反对天主教的各种理论
对天主教的攻击来自各个方面，有的来自传统的道学，有的来自佛教徒，有的来自封建的卫道士；有的从理论方面加以攻击，有的从信仰方面加以攻击，有的从政治方面加以攻击。
利玛窦的《天主实义》出版后，引起了大量的非难和辩论。从传统道学而攻击天主教理论的，可以以钟始声为代表，他的《天学初征》和《天学再征》，就是为着与利玛窦、艾儒略论战而写成的。利玛窦曾引证《诗经》、《易传》、《中庸》等书，论证上帝的存在，钟始声针锋相对地提出如下的反驳：
“吾儒所谓天者有三焉：一者望而苍苍之天，所谓昭昭之多及其无穷者是也；二者统御世间主善罚恶之天，即《诗》、《易》、《中庸》所称上帝是也，彼（天主教）惟知此而已，此言天帝，但治世而非生世；……三者本有灵明之性，无始无终，不生不灭，名之为天，此乃天地万物本原，名之为命。
“苟能于一事一物之中克见太极易理之全者，在天则为上帝，在鬼神则为灵明，在人则为圣人。……倘天地未分之先，先有一最灵最圣者为天主，则便可有治而无乱，有善而无恶，又何俟后之神灵圣哲为之裁成辅相？而人亦更无与天地合德、先天而天弗违者矣。”（《天学再征》）
钟始声认为天主教的上帝仅仅是“天”的一个组成部分或一个方面，而“天”的本体仍然是“太极”。钟始声否认创世主唯一无二的地位，否认天主教所加给上帝的一切德性。他认为如果世界需要被创造，那么创造主本身也就需要被创造（上面已经提到耶稣会对这一点是怎样答复的），他又认为如果上帝是全能的，就不需要有什么自然秩序和社会秩序了，而且上帝“全在”与“创造”这两个观念是名词上的自相矛盾，而且按照“创世记”的说法也不能解释恶的起源。他对于灵魂不灭，魂有三品，天堂、地狱和赎罪等等，也都一一加以反驳。钟始声的方法仍是以形而上学的形式逻辑作概念分析来揭露天主教经院哲学推理的错误的。他没有认识到天主教经院哲学在一定范围之内也有一套形式逻辑（但限于以宗教信仰为前提），因而辩论就形成了烦琐的概念游戏。
正统的天主教哲学是不允许人们自由地讲世界观的，因为它已经有一套现成的官定世界观，这个世界观任何教士是不能怀疑的。天主教所谓的哲学，只是在这个固定的世界观体系之中，反复进行着概念的游戏和比喻式的推演。文艺复兴以后的哲学，首先就正是针对着正统经院哲学的世界观，而提出自己的新的世界观来的。钟始声所依据的世界观，当然与天主教的经院哲学不同，但却依然是中世纪的旧世界观，从而就只能是依赖形式概念的分析去反驳宗教的信条。文艺复兴以来的哲学之反对经院哲学，主要的是从世界观的观点方面和从思想方法方面去反对的，而不是从形式逻辑方面去反对的。但是钟始声却想以一种经院哲学对抗另一种经院哲学，例如他在论上帝与太极的问题时就说：
“其（天教）言曰，‘物物各有一太极，则太极与物同体，囿于物而不得为天地主’。征曰，太极妙理，无分剂、无方隅，故物物各得其全，全体在物而不囿于物也。……汝谓独一天主，不与物同体，则必高居物表，有分剂、有方隅矣，何谓无所不在？”（《天学再征》）
要拆散经院哲学，不能依靠另一种经院哲学，也不能单靠形式逻辑，而必须依靠科学。
凡是从儒门的立场上来反对天主教理论的，都具有若干大体相似的论点。他们否认世界是上帝创造的，但一般是以所谓太极来对抗上帝：
“客曰：（利）玛窦以天地万物，皆天主所造。……答曰，阴阳絪缊，万物化生，问孰主宰而隆施是？虽神圣，不得而名也，故强名曰太极。”（陈矦元：《西学辩四》，载《圣朝破邪集》卷五）
这里讲的也就是强调以不可知的神秘力来对抗“创世记”。他们又强调以仁义来反对天主教的灵魂道体说：
“中国之儒门无异学，惟有仁义而已，故死生皆不失其正”；“子罕言命与仁，……盖命即理也，此理极精微。仁乃道也，此道最广大，惟君子致广大而尽精微。……圣人齐死生也，超死生也，所谓毋意（毋）必（毋）固（毋）我者也。”
与此相对照，则天主教“所谓灵魂者，生时如拘缧绁中，既死则如出暗狱，教人苦生乐死。”他们质问在这种“生死皆欲”的教义之下，“活泼泼之趣何在？坦荡荡之宗奚存？”（黄贞《尊儒亟镜》，载《圣朝破邪集》卷三）正统的天主教经院哲学和中国正宗的宋、明儒学在世界观上是各有一套传统的。当时耶稣会会士和道学家的争论，与其说是争辩真理，不如说是争取道统。历史已发展到了这样一个阶段，要反经院哲学就非和科学携起手来不可，然而这却是正宗儒门所不能具备的条件。
佛教之反天主教，其争论点主要以关于宗教崇拜方面的居多。例如对于耶稣诞生和升天的神话，关于三位一体的说法等等；这些争论的大部分，实际上是以一种宗教迷信反对另一种宗教迷信。
至于理论方面的争执，则主要在世界的最后根源问题。佛教徒认为天主教坚持有一个“出乎自性明诚之外”的超然的创造主乃是错误的，其所以错误在于他们是“以目前情识，执难先天发育之理”，把天和人分裂开来，并对立起来。这种划分先天与后天，乃是“妄执”，乃是“虚幻”。在佛教徒看来，“先天发育之理，统于乾元不息，乾元之自强不息，即吾心之本觉常明，吾心之本觉常明，于先天后天，无二、无分、无别、无断也。”（释寂基：《昭奸》，载《辟邪集》卷下）划分开先天和后天，就不能承认万物一体，而先天、后天打成一片，就很容易得出万物一体的结论来。
于是万物一体的问题，就成为天、释两宗另一个争论的焦点。佛教徒认为天主教之主张“天主不与万物一体”，是由于“舍乎心，离乎性，向天地万物之外，执有天主”。因此佛教徒强调：
“万物固无始也，亦无终也。……即此无始无终，是天地之大本也。悉其名则曰本心、曰本性、曰至理、曰大义、曰一气。”（天主教不明了这一宇宙的根本，所以）“用识心妄想分别万物，……既迷一体之旨，亦背一心之道，故舍乎心离乎性，妄执有一天主。”（释费隐：《原道辟邪说》）
正统天主教的世界固然是一个万物本性截然不同的等级结构，但佛教徒批评这种世界观说：“体有性体之体，有形体之体；形则妄而异，性则真而同”（释如纯：《天学初辟》，载《辟邪集》卷上），也还是真俗的分类法。天主教认为万物的形异就是万物的性异，在佛教徒看来，那只是“不悟万物一体，故揣摩有天主以生万物，遂以天主之性不同人性。……此不能尽自性以尽人物之性，故不知人物同灵，原为一体”（释寂基：《昭奸》）。因而天主教就“错认本源，故辄曰人物不同性，人与天主尤遍别，是天主一性、人一性、物一性，而一贯之道，碎裂无余”（释如纯：《天学初辟》）。佛教徒虽然一方面强调唯心主义的万物一体说，提出“佛者觉也，……其觉也非一己之觉也，与万灵同亲是觉”（释密云：《辨天三说》，载《圣朝破邪集》卷七）的说法来；然而另一方面，为了避免陷入平等论的困难，又不能不提出业报轮回的说法，企图以此来解说“万有不齐”（同上）的现象。这样，他们就陷入了以一种世界颠倒意识来反对另一种世界颠倒意识的矛盾中。
天主教的教条与神话曾遭受到各派的攻击。有的如黄贞、钟始声、许大受等人，代表着传统的儒学，质问天主教的神话，如：天主救世为什么就一定非得自己受难不可？天主既然创造了世界，为什么又要创造出罪恶与魔鬼？他们尤其不能同意以信仰天主与否作为善恶的标准，作为最后审判与灵魂得救的标准。
而代表着启蒙思潮的当时中国的先进思想家们，和前一派人物便不同了，早一些的如李卓吾、方以智，晚一些的如王夫之、黄宗羲，他们则是依据着无神论或近代的思想方法，而对耶稣会所传的宗教信仰深致怀疑的。
从天主教传到中国以来，每次的争论和斗争都带有鲜明的政治动机。大部分反教者最仇视于天主教的就在于天主教“用夷变夏”（黄贞：《尊儒亟镜·序》）。虽然这一点传教士认为是不能成立的，他们说在上帝的眼里无所谓中外或华夷的区分；但维护封建正统的反教者们，认为天主教在中国的道统和正统之外，居然“别有所谓天之之说，别有所谓事之之法”（同上），其目的显然是“变乱治统，觑图神器”（林启陆：《诛夷论略》），如果任这种“邪教”“夺人国士，乱人学脉”，“流惑天下，蔓延后世”（黄贞：《破邪集·自序》），就势必酿成篡夺“中国君师两大权”（黄贞：《尊儒亟镜·序》）。沈㴶发动最早的一次教案，即万历四十四年（公元1616年）的南京教案，所持的理由便是如此。他奏称：
“惟皇上为复载昭临之主，是以国号曰大明，何彼夷亦曰大西？且既称归化，岂可为两大之辞以相抗乎？……本朝稽古定制，每诏诰之下，皆曰奉天；而彼夷诡称天主，若将驾轶其上者然，使愚民眩惑，何以适从！”（沈㴶：《参远夷疏》，载《南宫署牍》）
天（最高例外权的象征化），只能有一个代表者，那就是皇帝，皇帝握有统治权而代表天，此外天不能再有别的代表。另外提出天和帝来，那就是要篡夺统治权：
“盖天即帝，帝即天，故尊天即尊帝也，何云上天未可为尊，并讳上帝之号，而改为天主之号乎？……是其标大题僭大号，……凌驾于三王周孔之上，从来大变，未有甚于此者。”（邹维琏：《辟邪管见录》，载《圣朝破邪集》卷六）
道统就是正统的理论根据，争正统就必须争道统：“《天主实义》一书已议孔圣太极之说为非，子思率性之言未妥，孟氏不孝有三之语为迂，朱子郊社之语不通，程子形体主宰性情之解为妄。”（黄贞：《不忍不言》，曾时“序”）他们也不无根据地指出天主教“阳斥二氏”，而“阴排儒教”（《诛夷论略》），或者说是“伪尊儒而实乱其道脉”（《天学初征》）。他们更指出传教士“不奉召而至潜入我国中，欲以彼国之邪教，移我华夏之民风，是敢以夷变夏”（张广湉：《辟邪摘要略议》，载《圣朝破邪集》卷五），这就是说要篡夺道统；“彼云国中君主有二，一称治世皇帝，一称教化皇帝，是一天而二日，一国而二主”（同上），这就是说要篡夺法统。在整个中世纪，罗马教会从来就是封建制社会最有力的支柱，他们本身就是大封建主，他们代表着以教皇为首的封建统治体系的利益。这一套搬到海外之后，就会和当地原来的封建统治权发生矛盾，这也是不可避免的。而且在西方历史上，教权与王权之间，长期以来的矛盾是人所熟知的事实，因此中世纪末期统一民族国家形成的同时，就必然伴随着教会的民族化。中国早已经就是一个统一的国家，当然在皇权之外无法接受一个外来的教权。
教皇格勒孟十一（ClementⅪ，公元1700—1721年）的禁条（禁止中国信徒祭祖、敬孔）就是把中国的正统法统视之为异端的，同时中国皇帝也是把天主教视为异端的。争天上的王国，其实质就是争地上的王国；争天、争正朔、争教仪和教礼，也就是争封建统治秩序的法律虚构在哪一方。杨光先提出“不得已”的争论其实倒确是有其不得已的。天无二日、人无二君的说法，从维护中国旧有的封建统治秩序的立场而言，本来是很自然的。
耶稣会的活动既不是和平的性质，也不是单纯传教的性质。耶稣会不仅是封建统治的精神宪兵，而且更是殖民帝国的先遣队。耶稣会的反改革是以地球为舞台而展开活动的，就在耶稣会来远东的同时，他们也积极插足于新发现不久的南美洲，在那里他们也是以科学和社会事业为幌子，到处传教，进行其所谓“精神征服”，终于耶稣会成为南美洲最大的势力。他们不仅变成为大奴隶主、大地主，而且直接掌握或干预各国的政治，最突出的事例是耶稣会取得了拉布拉他（La Plata）的独占权，竟在巴拉圭建立了一个由宗教团体直接统治的神权政体国家，这个国家的宗教政权一直存在到18世纪（18世纪伏尔泰在他的《赣弟德》（Candida）里还对它作过尖辛的讽刺）。耶稣会东来活动的性质和目的，与他们之在南美洲是不会有什么两样的。不同的是东方的印度和中国，都是人口众多而文化发达的国家，要想和对美洲一样，凭数十百个亡命徒就可以灭人国家，辟地千里，以一小撮传教士就建立起一个宗教王国的事情，是不可能出现的罢了。耶稣会本来是阶级斗争极其尖锐的历史阶段之下的产物。中国资产阶级学者为耶稣会张目与吹嘘的时候，恰好把这件最基本的历史事实遗忘掉了。我们以为当时中国的卫道者们的理论是可笑的，而他们凭着一种狭隘的民族观念或本能，倒是嗅出了耶稣会的侵略气味的，他们和后来的买办资产阶级不同，他们直斥耶稣会是“觊觎中原神器”（《天学再征》）。崇祯十一年（公元1638年）福州的一批士大夫发表过一个《攘夷报国公揭》，说到天主教：
“布满天下，煽惑交结，……似不普中国而变夷狄不已也。且吞我属国……复据我香山澳、台湾、鸡笼、淡水，以破闽、粤之门户，一旦外患内应，将何以御？”（李维恒等：《攘夷报国公揭》，载《圣朝破邪集》卷六）
同时也应指出，当时中国的卫道者之所以反天主教，乃是有鉴于宗教为农民所利用的历史教训。他们害怕天主教“惑世诬民”（《天学初征》）的结果，会引出“十倍白莲”的“烈祸”（李灿：《劈邪说》，载《圣朝破邪集》卷五）来，最早沈㴶发动南京教案也有这样的忧虑。崇祯三年礼部给事中卢兆龙上疏也提出这一点说：“天主教其说幽渺，最易惑世诬民，今在长安大肆讲演，京师之人信奉邪教十家而九，浸淫滋蔓，则白莲教之乱可鉴也。”（《崇祯长编》卷三十五）不久之后，果然在浙江永康就爆发过一次打着天主教旗号的农民起义（参看《缙云县志》卷五）。在清初最有名的杨光先案中，杨光先反教的主要立论也是如此。杨光先“请诛天主邪教”的用意，也是为了防范“耶稣之聚众，谋为不轨”（杨光先：《辟邪论》上，载《不得已》卷上）在中国的重演，为了防范人民假宗教起义；他之痛恨耶稣是因为耶稣是一个“谋反之渠魁”（同上）。他看出了“如德亚（犹太）国主与耶稣誓不两立矣；非国主杀耶稣，则耶稣必弑国主”（杨光先：《临汤若望进呈图像说》，载《不得已》卷上）。因此，他才达到“宁可使中夏无好历法，不可使中夏有西洋人”（杨光先：《日食天象验》，载《不得已》卷下）的结论。但是，把耶稣会所宣扬的正统天主教和农民起义所利用的号召手段，混同起来，是一种错觉。因为耶稣会决不会是“异端”，它是维护封建秩序中正统教权的，从利玛窦到戴进贤（Igna tius Kögler，公元1680—1746年，德国人，1716年来华）等人，也都极力辩解天主教并非廉价的“邪教”。从而，以防范黄巾和白莲教的眼光来防范耶稣会，是卫道之士的偏见。反之，耶稣会会士们企图参与中国的政变，倒是有史实根据的，远如对明、清两朝的策划，稍后如参与清王朝宫廷夺嫡的阴谋而以失败告终（耶稣会士在康熙时参与过允禩、允禟、允禵一派的活动，所以允禛（雍正）即位后，便对他们采取严厉的手段），都是例子。