，字各一音，如远西因事乃合音而成字，不重不共，不尤愈乎？”（见上引）
方以智把文字书籍当做随着时代变迁而为人所不断扩充的武库，“吾尝曰：诗书礼乐，扩充之炭斗，优游之桑薪也”。在他看来，文字这一工具和手工业者使用劳动工具进行创造性的生产是一样的，所以他说：“士以读书明理为业，犹农工之刀耜也。志道游艺，外内一致，张弛鼓舞，全以此养之而化之。文章即性道，岂曼语哉？进德必居其业，立诚用在修词，大畜日新，道寓于器。”（《通雅》卷首之二）方以智这样对于文字的看法，可以说是近代白话文运动的启蒙先觉。同时，从他根据这样的新观点所批判的对象看来，也是近代人向着“文以载道”的国粹论攻击的先觉，他说：
“闻道者自立门庭，糟魄文字，不复及此。其能曼词者，又以其一得管见，洸洋自恣，逃之虚空。……训故专己，多半傅会，其以博自诩者，造异志怪学！”（《通雅·自序》）
“汉儒解经，类多臆说；宋儒惟守宰理，至于考索物理时制，不达其实，半依前人。”（《通雅》卷首之一）
这样，文字就不是如生产工具似的，借以创造发明，而是妨碍历史发展的束缚物了。因此，他说：“执古废今则非，若执古之讹误者更不必矣。断之曰：古通有伦，谬误宜正，雅音宜习，正韵为经。学者讲求声韵之故，旁参列证，以补前贤之未尽，使万世奉同文之化，是所望也！……智尝因悉昙、泰西，两会通之！”（《通雅》卷首之一）