尾声
日军投入莱特湾的除了四支主要的舰队，还有一支小舰队，1月21日从婆罗乃出发运送增援部队的第二游击部队第16战队的2艘巡洋舰和1艘驱逐舰，在10月23日其中的“青叶”号重巡洋舰被美军的潜艇击伤，被迫折返。而余下的“鬼怒”号轻巡洋舰和“甫波”号驱逐舰完成了运送任务后，于26日在返航途中被第七舰队第77特混舰队第4大队的舰载机炸沉。
到10月26日，莱特湾海战的主要战斗基本结束，但还有一些尾声的零星战斗还在继续。
由2艘战列舰、3艘轻巡洋舰和8艘驱逐舰组成的第34特混舰队第5大队，作为第三舰队南下回援的先头部队，于25日夜间脱离第三舰队主力高速南下。在26日0时30分赶到了栗田舰队撤退的必经之路——圣贝纳迪诺海峡东口，与日军“野分”号驱逐舰不期而遇，“野分”号是日军著名的“补枪王”，这次也是如此，刚刚击沉失去航行能力的“筑摩”号重巡洋舰，满载着“筑摩”号幸存官兵正急着要经过圣贝纳迪诺海峡返航。
美舰在雷达上发现“野分”号之后，34特混舰队第5大队司令怀尔德·巴杰海军少将命令巡洋舰首先攻击，“野分”号接连中弹起火，航速下降。然后美军2艘驱逐舰上前，对已经熊熊燃烧的“野分”号进行炮击，并发射鱼雷。1时36分，“野分”号发生大爆炸而沉没。
▲被美军击沉的“野分”号驱逐舰。
27日，38特混舰队第1大队重新开往乌利西环礁，进行因为莱特湾海战而被临时取消的补给和休整。
▲遭到日军自杀机撞击的“富兰克林”号。
28日中午，返航中的美军舰队发现日军潜艇踪迹，“格雷戈里”号（USS Gregory，舷号DD-802）进行了深水炸弹攻击，将伊-54号潜艇击沉。
10月29日，38特混舰队第3大队返回乌利西环礁补给，第2大队则对克拉克机场进行空袭。日军“神风”特攻再次出击，一架“彗星”轰炸机撞上了第2大队的“勇猛”号航母，由于撞击部位是20毫米炮，虽然造成了9人死亡7人受伤，但对航母并没有太大损伤。(https://www.daowen.com)
10月30日，第38特混舰队第1大队司令麦凯恩海军中将正式接任第38特混舰队司令，原第38特混舰队司令米切尔则返回珍珠港。不过日军给新上任的麦凯恩的大礼就是更大规模的“神风”特攻。当天，14时15分，第38特混舰队第4大队发现有日机来袭。由于接连几天日机的自杀式攻击，已经让美军意识到日军正开始采用这种令人胆战心惊的自杀攻击，所以一发现日机，就高度紧张，航母迅速转向并加速到18节。
6架日机扑向“富兰克林”号航母，一架在俯冲时被防空火力击落，还有一架携带炸弹的零式则一头撞在舰岛后部的飞行甲板，产生猛烈爆炸，并引起大火，火势很快蔓延，经过全力抢险，于18时将大火扑灭。但“富兰克林”号付出了很大伤亡，56人死亡，22人重伤，38人轻伤。
▲起火燃烧的“贝劳森林”号。
还有一架零式向着“富兰克林”号俯冲，结果却撞上了“富兰克林”号前面的“贝劳森林”号的后部升降机，同样引起大火，很快引燃了停放在飞行甲板后部的11架F6F“地狱猫”战斗机，大火在16时过后被扑灭，但人员伤亡比“富兰克林”号还严重，92人死亡，54人重伤，43人轻伤。
“企业”号和“圣哈辛托”号也遭到“神风”自杀机的攻击，所幸防空火力表现出色，将三架“神风”自杀机击落，航母才逃过一劫。
10月31日，第38特混舰队第4大队也返回乌利西环礁进行补给和休整。这样在菲律宾海域，第38特混舰队的4支航母大队就只剩下了第2大队，鉴于日军在莱特湾海战中损失惨重，海空力量都遭到了沉重打击，显然已经没有力量再组织大规模的反击，零星的舰艇和飞机袭扰，于一支航母大队也足够应付了。
至此，莱特湾海战才算完全落下帷幕。
▲遭到日军“神风”自杀机撞击的“贝劳森林”号。