天主教神学和正统经院哲学的传入
要了解耶稣会在中国的活动与影响，我们应该明确以下两点：
第一，传教士所传来的西学并不是当时欧洲的新学，而是当时的旧学，这即是说，不是文艺复兴以来资产阶级上升时期的思想与文化，而是与此相对立的中世纪封建教会的神学和经院哲学。这就是艾儒略（Julius Aleni，公元1582—1649年，意大利人，1613年来华）在《西学凡》一书中所说的西学。
第二，传教士的目的在于论证神学，他们的著述主要是有关神学与宗教的东西，科学仅仅是一种附带的手段。传教士们自己也强调他们讲学的最终目的是要“因性以达夫超性”，这也就是“哲学是神学的婢女”的另一种说法。
理知与信仰的关系问题，曾经是中世纪经院哲学中两条路线斗争的焦点之一。在这个问题上耶稣会坚持神学的观点，以维护信仰（宗教）对理知（科学）有无上的控制权。他们把人类的知识虚构为三类，其顺序为科学、形上学和神学。他们说，科学是所谓“性学”，“性学”不能认识宇宙人生的“本体”，而要认识宇宙人生的“本体”，就必须上升到“超性学”，所谓“超性学”即形上学与神学：
“超学之分有二：一为超有形之性者，是因性之‘陡禄日亚’（神学），即‘默达费西加’（形上学），其论在于循人明悟所及，以测超形之性；一为超性者，西文专称‘陡禄日亚’，是超性之‘陡禄日亚’，其论乃人之性所不能及者，出于天主亲示之训，用超性之实义引人得永福也。”［傅汎际（Francisco Furtado，公元1587—1653年，葡萄牙人，1621年来华）、李之藻译《名理探》卷一，南怀仁（Ferdinandus Verbiest，公元1623—1688年，比利时人，1659年来华）《穷理学》曾引此］
这是封建法律的品级结构在意识形态上的反映，这样的三种境界或三品，把天、地、自然分割起来，形成僧侣主义的教阶式的理论基础。这种理论在当时正被欧洲革命的科学攻击得体无完肤。然而中国后来的资产阶级学者却仍然据此衣钵把世界人物虚构成为四个境界：天地境界、道德境界、功利境界和自然境界。
照教士们说，天主及其所创造的世界是神圣不可思议的，人类要想悟道，不能依靠知识与理性，而只能依靠启示与信仰；真理的依据只能有两种：“一者依经典所说，二者依我信德之光”［毕方济（Francesco Sambiaso，公元1582—1649年，意大利人，1613年来华）《灵言蠡勺》第一编，又第四编］。天主的道理是人类的理智所不能理解的，因此要想认识世界，“劳心焦欲以人力竟天主之大义”，乃是不可能的事。人类的知识能力是极其有限的，而超出知识范围以外的东西，人类就只能依靠上帝的启示（宗教）来极高明而道真理，这即是所谓“永学”。利玛窦就说：“夫天堂大事，在性理之上，则人之智力弗克洞明，欲达其情，非据天主经典，不能测之。”（利玛窦《畸人十篇》卷八）他反复强调启示是真理的依据，汤若望（Adam Schall von Bell，公元1591—1666年，德国人，1622年来华）则极力宣传真理一定要根据宗教的神迹（所谓“以圣迹征”）。这种僧侣主义的不可知论本来就是中世纪天主教官定的知识论，其目的在于论证真理是人类理智所不能认识的，认识真理只能凭启示，《圣经》则是判别真理的标准，而《圣经》又必须通过上帝在世界上的代理人，即教会来解释［阳玛诺（Emmanuel Diaz，公元1574—1659年，葡萄牙人，1610年来华）《圣经直解》的说法便是如此］。这里的原则也就是中世纪天主教的“不通过教会便无法得救”的原则。
这种僧侣主义必然要抹杀科学的价值，并企图把一切学问最后都归结为个人灵魂的得救问题，而以上帝为灵魂的归宿。他们把研究灵魂放在第一位，研究灵魂的学问即所谓亚尼玛（Anima）之学：
“亚尼玛之学，于费禄苏非（哲学）中为最益，为最尊，……故奥吾斯丁（即奥古斯丁，公元三五四——四三〇年）曰，费禄苏非，亚利（即亚里士多德）归两大端，其一论亚尼玛，其一论陡斯（上帝）。论亚尼玛者，令人认己；论陡斯者，令人认其源。”（毕方济《灵言蠡勺·序》）
这可以说明，耶稣会所进口的，乃是从早期中世纪的教父们一脉相传的天主教正统神学。
耶稣会所传来的中世纪天主教僧侣主义的经院哲学，其主要的内容包括三方面：（一）传统的形上学：上帝存在，灵魂不灭，意志自由等等；（二）基督教神话：创世纪，乐园放逐，受难与复活，天堂与地狱，最后审判等等；（三）灵修：教义问答，祈祷文，日课，崇修与礼节等等。除某些科学技术著作，耶稣会会士绝大部分的书籍都是讲这些内容的。
当这些东西传来中国的时候，中国也正值资本主义的萌芽阶段。当时中国所需要的，无疑是新学，是欧洲文艺复兴以来资产阶级人文主义的思想与文化，但耶稣会所传来的这套经院哲学刚好是和欧洲新科学新思想相对抗的落后理论，对于当时欧洲的革命的古典科学，则讳莫如深，故意掩盖起来。中国资产阶级的学者们曾大事吹捧过耶稣会在传播文化上的贡献，那实际上是为帝国主义在中国的宗教活动张目。历史主义的研究结果，和这种歪曲历史的估价相反，当时世界学术的新潮流以及中国历史发展的新方向都和耶稣会的过了时而褪了色的时代精神是矛盾的。
有一个造物主的上帝存在，这一观念曾经是作为所谓世界宗教的基督教的根本思想。来华的传教士极力肯定的第一个信条，即上帝（天主、陡斯）存在。利玛窦《天主实义》一书的大量篇幅都是中士和西士有关上帝存在与否的辩论，这里实际上就表露着中国传统的正统哲学与西方宗教哲学的辩论。上帝存在的论据大致是：（一）万物存在必须有一个创造者；（二）万物的变化必须有一个主宰者。《寰有诠》一书中更明确地提到上帝是“最初施动者”（傅汎际、李之藻译《寰有诠》卷一）。这显然是中世纪经院学者所炮制过的希腊哲学中的旧观念，也即是中世纪天主教的旧上帝；还不是那个时代已经出现的在“普遍的理性”、“自因”、“自性”或“自行发生”那些意义上的新上帝。这个作为创造者（最初因）与始动者（最初动）的上帝与被他所创造、所推动的世界万物之不同，据说是在于下述的两个特征：（一）上帝是无始无终的，而被创造的事物则是有始有终的或有始无终的；（二）上帝是全知（无所不知）、全在（无所不在）、全能（无所不能）的，而被创造的事物则没有这三种“全”性（见利玛窦《天主实义》首编及第四编，艾儒略《万物真原小引》和《三山论学记》）。可以看出，耶稣会在正统的封建经院哲学之外，并没有添入任何新的观念或新的论证。18世纪中叶有一个信徒杨屾重复过这种有神论：
“必先有无形之形，而后著为有形之形；有不物之物，而后著为有物之物；有内蕴而后有外彰，有根底而后有萌芽；有神世而后著为人世。……夫有大君宰世，然后山川奠定人物得所。
“至于天地之大，人物之众，若无神运总持之主宰，造化条折，何以不害不悖？物生纷繁，何以有条有理？而吾人之生，四本之立，又何自来乎？是以必知有一无始之大主宰为统御之上帝，总持而主宰之，所以终古如斯，而造化方能不紊。”（杨屾：《知本提纲·序》）
这里所谓“无形之形，不物之物”的造化万物的主宰，完全是神学的说教。
灵魂不灭是天主教传统形上学的第二个命题。它是天堂地狱、得救永生的前提。没有灵魂不灭，则基督教的全部神话就会落空。关于灵魂不灭的证明，是耶稣会传教士长篇累牍、反复论述得最多的一个题目，利玛窦在《天主实义》中，甚至扯出十种理由来作证明（《天主实义》第三编）。按照他们关于“亚尼玛”的说法，魂分为三种，即生魂（植物）、觉魂（动物）与灵魂（人）。生魂主生德（生长），觉魂主觉德（知觉），灵魂主灵德（理解）。每后一种的魂，便高一级，并包括着前面更低级的魂。灵魂与前两种魂之不同，据说在于灵魂有独立的存在，“生魂、觉魂从质而出，皆赖其本体而为有，所依者尽则生觉俱尽，灵魂在人非出于质，非赖其体而有，虽人死而不灭，故为本自在也”（毕方济：《灵言蠡勺》第一篇）。由此又得到灵魂与生魂、觉魂的另一种区别，那就是，生魂觉魂都是有始有终的，而灵魂则是有始无终的，因此，灵魂的特征就是，它在身体之外，它有独立的存在，它有始而无终，这也就是灵魂得以不朽的原因了。
灵魂既然在身体之外，有其独立的存在，则灵魂对身体的关系应该怎样？耶稣会会士根据正统经院形上学的说法，提出灵魂对身体，乃是观念对物质的关系，而所谓观念是存在于上帝心中的观念，是“意德亚”（Idea）。“天主所已造之物与所未造而能造之物，尽有其意德亚具存于己。”（《灵言蠡勺》第三篇）人的存在也必须先靠有人的“意德亚”的存在，“灵魂，神明之体有始无终者，天主造之于人身为之‘体模’为之主宰”［龙华民（Nicolaus Longobardi，公元1559—1654年，意大利人，1597年来华）《灵魂道体说》］，构成人的“意德亚”或“体模”（形式）的即人的“亚尼玛”或灵魂。这里所谓“意德亚”或“体模”，当然也是经院哲学所窃取并使之僵化了的希腊哲学中的概念。灵魂不灭在理论上的重要意义是：有了上帝存在和灵魂不灭，然后天堂地狱与最后审判才有着落，有了天堂地狱和最后审判，然后教会组织和教权阶级才能掌握人与神之间的钥匙。
与灵魂不灭相联系的另一个命题是意志自由。据说人类有了灵魂，才有意志自由，意志自由是灵魂的结果：
“凡人自专自主，全由灵力，所以异于禽兽也。夫禽兽一生以存命佚身为务，有触即赴，不复审择；人则不然，能究是非，能辩可否，肯与不肯能决于己，足征自主之力矣。”（汤若望：《主制群征》卷下）
惟其意志有自由，所以赏善罚恶、最后审判等才有意义。死后的赏罚是加之于永远不灭的灵魂的：“灵魂神体，非属阴阳，非属四行，纯而不杂，无相克之因，况天主既命为有始无终者，安得不常存乎？且灵之在身，为恶享世福，为善蒙世祸者，往往而有，是生时既未报，报亦未尽，岂应死后遽灭，纵恶而负善乎？”（汤若望：《主制群征》卷下）
他们从正统经院哲学的观点，对中国传统的性善、性恶问题提出了一种论证。按传教士的说法，性（意志）是体，而德（善恶）是用，性与德的关系即体与用的关系，亦即“潜在”对“实现”的关系。性由上帝所赋，但善恶则完全由人自主；这样的说法是符合于传统形上学意志自由的命题的。反教者曾提出过诘难：天主造人，何以要造恶人？耶稣会方面的答复是：那正是因为意志有自由，因为“天施不能夺人所志”（《寰有诠》卷四）。意志自由和上帝的赏罚是互相依赖的两个方面，如果没有上帝存在，如果没有灵魂不灭与意志自由，就不能有上帝赏罚，那么“亦必无患难无苦辛，无所受刑而其罪反脱，则是引导世人以无惧为恶，引导恶者以无惧增其恶也”（《天主实义》第三篇）。这样一来，就可能出现政治上的反叛与宗教上的异端。我们应该注意的是，这种神学完全是封建经院的旧神学，而不是（如加尔文主义那样的）资本主义原始积累的“新”神学。
耶稣会在宣扬这一套封建正统的经院哲学的时候，自然也夹杂了一些希腊思想成分在内。但某些希腊思想之成为中世纪经院哲学的组成部分，正如列宁指出的，乃是“僧侣主义扼杀了亚里士多德学说中活生生的东西，而使其中僵死的东西，万古不朽”（列宁：《哲学笔记》，1956年版，页333）。亚里士多德的接近于唯物主义的倾向被他们抛弃了，而他的一些唯心主义的形上学的概念，却被经院学者用来以达到其为封建神学服务的目的。例如“灵魂三品说”，就是袭用亚里土多德的说法来适应神学体系的；事物之被分为“自立”与“依赖”的两个方面（利玛窦：《天主实义》第二篇；又汤若望：《主制群征》卷下）也源出于亚里士多德的“本质”与“偶然”的观念；又所谓四种“所以然”（即“因”）——“有作者，有模者，有质者，有为者”（《天主实义》首篇）——即亚里士多德的四因。但是，他们引用这些观念，不是为了别的，而是为了高唱基督教的赞美诗，为了证明上帝是至美好的，而且好像在理论上最后找到了没有原因的东西；一切被创造的事物之为美好都有其原因，而创造者本身是没有原因的：“至美好者原美好也，无其他美好在其先；其为美好也并无所以然。无所以然者，非由他造，非由他化，非由他成”。（《灵言蠡勺》第四篇）这种理论与方法完全没有超出中世纪经院哲学的特征。
在这一经院神学体系里还包括：
一、以原来的基督教神话（创世纪，乐园放逐，洪水、受难与复活），结合中国情况而编造的另一段中国民族与文化源出基督教的神话：
“初人子孙聚处如德亚（犹太）。……其后生齿日繁，散走遐逖。……在中国为伏羲氏、天学固其所怀来也。生长子孙，家传户习，此时此学之在中国必倍昌明于今之世。……下迄三代，君臣告诫于朝，圣贤垂训于后，往往称天呼帝。……吕秦代周，任法律弃《诗书》，从前载籍，尽遭烈焰，而天学不复睹其详矣！”（李祖白《天学传概》）
二、正统基督教有关三位一体的说法。
三、与封建主义所有权以及品级结构相适应的社会政治观点。天主不仅是道德的起源（利玛窦说：“天主为仁之原”），而且是政治社会的起源，“神多，必属一至尊主之，不则乱矣。今凡有形之族，皆次第相属，以杜乱端，岂无形独否乎？以理度之，必分品级，必分等类，必有最上至尊至能者，居至先为之统矣”（汤若望：《主制群征》卷下）。除了这一个站在封建金字塔顶端的天上的父，还有代表封建秩序的两个父：一个是封建帝王，即“国君”，一个是封建家长，即“家君”，地上的封建主就是天上的主的代表，天上的主就是地上封建主的倒影：“邦国有主，天地独无主乎？国统于一，天地有二主乎？”（利玛窦：《天主实义》第八篇）耶稣会教导人民要服从这种封建秩序：“守教规者必遵国法，未有不遵国法，而能守教规者。”［殷弘绪（Francois Xavier d'Intercolles，公元1662—1741年，法国人，1698年来华）《逆耳忠言》卷四］封建宗教与封建特权是一致的。天上神权好像就是地上皇权的来源，而实质上这是一种颠倒的宗教意识。根据这样神俗两界的对流观点，教士们主张，不安于封建秩序，“不守本分，以下犯上”（同上）就是神所绝对不能容许的，耶稣会会士所传来的政治学说正是这样彻头彻尾的神权政治论！高一志（即王丰肃，Alfonso Vagnani，公元1566—1640年，意大利人，1605年来华）讲政治理论的《西学治平》一书，就宣扬王者代天治民、其权来自造物主的理论。早在耶稣会来华之前，文艺复兴的巨人们（如马基雅维利）已经是从自然和人的角度，去考察国家和政治；耶稣会会士来华之后“天赋人权”的思想也已经崭露头角。在这样的历史时代，耶稣会会士还在宣扬封建的君权神授的政治学说，那显然是极其反动的思想。
四、耶稣会还用天堂、地狱的审判报应，来巩固并加强封建秩序。在中世纪正统的经院学者的心目中，天堂地狱都是千真万确的（那个世界构图，但丁在《神曲》里曾经详细地描叙过）。耶稣会传教士的天堂、地狱的观念，正是这个中世纪的东西，“来世之利害甚大，非今世之可比也。……人生世间，如俳优在戏场，……今世伪事已终，即后世之真情起矣；而后乃各取其所宜之贵贱也”（《天主实义》第六篇）。有了对来世的幻想，人们才可以安心忍受现世的贫困和痛苦的命运：“来世之利至大也、至实也，……重来世之益者，必轻现世之利；轻现世之利，而好犯上、争夺、弑父、弑君，未之闻也。”（同上）这里就暴露了中世纪基督教神话的真正作用。中世纪基督教曾经是西方封建制社会最有力的支柱，耶稣会所传到中国来的正是西方封建社会原封不动的“人民的鸦片烟”。天堂、地狱就是用以麻醉人民，恫吓人民的。耶稣会会士讲这个题目的一些书，像孟儒望（Joan Monteiro，公元1603—1648年，葡萄牙人，1637年来华）的《炤迷四镜》，高一志的《神鬼正纪》，南怀仁的《善恶报略说》，其中所宣扬的完全是封建道德和善恶报应的封建迷信。
五、最后还有与僧侣主义不可分的禁欲主义。禁欲主义把精神与物质割裂并对立起来：
“夫德行之乐乃灵魂之本乐也，吾以兹与天神侔矣。饮食之娱，乃身之窃愉也，吾以兹与禽兽同矣。吾益增德行之娱于心，益近至天神矣；益减饮食之乐于身，益逖离禽兽矣。”（利玛窦：《畸人十篇》第六篇）
越抑制现实生活的愿望，就越能与上帝接近，天堂的幸福是以牺牲现世的幸福为代价换来的。由此而得出的结论是，人们在现世应该压抑一切生活的愿望——即所谓“私欲”（庞迪我〔Diego de Pantoja，公元1571—1618年，西班牙人，1599年来华〕《七克·自序》），应该“绝色”、“绝财”、“绝意”（高一志：《圣人行实》），对于现行的连形式也不平等的社会秩序（贵贱）只能忍受，不能反抗，一直等到了另一个世界的来临，“而后乃各取其所宜之贵贱”（《天主实义》第六篇）。一个虔诚的教徒的最主要的生活与思想就是“忏悔”与“祈祷”（同上第七篇）。人不应该向外界（社会或自然）作战，而应该向自己内心的魔鬼作战。耶稣会抬出来作为“奉教大德之根”的，乃是中世纪基督教的“信”、“望”和“爱”（殷弘绪：《主经体味》）。利玛窦还特别提出要以基督教的“爱”来代替中国的“仁”，人生的目的与意义，就在于以这种“爱”来“慕灵魂终向，善修厥灵，事主敬主”［穆迪我（Jacques Motel，公元1618—1692年，法国人，1657年来华）《成修神务·自序》］。封建基督教的“爱”包括两个组成部分，即（一）“爱天主万有之上”与（二）“爱人如己”〔罗雅谷（Jacobus Rho，公元1593—1638年，意大利人，1624年来华）《哀矜行诠》李祖白“序”，又王澂：《仁约会引》］。两者好像都是超阶级、超政治的抽象“爱”，但其内容则教人对封建秩序谦卑，对封建统治屈服，有的教徒甚至于重复这样古老的教诫：“有人掌尔右颊，则以左颊转而待之；有欲告尔于官夺尔一切，则以二倍与之。”（韩霖：《铎书》第三篇）这样，封建基督教所宣传的谦卑与屈辱，就企图使人们把现实生活看成是永生的一种准备手段，从而放弃生活与斗争的实践。
这就是当时传教士所传播的“天学”的精神实质。