撤退也不是一帆风顺的
16时45分，美军再次发动空袭，“榛名”号挨了十几枚近失弹，大量近失弹在近距离爆炸，弹片和冲击波使锅炉舱送风管道破损，送风机停止工作。“矢矧”号鱼雷发射管被近失弹弹片击中起火，造成80人伤亡。“早霜”号中弹起火，动力全部丧失。
这轮空袭结束后，26日美军的空袭全部结束，虽然在26日的多次空袭中，栗田舰队损失并不严重，但持续不断的空袭，以及带来的各种损伤和人员伤亡，对日军官兵的心理打击相当大，特别是连续几天的紧张作战，更使日军官兵的生理和心理承受都达到了极限。
此时，栗田舰队只剩下4艘战列舰、2艘重巡洋舰、2艘轻巡洋舰和6艘驱逐舰，而且大都伤痕累累，栗田就带着这样一支残破的舰队驶向圣贝纳迪诺海峡。
▲日军高雄级重巡洋舰。
17时45分，日军由32架九九式轰炸机和9架零式战斗机组成的大机群，从栗田舰队上空飞过。看着接连两批大机群前去攻击美军航母，栗田的战斗激情又被激发了起来，于是他决定暂时不去圣贝纳迪诺海峡，而是在圣贝纳迪诺海峡以东约50海里处开始转向向东航行，同时等待岸基航空兵攻击美军航母的确切消息，如果有机会就与美军航母展开夜战，发挥日军擅长夜战的优势，再给美军航母以最后一击。但是直到18时30分，都没有任何消息，栗田这才彻底抛弃最后一丝幻想，率领舰队掉头向西，驶向圣贝纳迪诺海峡。
这时，又收到了联合舰队的命令：第一，第一游击部队当晚寻找战机，歼灭美军舰队，其他各部予以积极配合；第二，今晚夜战结束后，第一游击部队和机动部队本队返回各自指挥官指定的补给地点。
显然第一条只是个幌子，第二条才是真正的意思，也就是实际上联合舰队已经同意栗田的第一游击部队和小泽的机动部队可以自行撤退。既然得到了联合舰队的首肯，栗田撤退就更有底气了。他于19时10分命令离开本队执行任务或者掉队而位置不明的5艘驱逐舰报告各自所在位置，19时17分又命令这5艘驱逐舰：“尽量抢救能够自主航行的舰只，如果不能航行就击沉，乘员由护航舰收容，然后向科龙湾返航。”不过，栗田率领本队到达圣贝纳迪诺海峡时，并没有等待掉队的驱逐舰就直接率领舰队驶入圣贝纳迪诺海峡。栗田的这个决定可以说非常明智，就在栗田舰队通过圣贝纳迪诺海峡东口三小时后，接到第七舰队求援的哈尔西就率领一支由3艘航母、6艘战列舰、3艘巡洋舰和16艘驱逐舰组成的舰队赶到了，结果只堵住了解决“筑摩”号的“野分”号驱逐舰，哈尔西将满腔怒火都发泄在这艘小小的驱逐舰上，短短几分钟就将“野分”号轰沉了。
如果栗田逗留在圣贝纳迪诺海峡东口，哈尔西这支舰队的先头部队是由巴杰海军少将指挥的2艘战列舰、3艘巡洋舰和8艘驱逐舰，和栗田舰队遭遇会发生什么情况？栗田舰队虽然实力更强一些，但栗田手下的军舰都是遍体鳞伤，官兵都已经疲惫不堪，估计凶多吉少。不过这倒很可能才是战列舰真正的最后对决。但历史无法假设，由于栗田的果断决定，才避免了这样的情况发生。
▲日军“金刚”号战列舰。
20时07分，栗田收到了联合舰队转来的天皇嘉奖令，但事到如今，天皇的嘉奖再也难以激起热情，无论是官方的战史还是个人的回忆录，都对这份嘉奖令几乎没有什么过多的描述。
▲日军“长门”号战列舰。
22时40分，尽管有过几次潜艇警报的虚惊，栗田舰队总算平安驶出了圣贝纳迪诺海峡，随即报告联合舰队：“自今晨击破敌航母部队，向北方另一支航母追击，遭到从我部东侧南下的敌军反复空袭。鉴于基地航空部队和本部燃料情况，于20时50分放弃夜战，经圣贝纳迪诺海峡向科龙湾返航。”
26日夜晚对栗田舰队来说是个非常平静的夜晚，让身心疲惫的官兵得到了宝贵的喘息，顺利通过了24日曾令他们倍感恐惧的锡布延海。
27日6时44分，太阳升起来了，此时栗田舰队已经通过了锡布延海，进入了塔布拉斯海峡，但依然还是在美军航空兵的作战半径，栗田深知美军是不会轻易放过自己的，所以一早就命令舰队排成圆形对空警戒队形。
8时，美军的空袭如期而至，这次是美军第三舰队第1大队和第2大队的舰载机，总共257架。在第一波空袭中，“大和”号被2枚炸弹命中，“能代”号先被一枚炸弹命中起火，又被一枚鱼雷击中左舷，两个锅炉舱进水，导致动力丧失，同时出现了16度左倾。栗田只好让“滨波”号拖带“能代”号就近驶往巴拉望岛的普林塞萨港。
▲日军“榛名”号战列舰。
此时，科龙湾已经在望了，但栗田预感到美军绝不会善罢甘休，还会有更猛烈的空袭，科龙湾也绝非安全之地，如果在科龙湾进行燃料补给时遭到空袭，那后果简直不堪设想。所以栗田立即决定不去科龙湾，直接返回文莱湾，只是驱逐舰燃料不足，经过估算，如果从巴拉望岛南侧经巴拉巴克海峡返回文莱，而且不走反潜Z字航线，燃料还勉强够用。所以栗田于9时下令从巴拉望岛南侧经巴拉巴克海峡返回文莱，并要求基地航空部队立即派出战斗机进行空中掩护。
(https://www.daowen.com)
▲日军“鸟海”号重巡洋舰。
栗田又想到还有一支由2艘油船和1艘护卫舰组成的船队正经过巴拉巴克海峡再由苏禄海驶往科龙湾，这2艘油船共载有2.6万吨重铀，准备给自己舰队补充燃料，所以赶紧通知这支油船船队直接开往文莱湾。但这支船队已经在巴拉巴克海峡遭到美军潜艇攻击，一艘被击沉，一艘被击伤，受伤的油船逃到附近海湾，但随即被美军飞机炸沉。同时，栗田还命令先期返回科龙湾的“妙高”号重巡洋舰和“清霜”号、“长波”号驱逐舰立即赶往文莱湾和主力会合，不过此时“清霜”号已经前往马尼拉，只有“妙高”号和“长波”号根据这一命令于当天中午离开科龙湾，29日10时30分顺利到达文莱湾。
10时30分，美军飞机攻击了受伤落单的“能代”号，本来“能代”号经过一番自救，已经将左倾减小到8度，正准备接受驱逐舰拖带，就被一枚鱼雷击中右舷炮塔，为了避免炮弹被引爆不得不向弹药舱注水，结果导致前甲板全部沉入水中，舰长见已经无法挽救，只好下令弃舰。11时14分，“能代”号伤重沉没。
栗田本队则遭到了美军岸基航空兵47架B-24轰炸机的攻击，本来B-24的对舰攻击能力并不强，但这次携带了454千克（1 000磅）的重磅炸弹，威力惊人，只要挨上一枚可以说非沉即重创。“大和”号右舷挨了十多枚近失弹，即便没有直接命中，但454千克炸弹的威力确实厉害，大量弹片和巨大冲击波造成了右舷多处破口，连舰桥里栗田的参谋长小柳少将也被弹片击伤，只好由先任参谋山本祐二海军大佐代理参谋长。“长门”号和“榛名”号也被多枚近失弹命中，但所幸损伤轻微。
尽管这次B-24的空袭造成的损失轻微，但对栗田来说B-24的威胁太大，下一波空袭恐怕未必有这么好的运气了。如果改变航线，驱逐舰的燃料肯定就不够了。于是栗田决定走一步险棋：让燃料不足的驱逐舰进入科龙湾补充燃料，再来追赶主力，而主力则改道南沙群岛前往文莱，这样的新航程几乎是原来航程的两倍，战列舰巡洋舰的燃料基本可以，但驱逐舰就只有“雪风”号和“矶风”号勉强够用，另外5艘驱逐舰就只能进入科龙湾补给。只有2艘驱逐舰，护航实力显然太薄弱了，所以栗田连续两次要求基地航空部队派出侦察机和战斗机进行反潜警戒和空中掩护。还在15时15分，他就命令“大和”号起飞最后1架舰载水上侦察机，对前方航道进行反潜搜索。
▲在萨马岛海战中受伤冒烟的日舰。
15时，到达预定与驱逐舰会合海域，但直到太阳落山都没有等来驱逐舰——原来，驱逐舰进入科龙湾后，油船正在给先期到达的“熊野”号和“冲波”号加油，两个小时后才给5艘驱逐舰加油，所以直到次日凌晨2时以后，5艘驱逐舰才完成补给，陆续出港追赶主力。
栗田一直等到18时40分，觉得实在不能再等下去了，才决定不再等待驱逐舰，舰队主力直接返航。19时07分，栗田舰队主力进入南海，采取横穿南沙群岛的航线，这显然是为了缩短航程节约燃料，加上不走Z字反潜航线，这样遭遇美军潜艇的威胁也增加了，但栗田也已经别无选择了。五个小时后，“雪风”号和“矶风”号的燃料也快见底了，这是事先估算错误，栗田只好让“长门”号和“榛名”号分别给两艘驱逐舰补给100吨燃料。
总算运气还不错，28日一天栗田舰队没有遇到任何麻烦，在文莱湾派出的“朝霜”号驱逐舰接应下，于21时20分进入文莱湾。5艘驱逐舰也在29日凌晨3时顺利到达文莱湾。
另外，还有几艘受伤落单的军舰，“鸟海”号重巡洋舰蹒跚行至萨马岛以东海域就完全丧失了航行能力，负责掩护和救助的“藤波”号驱逐舰就根据栗田的命令接下幸存的舰员用鱼雷将其击沉，然后单舰返航，结果在锡布延海被美军飞机炸沉。
受伤的“熊野”号单独取捷径前往科龙湾，途中两次遭遇空袭，两次丧失动力，但都经过紧急抢修恢复航行。最后与志摩第二游击部队相遇，得到了“足柄”号重巡洋舰和“霞”号驱逐舰的援助，后来又得到栗田派出的“滨波”号驱逐舰的接应，于27日16时27分进入科龙湾。
“冲波”号驱逐舰26日在锡布延海遭到40架美机空袭，凭借出色的机动规避，只挨了一枚近失弹，于27日下午到达科龙湾。“早霜”号就没有这么幸运了，被美机击沉。
“滨风”号和“清霜”号驱逐舰则奉命先到马尼拉接运西南方面舰队的紧急修理人员，然后前往科龙湾对“熊野”号进行抢修。但“熊野”号认为自己还有航行能力，就在“冲波”号驱逐舰的护卫下从科龙湾返回马尼拉，于28日顺利到达马尼拉。“滨风”号和“清霜”号到达科龙湾后，见“熊野”号已经已经离港，“清霜”号随即掉头返航，28日上午在民都洛海被美军B-24轰炸机炸伤，在当天下午到达甲米地。
至此，作为“捷一号”作战主力的栗田舰队才画上句号。
历经巴拉望水道、锡布延海战和萨马岛海战，栗田的第一游击部队本队损失了1艘战列舰（“武藏”号）、5艘重巡洋舰（“爱宕”号、“摩耶”号、“鸟海”号、“铃谷”号和“筑摩”号）、1艘轻巡洋舰（“能代”号）、3艘驱逐舰（“野分”号、“藤波”号和“早霜”号）。
不过回到文莱湾的栗田舰队，也是一片凄惨，4艘战列舰“大和”号、“长门”号、“金刚”号和“榛名”号都是伤痕累累，尤其是联合舰队最引以为傲的“大和”号因为锚机被炸坏、船艏严重进水而无法下锚，只能横靠在“雄凤丸”油船身边，以这艘7 000吨级的油船作为自己的锚。
5艘重巡洋舰“羽黑”号、“熊野”号、“利根”号、“妙高”号和“高雄”号，以及轻巡洋舰“矢矧”号都是遭到重创。
只有驱逐舰的情况稍微好些，回到文莱湾的10艘驱逐舰中，“朝霜”号、“长波”号、“雪风”号、“滨波”号、“矶风”号5艘基本完好，另外5艘损伤也不算太严重。
萨马岛海战日美双方参战和损失舰艇简表
*美军还有第七舰队第77特混编队第4大队第2分队的舰载机参战，参战舰载机总数约300架，损失情况不详。