吕坤在认识论上的动摇及其“二天”说
如上所述，吕坤的世界观是唯物主义的，但在认识论和人性论方面，他的思想就表现了一定的局限性。他提出了一些进步的命题，但在若干方面又不能彻底脱离道学传统的束缚。
在认识论上，吕坤认为天地万物都是可知的，他说：
“天地不可知也，而吾知天地之所生；观其所生，而天地之性情形态俱见之矣。”（《呻吟语》卷四《天地》）
这里指出人们通过对具体事物的认识，可以达到对宇宙的总的认识，而不是像道学家所说的，有一种圣人，先验地洞知一切宇宙的秘密。吕坤依据人类认识的出发点是基于客观世界的物理，批评了道学的“生知”说：
“夫理可心悟而事难心悟，理可一贯而事难一贯。宋儒有言孔子生而知之者，言亦由学而至，所以勉进后人也。弟窃笑之。夫气质清明则义理昭著，道与身一则由仁义行，所谓性焉安焉，圣人诚若是矣；乃若生不见泰山而能图泰山景象，生不见坟典而能诵坟典故实，圣人能之乎？夫古今事变名物、宇宙人情物理、童而习之，白首不能尽，……若欲周知，岂得不学？”（《去伪斋集》卷四《别尔瞻书》）
吕坤心目中的圣人，只是在才质道德上有些优越，而不是超越凡人的神人。因此，他认为孔子也必须学，必须一方面“涉历世务”，一方面“理会前言”（继承前人的成果），否则便不能成为圣人。在这里，吕坤实际上是把客观事物作为认识的出发点，从而杜绝了各种“悬解”、“顿悟”的神秘道路。
吕坤曾说：“余讲学只主六字，曰：天地万物一体。”（《呻吟语》卷二《问学》）他解释说，“天地万物一体”即孔门之“仁”。吕坤所谓“天地万物一体”包含了这样的意义，即学者应以天下为己任。他在致顾宪成的信中说：
“古之圣贤会天地万物为一身，不曾谢却天地万物，摘出此身，作自家，另行修治。而今学者起念便觉天地万物不亲不故，与我无干；不痛不痒，与我罔觉。及其聚会讲求，不过理会古人多年卷宗，拈起磨勘，深文细索，无了无休。此人即置之庙堂，只可作一迂腐之儒，坐镇雅俗，了得自家耳。吾辈此身原是天下之身，要认得天下国家、昆虫草木都是吾身，饥寒疾病都是痛煞煞痌瘝乃身，除此饥寒疾病都是紧切切解使去己。……而今学问正要扩一体之义，大无我之公，将天地万物收之肚中，将四肢百体公诸天下，消尽自私自利之心，浓敦公己公人之念，这是真实有用之学。”（《去伪斋集》卷五《答顾泾阳》）
从这一方面来说，吕坤的“一体之义”是有进步性的。这种“大无我之公”的主张和泰州学派王艮的学说很相吻合，同时吕坤对讲学的主张和东林党人也是一致的，所以他在同一信件中称颂“东林会约是今日第一紧要事”。吕坤可说是东林的一个支持者。
不过吕坤有时过分夸大了修饬己心的作用，以致在认识论上走入迷途，例如：
“举世都是‘我心’，去了这‘我心’，通是四通八达，六合内无一些界限。”（《呻吟语》卷一《存心》）
“君子洗得此心净，则两闲不见一尘；充得此心尽，则两闲不见一碍。”（同上）
特别是在讨论“格物”的四封信中，吕坤释“格”为知止，释“物”为至善，提出“物有四格”：
“有一事之格，有全体之格，有倏忽之格，有渐积之格。千载首阳千载节，那知孤竹与西周，一事之格也。山河大地浑无物，今古乾坤总一腔，全体之格也。所天不解寻常重，蓦地干戈那顾身，倏忽之格也。坚冰曾作琉璃塔，不道春深一片无，积渐之格也。”（《去伪斋集》卷四《论格物第四书》）
甚至说：“格物以后，举此心以加诸彼，措之天下裕如，所谓‘风恬浪静浑无事，万里江河自在行’是也”（《去伪斋集》卷四《论格物第四书》），这就明显地动摇到唯心主义方面去了。
在人性论方面，吕坤没有彻底推翻朱熹的学说，而是在朱熹学说的形式下作了若干修正和改造。他曾批评孟子说：“辟三品之说而道性善，是矣，他日曰忍性，又以耳目口鼻四肢之欲为性，何以服诸家也？”（《去伪斋集》卷七《襄垣策问》）可见他是不同意“性三品”说的。
吕坤认为专言性善也是错误的，他说：“宋儒有功于孟子，只是补出个气质之性来，省多少口吻”（《呻吟语》卷一《性命》），善与恶均是人的本性：
“义理之性有善无恶，气质之性有善有恶，气质亦天命于人而与生俱生者，不谓之性可乎？”（《呻吟语》卷一《性命》）
朱熹认为“天地之性”是绝对的“理”的实现，而“气质”则有清浊纯驳之分，吕坤批评这一说法为“支离”，他说：
“其实天地只有一个气，理在气之中，赋于万物，方以‘性’言。……设使没有气质，只是一个德性，人人都是生知圣人，千古圣贤千言万语、教化刑名都是多了底，何所苦而如此乎？”（《呻吟语》卷一《性命》）
因此，他强调说：“不合于天下万世公共之人心，非道也”（《去伪斋集》卷六《明庸》），“道心、人心本同一贯，离人心何以见道？无人心何以为道？”（《去伪斋集》卷六《虞书十六字解》）在这一点上，他仍然是坚守在唯物主义的方面的。
在吕坤的哲学体系中，气与理不能分离，所以他认为就人而言，义理之性与气质之性不能分离。然而真理只要错走很小的一步，便成了错误，吕坤没有理由地把“天”本身也分为两种：
“天自有两种天，有理道之天，有气数之天，故赋之于人，有义理之性，有气质之性。二天皆出于太极。”（《呻吟语》卷一《谈道》）
这样就向错误方面滑下去了。他甚至模仿所谓“虞廷十六字”说：“气天惟危，道天惟微，惟燮惟赞，圣人是持。”
吕坤这种“二天”的理论，由于不知不觉之间赋予天以善恶的道德性质，又设立了至善的“道天”或“理道之天”，这就和他的气的一元论世界观形成矛盾。但吕坤在《说天》一文中，以宏肆的文笔描写所谓“气天”说：
“讹言谗说，排阖从横，颠倒是非，混淆黑白，朝无国是，野无公言，以乱天下，此巧伪之天。
“春秋、战国，逮于秦、项，三百余年，国无净土，岁无宁时，原野厌人骨血，麦菽化为荆榛，此杀戮之天。
“武曌当阳，秽德弥宇，易庙屠宗，污宫乱朝，郊则天格，庙则神享，此淫浊之天。
“疠疫时行，妖孽为祟，旱以七岁，水以九年，或门无噍类，或里无人烟，此虐厉之天。
“君子小人，祸则同祸，福则同福，玉石不分，薰莸杂处，此混沌之天。
“小人得志，安福尊荣；君子潜身，危亡困辱，此倒置之天。
“当是时也，气运当权，化劫为政，仁覆闵下之旻天，曰明曰旦之昊天，好生恶杀、福善祸淫之帝天，剖心呕血，抢地哀号，若无闻也，若无见也，所谓‘气天惟危，道天惟微’时也。”（《去伪斋集》卷六）
这里吕坤对天的诅咒，更甚于变《雅》的《板》、《荡》，他的两种“天”的对立，反映出当时社会的矛盾正在成为一般的危机。吕坤无情地剥下了天的庄严的紫袍，从这一角度来看，“二天”说仍可视为吕坤进步思想的构成部分，然而它毕竟在理论上是基于伦理观点的一种颠倒意识，而且陷于了神秘主义。
吕坤逝世前，病中作《反挽歌》七章自饯，其中说：
“生小弄文墨，不识耒与耜，谓此耒耜人，赖我文墨士；国家富贵之，托以保赤子。……尽地几物力，弥宇繁生齿，均之犹不足，专也孰堪此？……不生富贵人，贫贱安得死？禄食已自丰，列鼎施金紫，况复恣陵夺，虓虎而封豕。我亦轩冕徒，久浚民膏脂。……”
对农民的同情，是与他的唯物主义世界观有密切联系的。吕坤的政治经济著作很多，但有散佚，还有待我们搜集和进一步探究。