南宗的独秀：菏泽系、青原系、南岳系
神会（684—758），俗姓高，襄阳人。神会先投入北宗神秀的门下，学法三年；后又改投慧能门下，学习南宗禅法。唐先天二年（713），慧能去世，其时神会年仅三十岁。故而，有的经典也称他作“神会小僧”。根据相关经典的记载，慧能临死之时，其他的弟子都痛哭流涕，如丧考妣，唯有神会表现出一副淡定的样子，慧能因此对他青睐有加。
唐开元八年（720），神会北上至南阳（今河南南阳），在此广交士大夫，宣传南宗的顿悟思想，时人称之为“南阳和尚”。开元二十年（732），神会在滑台（今河南滑县东）与北宗僧人辩论，提出：慧能是弘忍之后的六祖，南宗才是禅宗的正统。唐天宝四年（745），神会入住洛阳的菏泽寺，因此他又被称为“菏泽大师”、“菏泽神会”。在神会入住菏泽寺的前后，他不遗余力地向信众宣传南宗的禅法，此举招来了北宗信徒的嫉恨。根据宗密的记载，神会曾受到北宗信徒的陷害，三次命悬一线，几乎丧生。由于南、北两宗的矛盾不断激化，神会又被人弹劾“聚众作乱”，被审问之后，一贬再贬，先后被遣送到四个地方。其时，神会已达71岁高龄。
公元755年，“安史之乱”爆发。唐军不堪一击，节节败退。为了保证军需供给，朝廷迫不得已，下令通过“度僧”来增加财政收入，以救燃眉。在这种情况下，神会也因其德高望重，受到邀请，主持“度僧”。所谓“度僧”，说得通俗些，就是把“出家许可证”当作商品来售卖。简言之：“想要出家吗？请交钱领证。”这样一来，对朝廷来说，财政收入得以增加；对民众来说，出家手续更加便捷。许多人或为追求信仰，或为逃避徭役，选择了“购证出家”。由于神会在“度僧筹款”的活动中是积极分子和先进个人，所以，朝廷没有计较他“聚众作乱”的历史遗留问题，反而对他大加褒奖。有了朝廷的支持，南宗也迅速壮大势力。终于，在神会死后，朝廷正式承认：神会是禅宗七祖，慧能是禅宗六祖。至于北宗，就从此一蹶不振了。
神会的法系被称为“菏泽宗”。虽然菏泽宗对后世的影响不大，但是，华严五祖宗密就是出自这一系统。宗密的禅宗传承是：菏泽神会—磁州智如—益州南印（唯忠）—遂州道圆—圭峰宗密。也就是说，圭峰宗密是菏泽神会的四传弟子。
菏泽神会是“朝廷认证”的禅宗七祖，然而，菏泽宗却没能因此而发扬光大。在后世的禅宗传法世系中，居于主导地位的是慧能的另两位弟子：青原行思、南岳怀让。
青原行思（？—741），吉州庐陵（今江西吉安）人。幼年出家，后到曹溪追随慧能。学成之后，他回到自己的家乡青原山传法。在传法时，行思尝试使用“所问非所答”的方式。公元741年，行思去世。行思的主要弟子是石头希迁。到唐末五代时，石头希迁的法系中，形成了曹洞宗、云门宗、法眼宗。
南岳怀让（677—744）。怀让本来学习戒律，后来觉得，所学并非究竟，便四处云游，最后来到了曹溪。怀让在慧能门下修习了十二年。离开慧能之后，怀让到南岳衡山传法。他著名的弟子有马祖道一。在马祖道一的法系中，后世形成了临济宗、沩仰宗。
总之，慧能去世之后，南宗的思想由神会等弟子传播到京城，其他的弟子传播到全国各地。对后世影响较大的，是在今天江西、湖南一带传法的青原行思、南岳怀让的两个法系。青原行思传石头希迁，南岳怀让传马祖道一。此后，禅宗的发展势同燎原之火，一发不可收拾。
禅宗系统借鉴华严宗的理论，是从石头希迁开始的。
石头希迁（700—790），他的师承是：六祖慧能—青原行思—石头希迁。希迁，俗姓陈，端州高要（今广东省肇庆市）人，后住南岳衡山。因为他曾在大石头上结庵修行，所以被称为“石头和尚”。希迁自幼聪颖，且从小就有出家的志向。由于他和慧能同处广东，所以他一开始去拜见了慧能，并在慧能门下出家。慧能去世之时，希迁年龄还小，之后他便投奔了慧能的弟子青原行思，继续学习。唐德宗贞元六年（790），希迁去世。希迁的主要著作是《参同契》。其中，石头希迁阐述了理事圆融、物我一体的思想。这篇文章，是禅宗全面吸收华严学说的代表作；同时，也体现了华严宗对禅宗的影响。
《参同契》主要讨论的是真如与万法、理与事、本与末、物与我的关系。这篇文章认为，世界的本源是真如佛性（理），它清净无瑕，无形无象，无苦无乐。它显示出来的世间万象（事），是受到染污的，形态各异的，有苦有乐的。理、事之间，事、事之间，是相互圆融的，相互会通的。在认识世界的时候，一方面，要看到事与事的不同。它们有黑白分明的一面，各有各的功能，不能相互替代。另一方面，要认清理与事的关系。理表现为事，事背后有理。