暂时止争：从《附则》到《暂行章程》
无论如何，有关君亲条文的加重是绝大多数签注的意见。而希望正文内容大幅度改变显然是不现实的，其实解决办法早已经提出，即别辑条例。学部签注意见谓：“危害乘舆大逆之犯应别辑专例酌量加重，以昭尊亲大义。”“别辑专例”是多数意见接受的结果。故而，根据此次签注意见而出的《修正刑律草案》最重要的内容即《附则》5条：
第一条：本律因犯罪之情节轻重不同，故每条仿照各国兼举数刑以求适合之审判。但实行之前仍酌照旧律略分详细等差，另辑判决例以资援引而免歧误。
第二条：中国宗教尊孔，向以纲常礼教为重，况奉上谕再三告诫，自应恪为遵守。如大清律中十恶、亲属容隐、干名犯义、存留养亲以及亲属相奸、相盗、相殴并发冢、犯奸各条均有关于伦纪礼教，未便蔑弃。如中国人有犯以上各罪，应仍照旧律办法，另辑单行法以昭惩创。
第三条：应处死刑，如系危害乘舆、内乱、外患及对尊亲属有犯者，仍照臣馆第一次原奏，代以斩刑，俾昭炯戒。
第四条：强盗之罪，于警察及监狱未普设以前，仍照臣馆第一次原奏，另辑单行法，酌量从重办理。
第五条：中国人，卑幼对于尊亲属不得援用正当防卫之例。[54]
这一《附则》系由修订法律馆根据签注意见修改之后，交法部审核，由法部尚书廷杰所加。江庸回忆：“奉旨后，法部迄未过问。馆员将草稿重加修改，属稿后送部。尚书廷杰本墨守旧律者，乃附加五条于后，会衔具奏。”[55]
《修正刑律草案》由修订法律馆会同法部修正完毕上呈后，宣统元年（1909年）十二月二十三日上谕仍著宪政编查馆核复，具体核复机关为编制局。编制局首先对修正案大旨持肯定态度：“职等详加校阅，大致备引京外各衙门签注，逐条辩答。凡关于伦纪名教，均较原定草案加重一等。维持于新陈递嬗之交，用意深远。”但接着话锋一转，表达“征诸舆论，于本案之实行，仍不能无疑议者”有数点内容，其大端为礼教与人权问题。(https://www.daowen.com)
对于礼教，编制局意见同于沈家本奏中所谓的对教育的重视：“犯奸之行为全恃平居之教育，固非刑罚可获效也。”事实上，这已经立下了刑罚与礼教无关的基础。故而其对“议者谓礼教为民之秉彝，吾国数千年一国之大本，非各国所能企及”的论调，除开名义的认同“礼教乃天生斯民不可须臾离之物，小之为饮食教诲，大之为朝廷制作，是六合之广幽独之微，无不赖礼教弥沦贯注于其间，非一国所得而私”之外，仍是对礼教入律的反驳：“如欲执刑罚之辔策，迫礼教之进行，试问自居何等？岂我夙秉礼教者所宜出此也。”故此，宪政编查馆编制局认为礼教与刑律无关的意见与沈家本的高度一致。再就是人权。如前所论，宪政编查馆历来将人权作为法律改革的核心，此处亦不例外：“历观各国进化之理，均由家族主义而至于国家主义，国家主义者即保护人权是也。诚以人生于世，与国家有直接之关系，故亦称曰国民对于国家有应尽之义务，国家对于国民有应予之权利。”甚至倡言“人权之说，并非始自泰西”，只是“后之人罔知诵言，遂令古义湮讳耳”。
因此，编制局审核意见非常认同这一案对礼教内容的诸多删除：“今草案除对于尊亲有犯特别规定外，凡旧律故杀子孙、干名犯义、违反教令及亲属相殴等条，概从删节，其隐寓保护人权之意，维持家族主义而使渐进于国家主义者，用心良苦。”并对异议者进行反驳：“夫保护人权乃立宪之始基，议者不察，痛事诋諆，其反对刑律乎？抑籍反对刑律以反对立宪乎？”在清末立宪诏书下达之后，话说至此，实际是表明这一问题无可再商。编制局的意见与杨度在资政院说明新刑律立法主旨的演讲意见高度一致。这是后话。于此可以明确的是，整个新刑律的修改已经被视为体制转向西化的当然组成部分。这一进程被宪政编查馆牢牢把握。
针对加重礼教原则的《附则》，编制局给出了实质性的“异议”。“原案附则第一条，因刑之范围较宽，拟另辑判决例以资援引，尚属可行，应由本馆另行拟稿呈请具奏颁行。至单行法制办法，似非统一法制之意。如届新刑律实行之时，教育及警察等项尚未周备，临时酌量情形，另辑暂行章程以资补助本无不可，现在无须逆臆预定。所有第二条声明另辑单行法之处，应毋庸置议，是否有当，伏侯钧裁。”[56]此即宪政编查馆核复修正刑律草案之后，反将《附则》改为《暂行章程》之由来。[57]
汪荣宝日记记载，从宣统二年（1910年）八月初九日到十二日，汪荣宝与许同莘全力审核新刑律案，至十六日才“呈枢堂阅定”。[58]照冈田朝太郎的分解，此次宪政编查馆修改稿为“第三案”。此案对君亲条文均有一定程度的修改。
在君主条文方面，修正案减轻了危害外国君主和大统领的处罚，不再将之等同于中国的君主。“若外国之君主或大统领于国际上言，本国君主应列于同等之地位，而在臣民观念之中，实宜严守天无二日、民无二王、以永固其爱戴之忱。”所以，“原案第一百零七条、第一百零八条与第八十八条、第八十九条并无区别，揆诸名义，似属未宜”。修改方法为：“拟合第一百十一条之不敬行为改为暴行、胁迫及侮辱为二例，暴行、胁迫处二等至四等有期徒刑，侮辱处三等至五等之有期徒刑。若有杀伤重情，不妨以国交之故，科以各本条最重之刑。”同时，删除了对不敬外国太庙、皇陵条文，亦删除了修正案之第109条加危害于外国皇族、第110条过失致生危害外国皇族、第112条对外国皇族不敬处罚的规定。
在亲属条文方面，修正案明确将服图置于律首，并增加了对尊亲属犯威逼、触忤、诬告的专文：“本条所揭情节均重，未便处常人同一之刑，是以析出加重其刑一等，以肃伦常而杜干犯”，以与“旧律干名犯义之意相符”。当然，其“尊亲属”内涵与旧律所定“子孙告尊长”的尊长之范围非常不同，因此它不可能与旧律相符。对于《大清刑律草案》关于对“尊亲属”犯罪的规定，修正二案亦加重相关条文，宪政编查馆的三案则又加改订：“原案于卑幼对尊亲属有犯，如杀伤、暴行、遗弃、逮捕、监禁及残毁尸体等项均有专条，而犯威逼、触忤、诬告者并无治罪明文，盖原案加暴行未至伤害一语已包括威逼、触忤在内，而诬告之罪则就本条最重之刑处断。惟暴行指直接于身体者而言，若威逼则应以胁迫论，触忤则与侮辱相近，均非暴行二字所能赅括。”[59]原拟危害使臣之罪等同对尊亲属有犯，此案改同于普通杀伤：“使臣乃一国之代表，理宜重视。然第一百十条、第一百十四条处分之法几与杀伤尊亲属同，未免比拟不伦。兹拟将前二条删除，有犯仍以普通杀伤论。”[60]仅就尊亲修改的实质内容来说，力度其实很小，而且在尊亲属的概念这一关键点上也明确非以服制相约束。
宣统二年（1910年）十月初四日宪政编查馆大臣、和硕庆亲王奕劻等上奏请求“敕下资政院归入议案，于议决后奏请钦定，遵照筹备清单年限颁布施行”。核定后的刑律草案总、分则及章节的总体框架均无变化，但条文数由修正案的409条减为405条。