立案问题
1927年12月，南京国民政府大学院公布了《私立大学及专门学校立案条例》，准许设立私立大学及专门学校，但规定，“必须试办三年以上”，“有确定之资产或资金”，“专任教员应占全数三分之一以上”，方得呈请政府立案。[93]1929年7月，南京国民党政府教育部公布了《大学组织法》。其中规定“私立大学或私立独立学院校董会之组织及职权，由教育部定之”[94]。同年8月，国民政府教育部制定《私立学校规程》，规定，“私立大学、独立学院及专科学校以教育部为主管机关”，“私立学校立案后受教育行政机关之监督及指导，其组织课程及其他一切事项，均须遵照现行教育法令办理”。[95]国民政府通过一系列的法规，试图加强对私立大学的控制，其中较重要的手段就是对私立学校的立案管理。
对于私立学校而言，立案问题非常重要，因为立案与否，关系到校务的进行和毕业生的前途。私立学校规程第二十八条规定：“凡未依照本规程呈准立案之私立学校，其肄业及毕业生，不得与已立案学校之学生受同等待遇。”故学校立案与否，关系于学生自身利害者至巨，尤其是大学，学生投考学校会慎重选择。每年暑假前，教育部都会发布公告，将已准立案及已经停闭之私立大学暨学院，开单列后，俾众周知，提醒“各生投考时务宜详加审慎，幸勿自悮”[96]。另据原中公学生罗尔纲陈述：“当时规定，凡私立大学不得立案的政府不承认，学生毕业后，学校发给那张毕业证书不能做资格凭证，学生出路困难。”[97]一般私立大学立案是否顺利，除办学条件和质量外，党化教育推行的效果也是一个重要的考量标准，故学校与地方党政的关系如何也是重要的影响因素。
早在1927年，中国公学虽早经国民政府教育行政委员会批准，予以备案，但未办过立案手续。1928年6月，中国公学又向大学院呈请立案，全文如下：
谨启者：窃本公学于民国前六年（清光绪丙午）为留日学生激于当时日政府之设立取缔规则返国后所创立，开办已阅二十余载。大学部毕业生已达五百余人，中学部则因受军事影响，簿籍亡散，无以核计。莘莘学子，不仅于科学上、文艺上尽贡献之责，而尤致力于清季革命，如丙午萍醴之役、辛亥黄花岗之役，本公学校友之奋身死难者不下数十人，而为本公学投江自尽之姚君宏业尤为革命巨子。故当总理在日，虽政躬纷忙。而以爱护本公学之故，仍兼任董事，力事维护，于其临时大总统任内，指拨三百万为本公学经费。其款虽为项城扣发，仅领到四十万元，然本公学之得于民国元年添设政法商专门科者，总理之惠也。其后政法各科停办，中学改为新制，商科改为大学。十四年又添设哲学、政治、经济诸系。十六年中法工专因风潮停办本科，失学学生要求转入本校，得政府允许，每年津贴四万元，因设为理工、文、商、法五［四］院。本年各系毕业，爰改为文理院及社会院，仍以预科系焉。兹据本年二月六日大学院公布私立学校条例及十六年十二月二十日公布私立大［学］及专门学校立案条例，将本公学各项表格连同校舍平面图及说明书一并送上，即希转呈大学院鉴核，准予立案。[98]
南京国民政府建立后，中国公学为获取发展资源，在自身历史表述中尤其强调其与国民党的渊源，故突出晚清时期对革命的赞助，而较少提及民初与研究系的关系。
国民政府大学院并没有正式受理各私立学校的立案请求。一直到1928年大学院改组为教育部才开始办理各私立学校的立案申请，但立案申请必须通过所在省市教育局的审核，审核通过后，再由当地教育局转呈教育部批准立案。[99]
1929年3月，中国公学校董会开会决定，将中国公学的经过情形写成书面报告，连同所填大学院颁发的私立学校校董会立案表二册，呈请上海特别市教育局存查，并转呈教育部审核，请求批准立案。6月10日，上海特别市教育局局长陈德征将中国公学校董会的呈文及附件转呈教育部长蒋梦麟。教育部于12日收文后，即由黄建平代蒋梦麟批文给高教司，但高教司未能及时处理。6月17日，中国公学校董会再写呈文并附表册给上海特别市教育局，请转呈教育部。6月21日，上海特别市教育局局长陈德征又将以上材料转呈教育部部长蒋梦麟，并加了这样一段批文：“兹复据该校董事会董事长王云五等呈送该公学大学部立案表册，请予核转。前查表册填载尚属详明，核与私立大学及专门学校立案条例规定手续尚无不合。除将原呈抄录存查外，理合将原呈表册具文呈送，仰祈察核令遵，实为公便。”[100]6月27日，中国公学收到市教育局训令第二九六号，知照教育部准本公学校董会立案。[101]至此，校董会完成立案工作，但这只是学校立案的第一步。
1929年6月，教育部第701号训令，称中国公学编制不合大学组织法所规定，“近据报载，该校招生广告，文理学院及社会科学院，仍用旧称，并未遵令改为文理科及法商科，殊属不合”。责令中国公学改正。[102]实际上，中国公学在1930年1月教育部视察以前一直未改。
中国公学多次呈文办理学校立案，均未获批复。8月1日，胡适直接给教育部长蒋梦麟、教育部次长马叙伦写信，并请副校长杨亮功专程前往南京办理。胡适信中写道：“吴淞中国公学立案事，我们的原呈因只用董事长签名，被上海市教育局退回，耽误了许多日；最后学校立案原呈及表册，据市教育局说，都是6月10日付邮的；但呈文到了贵部，而表册迄今未到，殊属奇怪。表册本有两份，一留市教育局，一呈贵部。我们几次向市教育局索取副本，至前日始取回，今将副本交鄙校副校长杨亮功博士亲自带呈。我们现办暑期学校，有学生三百人，其中过半数是本校正式学生，教职员也都是本校平日教职员，故鄙校极盼贵部早日派人来查，以便早日批示。现在部令既十分注重立案之学校，立案与否殊于学校进行有关系，不幸敝校立案事被教育局延误多时，故我们极盼两兄早日派人来查。”[103]可见因上海市教育局在其中的延搁，胡适不得不绕过教育局直接与教育部沟通。
蒋梦麟接信后，即召集司长、督学，接见中国公学副校长杨亮功。经讨论，教育部认为在暑假中不便调查，待学校开学即派人前往调查。教育部高等教育司又将此意函告胡适。1930年1月，教育部派黄建中、朱经农、郭有宁到中国公学视察，将视察结果写成书面报告，并带回中国公学一览表、中国公学大学部职员一览表、学生名册等多种资料，对学校情况基本予以肯定，列举出三条优点和三条缺点，呈请教育部鉴核施行。[104]
为完成立案，中国公学进行了院系编制的调整，1930年1月，经校董会蔡元培、杨杏佛等诸校董决议，将两学院扩充为三学院后，将原有编制课程重行厘订。[105]重新调整后，“该校自春季开学起，将文理学院分文史、数理两系，文史学系主任由校长胡适兼任，社会科学院分政治经济、法律两系，院长仍请高一涵担任，罗隆基、张耀曾分任主任。另将商学系扩充为商学院，分银行会计、普通商学两系，院长请刘秉麟担任”[106]。
尽管蒋梦麟与胡适私交甚好，但由于胡适关于人权与约法的文章触怒了国民党最高当局，而且上海市党部从中作梗，故在胡适担任中国公学校长期间，学校的立案问题未能解决。上海市党部执行委员会常委陈德征时任教育局局长，[107]与胡适因人权与约法之争交恶，陈德征也是提议惩办胡适的上海市国民党要员之一，在中国公学立案问题上，陈德征以中国公学不符合教育部规定的大学设立标准以及学科设置不符合教育部相关规程为由，多次驳回中国公学要求立案的申请材料。[108]据时人所言，因胡适在新月发表人权论文，有反动嫌疑，故教育部对该校深为不满，视为反动之巢穴，“胡校长知彼一日不去，则该校一日不得立案”[109]。立案问题不解决，直接影响到学校招生。胡适后来辞职一个非常重要的目的就是为学校立案排除障碍，避免影响中国公学前途。胡适晚年与胡颂平谈及中国公学的立案事，也曾提道：“我为学校的立案问题辞职之后，由马君武先生继任校长，中公就立案了。”[110]1930年5月，教育部批准中国公学立案，惟令上海特别市教育局令该校改称学院。[111]