杀君马者道旁儿
参加巴黎和会的中国代表还没有拒不签字的明确表示，在蔡元培的说服下，学生已经决定复课，本已经放了北洋政府一马，但北京政客却公报私仇，按照段祺瑞的助手徐树铮的建议，立即提出“整顿学风”。所谓“整顿学风”，首先就是拟撤换北大校长蔡元培，改由胡仁源代北大校长。从5月4日开始，徐树铮就出言威吓北大和蔡元培，说“要烧北大房子、杀北大学生”，“要以三百万金收买凶手刺杀蔡元培”等。
这时，北大第一任校长严复公开表态说：这次学生运动，就是因为蔡元培片面强调新学新理；蔡元培就是个神经病，校长既然是神经病，学生只能是神经病。
这是自新文化运动初期林纾致信蔡元培，指斥北京大学“覆孔孟、铲伦常”之后，对蔡元培的又一次公开指责。
安福系的阁员们表示，蔡元培是要利用北大学生，向政府施压，重回政坛。蔡元培不是一个人，他背后有梁启超、林长民等一系列人。这些人不去，党争就不能停止，政府就不得安宁。
蔡元培原本就是造炸弹、搞革命的人，他是不怕事的，而长期为官，他知道徐世昌一时释放学生，这不过是以退为进，为的就是下一步罗织罪名，以捉拿“幕后黑手”。在徐世昌、段祺瑞、徐树铮、安福系看来，他蔡元培就是“幕后黑手”。那些反对新文化运动的保守派们也势必起哄，以为时机来了，趁此老账新算，其目的就是夺回北京大学这个阵地。
蔡元培清醒地看到，五四运动可能的结果无非是：学生一时被安抚，随后便秋后算账，北大换人，政府在巴黎和会上公然签字——这是最坏的结果；再就是北大继续抗争，直到政府不敢秋后算账，不敢在巴黎和会上签字——这是好的结果。
要争取这个好的结果，只有斗争。蔡元培擅长的斗争方式，当然不是公然去鼓动学生，而是自行辞职。
蔡元培第一次辞职，就是因为在袁世凯政府里，他和其他同盟会阁员认为权力应该在国会和国务院，而北洋系则认为权力应该在总统。面对袁世凯的软硬兼施，他便愤而辞职了。
袁世凯都不怕，难道还怕徐世昌吗？何况，如今让他辞职的理由是明摆着的——蔡元培感到身心疲惫，作为一位崇尚个人自由的学者，他虽然很同情学生的爱国热情，但一向认为大学是研究学问的地方，不是搞政治的地方。现在忽然被指为利用北大搞政治，他断然不能接受。
蔡元培被各学校校长奉为和政府打交道的领头人，学生们出了事向他求援，他不能不管；各校校长们要联合行动，他也不能不参加；政府也把他视为学运风潮的幕后操纵者。他身不由己地被推到了风口浪尖上，今天到教育部请愿，明天到警察厅求情，这完全违背了自己办学的初衷。
5月8日午后，又有人向蔡元培通风报信，说政府方面认为，只有蔡离开，风潮才能平息。如果蔡不去，法庭就要严办被拘学生。蔡元培认为，倒不怕有人要买他的脑袋，但是“我恐因此增加学生对于政府的纠纷”。蔡元培后来写道：“我个人且将有运动学生保持地位的嫌疑，不可以不速去。”
于是，蔡元培于5月8日晚向政府递交了辞呈。次日晨五点半他悄悄离京，甚至连最亲近的人都没告知，出走天津，前往杭州。临行前失望、愤怒、悲哀的蔡元培留下一纸声明，写道：
我倦矣！“杀君马者道旁儿。”“民亦劳止，汔可小休。”我欲小休矣。北京大学校长之职，已正式辞去，其他向有关系之各学校，各集会，自五月九日起，一切脱离关系。特此声明，惟知我者谅之。[17]
“杀君马者道旁儿。”有人把这句话理解为，是学生游行害了蔡元培，实际上，蔡元培自己说得很分明，是北洋政府要把鼓动学潮的罪名加于自身，把学生爱国运动说成是党争，以此要他的人头，他不怕，他怕的是学生爱国运动被污名化。
蔡元培到达天津后，立即发报给夫人黄仲玉，请她不要惊慌，也不要跟着离京，就在北京家里等着，闭门谢客就可以了。
正如蔡元培所预料的，他的辞职立即产生了轩然大波，北京城为之震动。北大学生立即发布声明：学生们的自觉行为，绝不能让校长担责，蔡元培一天不回校，北大一天不复课！
天亮以后，这个声明顿时震动了北大师生。
同学们迅速将它油印出来散发各校，整个北京学界愤慨激怒的情绪，就像干柴遇烈火一样，瞬间点燃。于是，北大的学生们于“外争主权，内除国贼”“收回山东权利”口号之外，又加上了“蔡校长复职”这一强烈要求。
在蔡元培出走的当天，北大立即召集全校代表会议磋商，决定先以全体北大学生名义呈请政府下令挽留蔡校长。同时北大学生派代表见教育总长傅增湘，提出三点要求：
（1）请总统特下命令挽留；
（2）派司长赴津劝驾；
（3）由学生方面通电上海陈述一切。[18]
北大教职员代表马叙伦、马寅初、李大钊等为挽留蔡元培到教育部请愿，北大教职员会作出若蔡校长不留任，北大教职员将“一致总辞职”的决议。
傅增湘原本确实是想撤了蔡元培，但现在被推到了风口浪尖，从此便一心想着躲事。
学生只是被保释，而非无罪释放。5月10日，保释外出的学生接到检察厅传票，出席第一次预审。学生们声称，他们是尊重总统命令，顾全“保人”蔡校长信誉而来。当检察厅问谁是5月4日事件的主脑时，学生们异口同声地回答：“各人具有良心，谁能主使？”因为学生绝不出卖校长、老师，预审遭到了学生们的抗议，便草草结束。
怒火未消的学生们回校后，向检察厅正式递交了一份声明，表示今后再不会到检察厅应讯。
现在几乎所有的人都认识到一个现实：蔡元培不当校长，学生就不复课，反过来说，北洋政府不真正妥协，蔡元培这个“保人”还真不当了！
气温一天一天升高，炙热的夏天来临了。
在和约签字问题上，军阀政府加快了卖国的策划和活动。学生们制止签字的行动相应也更急切了。
对北大而言，校长不在了，但校长教给他们的社会教育、平民教育思想还在，北京大学平民讲演团还在。
1919年5月17日，北京大学派出讲演员共八组，每组约六至七人，分赴东城一带讲演，并沿途发布宣传传单。面对警员的阻止，学生们“以宗旨正大，决无意外，愿负一切责任答之”，坚持照讲不误。
随着学生运动的发展，北京学联（5月6日，北京中等以上学校学生联合会成立）以政府镇压爱国运动为由，决议于5月19日起继续罢课，并向北洋政府提出下列条件：
（1）向巴黎和会我国代表团发出指令，坚决拒绝在和约上签字；
（2）惩办卖国贼曹、章、陆；
（3）挽留北大校长蔡元培。
1919年5月19日，星期一，这一天北京下了一场小雨。从上午开始，总罢课开始了，全北京26所中等以上学校的教室都空空荡荡。这一天开始的总罢课，声势十分浩大。它是继五四爱国游行之后，北京学生对军阀卖国集团所进行的又一次罢课斗争。北京军阀政府视学生的爱国行动为“纠众滋事，扰及治安”，并不断扩大镇压措施，甚至出动军警殴打逮捕讲演学生。
学生运动却更加广泛、深入地开展起来。在北京街头演讲的学生日益增多，19日那天就有三百多人，20日六百多人，21日则达到上千人。大批军警日夜包围着北大等学校，限制学生外出。
北京城里一团糟，蔡元培却已回到了老家杭州，到西湖边读书去了。
那时，他读《水经注》，又读《石头记》，浏览中外报纸，一派神仙模样。在西湖边，他写了《夜雨》一诗：
久已隔窗听夜雨，居然欹枕看朝霞。
霞痕转眼已全失，雨意无端又怒加。
起来正是雨霏霏，旭日穿云未敛晖。
半西空蒙半潋滟，西湖装得像徐妃。[19]
蔡元培在西湖写诗，但北京那边早已经坐不住了，先是医专校长汤尔和代表各校校长跑到西湖，请蔡元培出面主持公道。蔡元培刚送走了汤尔和，蒋梦麟随后就赶到，蒋梦麟是蔡元培在浙江中西学堂时的学生，算是他最信得过的人。蒋梦麟陪着蔡元培在西湖住了三天，说是代表北大师生来慰问校长。
蒋梦麟刚走，老朋友沈尹默跑来了——当年是否要来北大，蔡元培就征求过他的意见。这次，沈尹默还携来胡适于6月22日写给蔡元培的信，信中向蔡元培汇报了现在北大教授内部的一些动向。蔡元培与沈尹默一起吃了午餐，把给黄仲玉的信，交沈尹默带去，信里讲了孔德毕业证书盖印一事。
他对沈尹默说，夫人的事，需要管，但其他的事，他一概不问了。
这个时候，张国焘的信也到了，信里表达了全校众志成城维护校长的决心。这封信令蔡元培十分开心，他立即给张国焘回了信。
从此，张国焘、胡适，汤尔和与蒋梦麟自北京发来的“快函”不断，北大教授会、学生会的来信也如雪片一般，而蔡元培不为所动——理由是：他真病了，在西湖淋了雨，他的老胃病复发了。
得知蔡元培真是病了，徐世昌和国务总理、教育总长也发来电报，以示慰问。蔡元培一面回电，一面暗笑，他对自己的胞弟笑着说：我虽有胃病，但不至于死，至于大总统，他这次恐怕是没有后路喽！
蔡元培知道，徐世昌最后的一招，无非是镇压，但如今民众已经起来了，镇压就是火上浇油。
于是，蔡元培继续在杭州安心养病。