慧因寺系的华严法脉
公元960年，北宋王朝建立。虽然契丹（辽）虎踞北方，阻遏了宋的统一进程，但是，北宋政权的建立，结束了唐末五代以来的分裂割据局面，这为中原佛教的发展提供了新的契机。
佛教方面，会昌法难使禅宗以外的所有宗派都遭受重创。对华严宗而言，五祖宗密所传的法脉也气若游丝。直到北宋初年，子璿及其下传的慧因寺法系才使这一状况得以改变。
子璿（965—1038）（璿，音旋。“子璿”，或有记载作“子濬”）。子璿幼年出家，先师从天台宗僧人法敏研习《楞严经》，后跟随禅宗僧人琅琊慧觉习禅。据记载，慧觉曾对子璿说：“你们华严宗已经衰败很久了，你应该去好好扶持一下才对。”由此推测，子璿可能是位华严宗僧人。不过，他的华严宗法脉究竟承自何人，文献中已无从查考。子璿离开慧觉以后，住在长水寺，主要弘传《楞严经》《大乘起信论》。
子璿主张禅教融合，他有代表作《楞严经疏》十卷。后人认为：子璿是借华严思想，来诠释《楞严经》；或者，是借《楞严经》的文本，来宣扬华严教义。子璿的另一部代表作，是《大乘起信论笔削记》二十卷。《大乘起信论》和华严宗思想关系密切，宋代研究华严思想的人也很重视这部经典。
不过，总的来说，子璿不是专弘华严的学僧，他也没有专门的华严学著述。他之所以能在宋代华严宗史上占有一席之地，主要是因为他的弟子，宋代华严宗的“中兴教主”：净源。
净源（1011—1088），俗姓杨，字伯长，泉州晋水（今福建晋江县）人。他在东京报慈寺海达法师门下出家，之后游学全国各地。净源很早就开始修学《华严经》，研读李通玄的《新华严经论》，也曾上五台山，拜访过华严学名家承迁法师。后来，他回到南方，师从长水子璿，学习《楞严经》《圆觉经》《大乘起信论》。离开子璿后，净源主要在江浙一带活动。在他的努力下，杭州的慧因寺由“禅寺”改为“教寺”，净源出任主持。此后，这座寺庙成为宋代专门弘扬华严宗的道场，同时，也是宋代华严学的研究中心与传播中心。
宋哲宗元祐元年（1086），高丽僧人义天来华，向宋朝廷申请学习华严宗。朝廷本打算选派东京觉严寺的诚法师，可是，诚法师却推荐了净源。于是，朝廷派人把高丽僧人义天送到了杭州慧因寺，跟随净源学习。义天为净源提供了许多保存在高丽的唐代华严注疏，由于这些注疏多在唐末五代的动荡中失传于中原，所以，义天带来的资源更显弥足珍贵。
慧因高丽寺（慧因寺）
净源最大的历史贡献，是搜集与整理华严典籍。他游学全国各地，搜集到了许多会昌法难中散失的经典。在此基础上，他整理了华严宗诸祖的著述，包括初祖法顺、三祖法藏、四祖澄观、五祖宗密。
初祖法顺的主要著作是《华严法界观》。净源了解到，为这部著作做注解的，有四家法师：西蜀仁周法师、开宝守真大师、淅水从朗法师、景德有明大师。净源认为，这些注解有互相矛盾之处，所以他删繁就简，汇编成了两卷。经他改编的注疏本，名为《法界观门助修记》（二卷）。
净源所整理的法藏著作有四部。第一部是《五教章》。当时，社会上流传有多个版本的《五教章》，书名不统一，段落有错乱，传抄有谬误。因此，净源搜集了多个版本校勘，完成了整理工作。
第二部是《华严经义海百门》。净源花费了数年时间，搜集了多个“古本”，做了比对整理。他推测，该书在传抄过程中，可能有阙文现象。对书中若干处明显讹误，他一一做了修正。
第三部是《妄尽还源观》。在净源之前，这部著作的作者存在争议。有人认为，这部著作的作者是法顺。净源则通过文献查考、文本比对，认定这部书的作者是法藏而非法顺。元丰二年（1079），在考证了《妄尽还源观》的作者之后，净源又撰写了《华严妄尽还源观疏钞补解》（一卷）。净源曾读过法灯大师的《妄尽还源观》注解，不过他觉得仍有欠缺，所以就自己动笔撰写了《华严妄尽还源观疏钞补解》。在这部著作中，净源旁征博引，不仅引用了法藏的其他著作，还引用了澄观的著作、僧肇的著作，另外还引用了子璿的《大乘起信论笔削记》。净源在其著作中，提出了“华严七祖”的观点，即马鸣—龙树—法顺—智俨—法藏—澄观—宗密。
第四部是《华严金狮子章》。净源搜集了《华严金狮子章》的四个注本，根据自己的理解做了增删，撰成《金师子章云间类解》（一卷）。
四祖澄观著有《华严经疏》，净源曾将其抄录于《华严经》的经文之中，以便阅读，现存五十八卷。
净源也关注了五祖宗密的《原人论》。熙宁七年（1074），净源撰写了《原人论发微录》三卷。在这部著作中，净源引用了宗密的《圆觉经大疏钞》，和多部儒家、道家经典，充分发挥了宗密《原人论》的思想。