方以智的唯物主义认识论
方以智在《药地炮庄》的《齐物论·总炮》一篇中，提出“公是”决于“公因”的命题，批判庄子“不明公因，而定公是”。他认为庄子的《齐物论》在认识论方面首先否定了“公因”，这“公因”就指客观世界和主观世界都是存在的。他说：
“圣人作而万物睹，燥湿风云，统类自齐，谓以无我齐物乎？无物齐我乎？格物转物乎？皆物论也。因物知则，论伦历然，两行一参，无所逃于代明错行，谓以不齐齐之，可乎？何谓公因？……道一物也，物一道也。‘以物观物’，安有我于其间哉？”
方以智认为“心一物也”，不过心这一有会通天下事理作用的特殊物质，是不能离开对象而自显功能的，因此说“心无体，而因事见理以征几也”（《物理小识》卷一）。人类的知识藏于物质（藏知于物）才具有认识的作用。他以为主观唯心主义“扫物尊心”，客观唯心主义“离气执理”，从认识论上来讲都是错误的（“皆病也”），他说：“理以心知，知与理来，因物则而后交格以显，岂能离气之质耶？”（同上）
按照他的“一切物皆气所为也”的命题，气是哲学意义上的物质。“气中之理”在他的术语的总旨中指的是“象数”，分而言之叫做“物则”、“物之则”、“天之则”或“帝则”。理是客观的规律，“非人之所能为也。天示其度，地产其状，物献其则”，这种不由人的意志而转移的规律不是理学家的气上的天理，而是“气为真象，事为真数”，其“隐不可见，质皆气也”。人类的认识，他叫做“合人于天”，即如实地使主观和客观接近于一致，也叫做“人之学天”，他说：
“愚尝以‘无对待’（按：指一致）之公因，在‘对待’（按：指对立）之反因中。本无顿渐，犹本无迷悟也，而即有迷悟，即有顿渐，顿渐即相反相因，此一消息也。天与人交，人与天交，天生人是顺，人学天是逆，交则为爻，爻即是学。故孔子只说学字，而不以悟道挂招牌。”（《一贯问答》）
他强调认识就是学天地，学天地的人和唯心主义者之所以不同，在于这样的道理：
“究竟一际相应之实相，茶则茶，饭则饭，山则山，水则水，各事其事，物其物，如手其手，足其足，而心其心，未尝有意曰吾持时贯心于手，行时贯心于足也，此天地之一贯也。……正信之子，只学天地，更为直捷。是故设教之言必回护，而学天地者可以不回护；设教之言必求玄妙，恐落流俗，而学天地者不必玄妙；设教之言惟恐矛盾，而学天地者不妨矛盾。不必回护、不必玄妙、不妨矛盾，一是多中之一，多是一中之多，一外无多，多外无一，此乃真一贯者也。……若为一贯所碍，是为‘死一’，非活一贯也。”（《一贯问答》）
方以智把对客观世界的认识叫做“征其端几”，即知其所以然之故，使“真理灿然于吾前”。因此，他认为世界是可知的，理是可征的，知与无知，不是两截（《物理小识》卷一）。他在《药地炮庄》中反对《庄子》和郭象注的不可知论，极其中肯，例如：
“不知之知，非不知也，注不满，酌不竭，众妙之所出，特不知所由来耳。”（《齐物论》评）
“郭象曰：‘……知与不知，暗会俱全。’信得及否？……如曰：心不是心，物不是物，天不是天，……则二十篇（按：指《庄子》）尾之三知，两端叩竭之无知，皆受用不着矣。”（《大宗师篇》评）
“神在知症；知症，神于知故。……知则不为一切琦辩奥理所惑，而我可以转之；不知则一端暗合，而他端入纱縠矣。”（同上）
“药案曰：不知其故，何可养乎？不以知乱其所不知者，不以不知乱其所当知者，此真能主炉锤者也。……而以两忘诐遁者，俨然大宗师耶？”（同上）
“易曰藏用，此（《庄子》）曰应而不藏（指‘至人用心若镜，不将不迎’）。……非悟火藏空，阳燧如何应？……质测曰，太虚阳光，久视反隐，而宇下牖中，人乃常用。……光之为用，互映曲附，变化岂有穷乎？……笑曰：磨镜可也，鄙亦去不了，厌亦无所逃！”（《应帝王篇》评）
“愚曰：人无不以境转，人无不以类合。……化人而不随物现身，其转物也穷矣！”（《则阳篇》评）
就是这样，方以智在和唯心主义认识论的斗争之中，捍卫着唯物主义的认识论。
方以智又把认识过程比喻作锻炼中的火，在认识运动中随物而“转物”或占有规律，同时即增进主观认识的能力，即所谓“磨镜”似的以烹煮古今中外的经验。这就如他说的：“士之明理，犹农工之刀耜”，人类古今相积地劳动着，同时也古今相积地认识着，劳动可以推陈出新，知识也可以由费知隐。他的随物现身而又转物的认识观点是前人所没有提过的光辉的命题。他的弟子兴斧在其师《语录》的跋文中有“吾师……烹炮古今，归于鼎薪”的归纳语，在序文中以镜珠来比喻认识，更集中地说明了他的认识论和唯心主义相区别的特点：
“以镜为有像，珠为有色，非知镜与珠者也；以像呈而镜不受，色至而珠不随，亦非知镜与珠者也；谓镜受像为尘，珠随色为颣，必离像以求镜，屏色以求珠，尤非知镜与珠者也。”
那么作为反映客观世界的镜珠（比喻认识）不是死物，而是活物，认识本身就是炮制万物同时炮制自己的运动过程，如果以镜作比，镜要磨，以珠作比，珠要炼，在磨炼之中因物而格物，即用即藏。主观和客观的对立意义，已如上面所讲的天人之交是对立之义，这里又显示出它们的相转意义。他给王若先居士的诗的序，指出唯物主义和唯心主义在认识论上的区别：
“万物皆备于我？万我皆备于物！‘转’山河大地归自己则易；‘转’自己归山河大地则难。”（《愚者智禅师语录》）
从上面的理论来看，方以智认为转自己（主观）归山河大地（客观）是要如薪火烹煮原料似的，在炮制万物中，随着客观世界的发展变化而不断锻炼自己的认识的火候，提高和增进主观的认识能力。正是根据这样的唯物主义的认识论观点，方以智反对了道学家的一贯说，他说：
“其执格去物欲（按：指“格物”的旧解）之说者，未彻此耳（按：指“转物”）！心一物也，天地一物也，天下国家一物也，‘格物’直统治平、参、赞，而诵诗读书，穷理博学，俱在其中。但云（按：指朱熹说）今日格一物，明日格一物，以为入门，则胶柱矣！知即是行，诚明合一，非穷理博物而一旦贯通之说（按：指朱注），亦非自得本、莫愁末之说（按：指陆、王说）。”（《一贯问答》）
理学家把“道统”作为真理的自我外现，力求所谓“核中之仁”，离器而尊道，方以智反过来说性道就在文章中，文章亦即薪火，万世烧炼不绝，“道统且置”，不必论究了。他批判客观唯心主义的认识论说：“核仁入土，而上芽生枝，下芽生根，其仁不可得矣。一树之根株花叶，皆全仁也。……与万世共熏性与天道，岂忧其断乎？既知全树全仁矣，不必避树而求仁也明甚，既知全树全仁矣，培根也，护干也，除蠹也，收实也，条理灌输，日用不离也明甚。以冬炼夏，乃贯四时，则无寒无暑之在寒暑中也明甚”（《通雅》卷首之三）。这样看来，古今上下的思维活动是永远不间断地发展的，因此，他一再引用《礼运》的大同之说（稍改字句），把认识过程规定为古今占有物质的思想发展史，“物恶其弃于地也，不必为己有；力恶其不出于己也，不必为己。此《物理小识》之随人集证也”（《语录》）。认识过程有什么道统断续的历史呢？又有什么树外独存的“仁”或器上独存的天理流行呢？既然树外无仁，人们能在离物质全体运动而认识出一个支配运动的东西么？既然全树即全仁，人们能离全树而发现一个另外的“仁”么？这“仁”如果有的话，那就是“特种神”了！
禅学家有什么“心如明镜台”的话，和庄子的“心斋”、“特室”没有两样。对这样主观唯心主义的认识论，方以智责斥道：“如何是‘特室’？切忌面壁！如何是‘至道’？曰：佐五穀即得！”（《在宥篇》评）他更对于庄子以“文灭质，博溺心”而否定认识作用的话，质问说：“伏羲不当画六十四卦，黄帝不当作甲子干支矣！且问：天地许多日月星辰，七十二候，人身生许多经络骨节穴道，是‘文’耶？是‘质’耶？如何‘博’？如何‘约’？”“《庄子》书是文灭质否？博溺心否？”（《缮性篇》评）如果放弃对客观世界的认识，则人是“闲人”，心是“闲心”！
方以智反对玄学的绝“迹”说，他在《药地炮庄》的《德充符·总炮》说：“绝迹易，无行地难。故现兀者身以化跬步索涂之执，彼不动步而周游天下，将以何者为辙环乎？”
他指出认识或“知言”是“格人我、格内外、格古今之大用也。不能知言，又安能自达其所言乎？”因为世界物质“有所以然者存”，故认识或知言在于通“所以为物之至理”（《通雅》卷首之三）。
人类的认识既然是思维过程史，那么认识便是一种合规律的物质存在。他首先肯定人类思维依赖感性认识，他说：
“人所贵者心，而不离五官。始造文字，皆意也，而不离五者，则当以意为第一。胜先形事者，以就可见（视觉）者起意也。名为五官，用时并用；名为六书，一字并存，如见日月之事，而指为日月之意，即会焉。”（《通雅》卷首之一）
“音心曰意，而用于形声，其事咸宜，其义乃显。……风轮噫气，寓窍唱于（指物质运动，秩序自存）。……人生下地，徼观其窍，中发而收，何人不同？”（同上）
“意”指观念，是感觉的混合形态，但观念不能离开感觉。客观的形事所指出的名义就是自然规律在人们观念中的收发。这是存在决定意识的认识起源论。
人类思维又不能仅从感性认识而认识到事物的端几，而尤“贵明其理”，从“推论”（《通雅》卷首之一）以至“通其故”（见前详论）的理性认识是人类去惑决疑的高级手段。方以智好像把它指为悟性的活动，他说：
“悟字不见六经，昉于西乾乎？《黄帝经》云：‘神乎神，耳不闻，目不明，心开而志光，慧然独悟，若风吹云’，然不必此也。子思曰：‘吾尝深有思而莫之得也，于学则寤焉。’寤即悟也，悟者吾心也。”（同上卷一）
他否定黄、老式的空悟，而把悟性和学习结合在一起，指出了理性认识是一个学习过程，因此他说：“可信学也者，觉悟交通，诵习躬效，而兼言之者也。”（《通雅》卷一）他指出，学训效，效法天地；习则训“双手而日月相循”（同上卷三），即他说的“安于灶而享其熟物之功”（同上）。
关于认识的真妄问题，方以智以为，“凡人心之所可及者，皆理所有也，且有不及者；人先不能自见其心，而语及不及者，妄也”（《东西均·扩信篇》）。他用科学的发达为例，说明认识的真妄：“天象至今日始全。一行山河两戒，千余年尊奉之，岂知说梦哉！……新率测中国申时，欧罗巴方子时，则中国足之所履，必有足履此足之底者，如蚁行屋梁是也。……后人有增加精明于前人者，则后出之理未可诬以为非先王之法言也！”（同上）这是就时间来说明真理的相对性，他又就空间来论证真理的客观性：“愚故以天地信自然之公，以自心信东西之同。同自生异，异归于同，即异即同，是知大同。专者虽不肯同，而全者不可不以同□为任。或虚其实，或实其虚，虚实有无之不二，犹阴阳之本不二也。”（同上）
他的“义随世变而改”的进化观点，也是他的认识论的特点。《通雅》开宗明义即说：“古今以智相积，而我生其后，考古所以决今，然不可泥古也。”他举出不少的例子说明“古人有让于后人者”，特别是自西方学术输入中国以来，其质测之精，更补开天辟地以来所未有的知识。他根据历史观点，对庄子的复古论批评道：“上古弱肉强食，未必可系羁而游”（《马蹄篇》评），对庄子的怀疑论批评道：“中土本不知骑，骑法自塞外来，则伯乐久已废矣！试问日者如何废得？”（《秋水篇》评）他认为“天无先后，中有条理”，人类的认识也应随着客观世界的变化而发展，因此他的结论是：“以秩序变化、寂历同时为宗，方圆同时，奇恒之府，即多即一，皆统类于此矣。……大凡推之于先，多属洸洋；任之于后，则动颐而迷。两头俱抹过者，剔中乎中，不定中也，正明其时也。”（见前引）他的唯物主义认识论的发展观点是和他的通其故、知其原的方法论相联系着的，因而也就和“空穷其心”的唯心主义不可知论是对立的。