天主教与二氏的论战
另一方面，天主教的教义，在中国也引起了各种不同程度的反对。耶稣会传教士在与反对者进行理论斗争时，采取了如下的策略：（一）在对儒、道、佛三教的关系上是联合儒家以反对佛、道，这即所谓的“合儒”；（二）在对儒家的态度上是附会先儒以反对后儒，这即所谓的“补儒”；（三）在对先儒的态度上，则是以天主教经学来修改儒家的理论，这即所谓的“益儒”、“超儒”。
最早的天主教与反天主教的大辩论，爆发在双方代表人物集中地的杭州和福州。传教士从利玛窦开始，就明确地规定了联合儒家，反对佛、道的斗争路线：“二氏之谓曰无、曰空，于天主理大相剌谬，其不可崇尚明矣。夫儒之谓曰有、曰诚，虽未闻其择，固庶几乎！”（《天主实义》第二篇）其所以要采取这样的路线，一则由于儒家传统根深蒂固，要正面作对，是不现实的；二则由于儒家传统中并没有一套严格的宗教教条与宗教信仰，用天主教的上帝来附会古代的“天”或“帝”，是比较容易的一种办法。但是二氏，特别是佛教，有另一套比较完备的宗教体系，那就和天主教无法相容了。用传教士们自己的说法，便是“所是所非，皆取凭于离合，尧、舜、周、孔，皆以修身事上帝为教，则是之；佛教抗诬上帝，而欲加诸其上，则非之”［《辩学遗牍·利（玛窦）先生复虞（淳熙）诠部书》］。为了附会儒家，攻击佛教，传教士还编造过不少神话，曲解历史。利玛窦就编造过这样的故事：“考中国之史，当汉明帝时，尝闻其事（基督教），遣使西往求经，使者半途误值身毒之国，取其佛经，流传中国。迄今贵邦为所诳诱，不得闻其正道，大为学术之祸，岂不惨哉！”（《天主实义》第八篇）这好像说，以前中国往西天取来的是伪经，现在耶稣会传教士所传来的才是真经。有时候耶稣会甚至于公然采取以辟佛、道为己任的姿态出现：
“搢绅亦好习其说（佛道）者，徒以生死之际，孔子未尝明言，……虽欲骤折之，而无辞焉。岂知教从天来，二氏不奉天，即非正教，妄自主教，即为亵天，此易折耳。若夫（天主教）治世既不离君臣父子之经，而修性又详通生死幽明之理，得非至大至公至正之道乎！”（孟儒望：《炤迷四镜》，张能信“序”）
这种维护封建秩序的说法，倒是说出了耶稣会传教士所以要捧儒的秘密。
当时有名的袾宏（云栖）和尚，曾写过辨天四说（《天说》三则《天说余》一则，载《竹窗三笔》篇末）攻击天主教，天主教方面遂有托名利玛窦所作的《辩学遗牍》来反驳（按：《辩学遗牍》非利玛窦所作，当时与他们相辩论的佛教徒就已经指出过，见张广淮《证妄说》，载《圣朝破邪集》卷七，又释密云《辨天三说》，也提到过这件事；但可以把它视为利玛窦门派弟子的作品，并可以认为是代表利玛窦的见解）。袾宏的主要论点是：（一）天即理，所以不能成为世界的主宰；（二）灵魂是轮回的，而不是不灭的；（三）孔孟的学说已经是美满的，所以不再需要天主教的学说。这三点也是以后双方辩论的中心问题，而第三个问题更表明佛教也采取了同样的手法，捧儒以反天主教。此后天主教与佛教的论战中，双方的说法都仿佛俨然以儒教的卫道者自居。对袜宏所提出的三个问题，《辩学遗牍》答复说：（一）天主是神，不是理，所以他是一个创造者和主宰者；（二）灵魂是不灭的，但不是轮回的，而且即使是承认灵魂轮回，理论上也首先必须承认灵魂不灭；（三）天主教的目的正是要发扬孔、孟之学，因为自从秦火和佛、道出现之后，孔、孟圣学已经“残缺”了。此后长时期的辩论，大体是按照这种方式和性质继续下去的。
耶稣会会士之攻击佛、道，尤其是佛教，其论证是沿着如下几个方面进行的：（一）从科学（天文学和地理学）方面论证佛教宇宙学说的荒谬；（二）从历史方面论证佛教传入中国后，“世道人心未见其胜于唐、虞三代”（《辩学遗牍·利先生复虞诠部书》），并且论证佛教不合于尧、舜、周、孔；（三）从思想渊源方面论证，佛教的轮回观念出于“闭他卧刺”（即毕达哥拉斯，鼎盛期约当公元前532—529年），而寂灭的观念则出于老氏，其错误在于“不知认主而以人（佛）为神”（《天主实义》冯应京“序”，李之藻“序”；又利玛窦《畸人十篇》第八篇）；（四）从形而上学方面论证世界的存在必须有“因”，而佛教所说的“空”、“无”，不能产生万物的“实”和“有”（《天主实义》第二篇）。耶稣会传教士始终是坚持“有”（上帝）以反对佛教的“无”的，这是他们理论上的分歧点之一；（五）从生活实践方面论证老氏既著书立说，“辨天下名理”，而又提倡“勿为勿意勿言”，是自相矛盾（《天主实义》第六篇）；（六）从基督教神话方面论证天堂地狱是实有的，是从“辂齐拂儿”（Lucifer，魔鬼）而开始的，天堂、地狱是灵魂的归宿。西方中世纪基督教始终认为天堂、地狱是真实的，所以天堂、地狱的说法传入之后，曾引起非常尖锐的争辩。
总的来说，耶稣会传教士并没有提出什么科学理论来，无论是在世界观方面还是在世界图象方面，传教士所传来的理论和思想，并没有资本主义时代的思想成分。纪昀对他们之间的争论做过如下的结论：
“利玛窦力排释氏，故学佛者起而相争，利玛窦又反唇相诘，各持一悠谬荒唐之说，以较胜负于不可究诘之地，不知佛教可辟，非天主教所可辟，天主教可辟，又非佛教所可辟，均所谓同浴而讥裸裎耳。”（《四库全书总目提要》）