金元时期则多称该病为“泄泻”或“痢疾”。朱丹溪（朱震亨）从病因病机、症状、治疗多方面解析了泄泻与痢疾的区别在于病因病机上，遵循《黄帝内经》中运气之说，提出了“秋气始收，火气下降”的观点，其实也是从另一角度说明自然气候在发病中的作用。朱丹溪还提出了“阳气下陷”的因素，体现了他对李东垣补中升阳理论的发挥和运用，如“痢有气虚兼寒热，有食积，有风邪，有热有湿，有阳气下陷，而感受不一，当分治泄轻痢重”，并提出了阴虚之说，主张凉血和血，以及寒热升散并用。
