天主教与后儒的关系
如上所述，传教士指责后儒，其针锋主要是指向宋、明道学。
所谓先儒的“天”和“上帝”，和造物主的上帝附会在一起了，但是宋儒的道学，却不大容易与一个造物主的观念相联系。正统天主教在西方是极力攻击自然神教的，他们把自然神教看成是一种无神论，自然神教既然不承认人格神的上帝的存在，也就不承认灵魂不灭、天堂、地狱等等，这就等于否定教会的作用和教权阶级的地位。所以传教士在中国反对后儒的理论，是用欧洲对自然神论斗争的经验来向中国灌输旧上帝。
耶稣会会士是把后儒和佛、道等量齐观的。据说，从秦代之后“古籍云亡，真传几灭，洎乎秦、汉、晋、唐以来，伪儒迭兴，议论各书，先后继起”（《性理真诠》），所以他们反复告诫人们“勿参以后儒之意见，勿溺于二氏之邪说”（韩霖《铎书》）。他们对后儒的攻击主要仍然环绕着如下正统神学的几个中心问题。
第一，教士们强调上帝不是“太极”。上帝必须是“至尊无对”的“天地真主”（《性理真诠》），是有人格的创造主，因此，他们不能允许对世界的本体作任何带有自然意义的解释。上帝既不能是“太极”，也不能是“天”、“地”，从利玛窦开始，耶稣会会士就正面攻击宋儒的说法。利玛窦反驳朱熹说：
“夫至尊无两，惟一焉耳。曰天、曰地、是二之也。……朱注曰，‘不言后土者、省文也。’窃意仲尼明一之不可为二，何独省文乎？《周颂》曰‘上帝是皇’，……夫帝者非天之谓，则不以苍天为上帝可知。”（《天主实义》第二篇）
他们强调上帝不等于天，而后儒则用形而上学化了的反映皇权的太极或宗统式的天地去代替上帝。据说，先儒是认识到上帝存在的，然而“迨真儒既衰，伪儒继起，方立后土之说，以乾为父、坤为母、郊以祭天，社以祭地，竟将肇造乾坤之真宰，生养吾人之大父，昧然不知矣。更有甚者，不惟立五帝以主五方，更创太极、太虚、太乙、太和、理气，阴阳之说，惑世诬民，是将天主真主全然抹杀”（孙璋：《性理真诠》）。根本的分歧之点在于后儒的太极、无极或其他类似的观念，都含有反映皇权和宗主的色彩，和由于一个创世主的人格神不相适合，因而也和天主教“创世记”的观念相矛盾。
第二，教士们强调上帝不是“理”或“心”。反教者曾经有过天主教的上帝即“理而已矣”的说法，这同样是耶稣会会士所不能接受的：
“（天）主教尊天，儒教亦尊天，（天）主教穷理，儒教亦穷理。……后之儒者，乃以隔膜之见，妄为注释，如所谓天即理也，含糊不明。”（魏裔介：《道未汤（若望）先生七秩寿·序》）
杨光先攻击上帝存在，曾经有过这样的一段话：
“天主虽神，实二气中之一气，以二气中之一气而谓能造生万有之二气，于理通乎？……而所谓（天主）无始者，无其始也；有无始，则必有生无始者之无无始，有生无始者之无无始，则必又有生无无始者之无无无始，溯而上之，曷有穷极？而无始亦不得名天主矣。”（杨光先：《辟邪论》上，载《不得已》卷上）
天主教对此的答复，就是把世界分为自然世界与超自然世界的两橛：自然世界（被创造者），是有始有终的，而超自然世界（创造者），则是无始无终的；不能把自然世界的逻辑，应用到启示的真理上面来。
欧洲文艺复兴以来的新世界观，大都倾向于把神融解于自然，而耶稣会强调上帝之超自然，正是代表了封建传统对于新思想、新科学的一种反动。超自然的上帝是人智所不能认识的，而那作为自然世界原则的理，则是人智可以认识的；文艺复兴以来的新思想、新科学，在某种意义上，都是想去尝试被中世纪教会所宣布为“禁果”的东西，而耶稣会的使命正是要维护这个“禁果”的神圣不可侵犯。在欧洲经历了这样理论斗争的传教士们，很自然就会在中国翻版它。不过，他们所遇见的道学家并不是欧洲文艺复兴的科学家，而是中国中世纪的哲学流派。
耶稣会会士指责后儒的错误在于以“理”代替了“上帝”：
“朱注曰，‘天即理也。……天命者，天所赋之正理也。……”盖不识有一上帝，至权能、至纯神，造成天地万物而掌治之。形天特其所造中之一物，非上帝也。又不悟古人此‘天’字是借称，遂误认天有理与气之两项，有时专以形言，有时专以理言。又谓苍苍之天，即此道理之天。分合都错也。”（严谟：《诗书辨错解》）
在经院哲学里，理是“形性”的，而神是“超性”的，不能用形性的理，代替超性的神，理不能代替神成为“创世记”的根据：
“理卑于人，理为物，而非物为理也。故仲尼曰，‘人能弘道，非道弘人也’。……理含万物之灵，化生万物，此乃天主也，何独谓之理，谓之太极哉？”（《天主实义》第二篇）
按经院哲学的说法，世界万物都必须有“因”，理既然也是被创造的，所以理就不能成为世界的根本“造因”，理就不能成为万物的创造者。利玛窦假设过一段中士和西士的对话：
“中士曰：无其理则无其物，是故我周子相信理为物之原也。西士曰：无子则无父，谁言子为父之原乎？……有物则有物之理，无此物之实即无此理之实，若以虚理为物之原，是无异乎佛老之说。……试问于子，阴阳五行之理，一动一静之际，辄能生阴阳五行；则今有车理，岂不动而生一乘车乎？”（《天主实义》第二篇）
这就是说，“理”不可能创造世界。
世界的创造者既不能是“理”，同时也就不能是“心”。“即心即理”和“即物即理”，都是耶稣会所不能容纳的，因为过分地推崇“心”的作用，就有降低上帝及其代理人（教会）地位的危险，所以他们指责心学是“不解原天之心”（韩瑞梧：《西圣七编·序》，载《绝檄·同文纪》）。天主教正统神学决不许可把“理”或“心”视为是世界的起源与归宿，“理”和“心”不能完成基督教的神学目的论，只有天主才能既是起源又是归宿，才能构成一套彻头彻尾的神学目的论。太极、理、心，以及其他的类似概念，都不能代替创造者的上帝：
“若太极只解之所谓理，则不能为天地万物之原矣。盖理亦依赖之类，自不能立，曷立他物哉？中国文人学士讲论理者，只谓有二端，或在人心或在事物，事物之理合乎人心之理，方谓真实焉，人心能穷彼在物之理，而尽其知，则谓之格物焉。据此两端，则理固依赖，奚得为物原乎？二者皆在物后，而后岂先者之原？”（利玛窦：《天主实义》第二篇）
这里把理论证为第二性的，是要说明那能满足既是起源又是归宿这个条件的必须是创世主。
第三，既然否定了太极与理，所以耶稣会会士也就否认道学家的宇宙论以及理气、阴阳、四时、五行等等概念。他们提出：
“夫俗儒言理，言道，言天，莫不以此为万物之根本矣。但究其所谓理，所谓道，所谓天，皆归于虚文而已。盖自理而言，或谓之天，或谓之性，自道而言，或谓之太极，或谓之无极，或谓之气化。然天也，性也，心也，太极也，无极也，气化也，从何而有？理出于心，心出于性，性出于天，天则从何而出？……若夫无极与太极之义，要不外理气两端，周子以无极太极与太虚为一，张子以太虚与理与天为一，然则天也，理也，气也，皆不能自有，则必先有他有，则必先有其所以然，既先有其所以然，则不能为万物太初之根本，明矣。如此，则俗儒所称万物之大本，虽曰实理，终归于虚理虚文而已矣。”（卫方济：《人罪至重》）
一切因，推到最后必须有一个没有原因的原因，一切运动推到最后，必须有一个不运动的推动者，在耶稣会会士看来，中国的后儒所持的神学还不配反映“特权，例外权之类存在”的封建主义世界观，而惟有欧洲中世纪经院哲学才能尽这一职责。耶稣会会士就用这种神学特权来否定道学家的圣人特权。世界既然是一个有目的而创造的金字塔，那就不能容忍世界上有任何事物可以成为目的论体系中的空白点。好像道学家还不配作说教者，封建等级制的社会秩序必须更明白如画地反射成为一个等级制的思想体系。自然界（与社会）的每一事物，其所以存在都在于为更高一级的目的而服务，一切的价值最后都向着唯一无二的上帝。上帝先于万有，上帝存于万有，上帝又后于万有，上帝是一切的起源，是一切的支持，是一切的归宿。耶稣会的这种理论完全是正统天主教的神学理论，万有都被赋予神学的价值与意义。而中国的道学，在他们看来，民族特点过强，就不配做世界性的宗教。
耶稣会会士们的正统宗教观点是和新教的宗教观点相对立的。在正统神学的眼光里，把上帝从天上的宝座上拉下来溶解于地上的万有之中，这样就使上帝丧失了他头上神圣的光环。宗教改革以后，欧洲各种“异端”的出现如雨后春笋，它们总的倾向都是要抹杀特权的上帝（从而也就抹掉上帝在地上的代表的罗马教会）的地位，它们普遍要求思想与信仰的自由，要求个人有按照自己的方式崇拜上帝之权。耶稣会是在宗教改革的冲击之下天主教反动的产物，它是在保卫“圣教”并反对“异端”的斗争中兴盛起来的，它们绝不放过任何与正统宗教理论相左的观点作斗争的机会。当时在中国，新起的“异端”学者如李贽、方以智等人，也曾各树一帜，反对中国的正统道学。这个时代是暴风雨袭来的新时代。然而耶稣会会士们却是从极右的方面把道学家也看做一种“异端”。下面的故事就提供了一个典型的例子。
“汝南李公素以道学称，崇奉释氏，多有从之者。一日与诸生论道。……时诸公复辩论心性善恶不一，利子玛窦集合众论，具言人性为至善之主所赋，宁复有不善乎？且贬‘万物一体’之说；人咸深赏其言。”（艾儒略：《大西利先生行迹》）
所谓“贬万物一体”之说，即否认太极生万物的世界观，否认以抽象的太极这个动力来代替所谓“妙有”的上帝这个创造者：
“太极之说，总不外理气二字，未尝言其有灵明知觉也。既无灵明知觉，则何以主宰万化？愚谓气于天地，犹木瓦于宫室；理也者殆又室之规模乎？二者阙一不得，然不有工师，谁为之前堂后寝？……物物各具一太极，则太极岂非物之元质与物同体者乎？既与物同体，则囿于物不得为天地主矣。”（艾儒略：《三山论学记》）
耶稣会会士们好像误把欧洲文艺复兴以来的泛神论，和中国传统的“万物一体”之说，看成一样，因而把中国的正统思想误解成为封建的异端。从这一点也可以看出耶稣会的活动的性质，是多么具有封建主义的性格。
形而上学的唯心主义，把属于超性的创造主和属于形性的事物规律弄在一起，本来是中外都有的思想派别，但在耶稣会看来，这还不够是十足的神学：
“天命之谓性。朱注曰：‘命犹令也，性即理也。天以阴阳五行化生万物，气以形成，而理亦赋焉，犹命令也。于是人物之生，各得其所赋之理，以为主建顺五德之常，所谓性也。’辨曰：后儒总不识有一上帝，不识经书以‘天’字借称‘上帝’，只认有一理气而已。……独不思上古圣贤所言‘天’，不是阴阳五行，人性之四德亦不属阴阳五行。……盖彼所谓理者，终不能超乎形之外，故上而天命亦概以阴阳元亨利贞之四气。……天与人之别者，止争在天在人之时，人之与禽兽草木别者，止争偏全之分，将天人物合笼作一体，共是一件事物，自喜以为穷极天人之原，融会古今之论，而不知其大错！”（严谟：《诗书辨错解》）
万物一体即所谓天人合一，古说的义解，并没有什么了不起的新道理，但罗马教会是反对任何种类的天人合一的；天与人的交通，必须是而且只能是通过教会的“愚蠢的媒介”。耶稣会会士们也仿效中国的一套传心之学，编造历史：“盖秦火之后，汉时方术之士盛行，乘诏求道书，而诸伪悉显”，而道学所根据的就是伪书：“太极生两仪，乃康节、希夷之流托言附会”，“凡诸非义，皆后世方术士借名窃附，以张伪学者”（严谟：《周易指疑》）。耶稣会宣称，他们与后儒的根本不同，就在于他们以其天学恢复了古代先儒的真面目：
“古者称‘天’之正义，久失原本，所以后儒诠训，各自为说。或云天即理即气，或以为太极无极，甚有云即吾心之天；其言弥多，其理弥晦。夫古者之称天，称天之主宰，……盖指灵明之大君，以其宰判天地万物，黜陟幽明，品位崇隆，无与配偶，是为无上最尊之帝也。”（严谟：《存朴编》）
这就说明，不论在概念上还是在推论中带着对科学有一点让步的唯心主义，都失去了天真的古义，也即不合于一个有至高无上主宰的正统神学。
耶稣会会士之以西方正统的经院哲学来攻击中国正统的经院哲学，这件事并不单纯意味着批判道学的形而上学，而且意味着积极防止科学的传播。他们这些欧洲的败将们，如果想收复失地于亚洲，就不能不防患于未然，首先应在神学上不要沾染一点儿自然神的气味。因为当时欧洲的情况是很不妙的。正统神学原来把世界万有的品质不同，归之于上帝的创造、上帝的主宰（这种世界观是和封建等级制相适应的），而自然神论则把品质不同的万有，看成是由同样的物质材料所构成的，并受同样的自然规律所支配的，从而引向机械的唯物主义。这样，就从神学的“质”的世界观的束缚之下解放出来，向着“量”的世界观迈进了一步。这是哲学史的一个进步，是科学发展所带来的一个进步。中国当时的思想发展史，是力图从道学的形而上学中解放的，事实上当时已经形成了一种思潮。但天主教神学的目的论则是衰朽阶极对于资本主义上升时期的科学发展进行反抗的武器，从这种意义来说，耶稣会所传来的理论是和科学相对立的。近代科学的兴起，在世界观和思想方法论上，主张自然界有着普遍的、必然的法则的存在。如果不承认世界万有的品类不同都是由于同样的物质构成的，如果接受经院哲学的见解认为万有品类的不同是由神意所规定的，则科学便显然无法追求一种普遍的、必然的法则来解释世界了。耶稣会任何反对靠近自然科学的说法，背后都隐藏着一个森严的封建等级制。世界上一切事物的不同，归根结底，按耶稣会的说法来说，都是上帝安排好了的品类的等差或级别，一切品类各有其特定的地位，而不可改变。品质的不同的世界是一个永远不能转化的世界，所以万有不齐的世界里就不能有普遍的自然规律可寻，而只有诉之于神的主宰权，即“例外权”了。这种僧侣主义，是与近代科学相违背的，因为近代科学首先要把世界的一切差别归结为数量的差别，归结为运动（参看笛卡尔《哲学原理》第二部原理二十三）。
明白了这一点，我们就知道耶稣会之所以努力以正统天主教经院神学来合儒、补儒、益儒与超儒，其作用是企图以一种更反动的经院哲学，来代替中国原有的经院哲学。道学家们的世界观是唯心主义的，但他们描述的世界图像，不同于原始的宗教，他们的一些哲学范畴，也被进步思想家利用来作了唯物主义的解释或改造。因此我们说，两种反道学，即耶稣会会士们的反对道学与启蒙学者的反对道学，两者的根本倾向是迥然不同的。