马君武接掌中国公学
国民党建政之后，中国公学的内外环境均发生变化，校内董事会的改组使学校早期校友代替此前的研究系主导校政，而外部环境则由北京政府时期的自由宽松变为南京国民政府治下党国权力的严格控制与调配。
1927年改组后的校董会，负责垫款和筹款的熊克武等川籍校董对校内治理的发言权无形中要高于其他校董，故而熊克武被推选为校董会董事长。[2]何鲁任职不到一年，至1928年3月学校发生风潮，何鲁请辞。后校董会决议，在新校长没有产生前，由但懋辛、丁鷇音、朱经农到校劝慰罢课学生复课。4月27日，中国公学校董会开会，票选胡适任校长，仍由熊克武负责筹款事宜，但懋辛任总务长，丁鷇音任校董会秘书。[3]胡适在1928年6月，暂允维持两个月到期后，即向校董会提出辞职。6月17日，但懋辛与丁鷇音力劝胡适勿辞。6月25日，胡适在中国公学行正式就职礼。胡适在日记中提及其所以不忍一丢就走的原因之一，是“熊锦帆、但怒刚、丁鷇音诸同学真热心办此事，我不忍丢了他们就走”[4]。可见胡适任校长，实际上由熊克武、但懋辛与丁鷇音等川籍校董推选，这些川籍校董是真正的校政主持人。胡适任上，川籍校董在校内占据要津，具有重要的影响力。
川籍校董之所以具有如此重要的影响力，是因为其在经费上对于学校的贡献。中国公学系私立学校，经费基本靠自筹。1928年6月10日，校董会决议设立中国公学基金募集委员会，熊克武、蔡元培、于右任、胡适、但懋辛、丁鷇音等七人为委员。[5]从后来的实际情况来看，学校改造的“经费差不多是由但懋辛、熊克武二人负担”[6]。因为在筹集经费上的特殊贡献，川籍校董对于校政亦有相当的主导权。据在中公任教的高一涵回忆，“那时中国公学是一个私立学校，学校经费起先由熊克武、但懋辛等筹助，并派丁鷇音在校内兼管行政事务”[7]。中公学生的一份宣言中也曾提到丁鷇音在校董会的特殊身份，“丁先生是中国公学的董事，是董事会的秘书，是好几位董事的驻沪代表”[8]。可见丁鷇音作为川籍校董的代表，在校董会和校内均拥有很大的权势。
据刘秉麟所撰校史，“十八年春熊克武辞董事长职，由校董会公推王云五为董事长”[9]。1929年6月，中国公学的立案呈文上显示校董会董事长也是王云五。到1930年5月，蔡元培接任中国公学校董会主席。校董会主席虽有变更，但实际并不影响川籍校董的权势。
1930年年初，胡适坚辞中国公学校长职，一方面固然是胡适本来就未打算久任，但另一方面，外在环境的压迫是更为直接的原因，所谓外部压迫，具体而言就是其与国民党上海市党部的矛盾。胡适1930年2月6日记，“丁鷇音与马君武先生同来，谈中公校长事。我坚请君武先生继任，他仍推辞。后来我们三人同去访蔡先生，他也力劝君武。君武始有允意。我请鷇音代我办交代事，我另草一校中布告稿”[10]。2月8日，胡适在报端发表辞职公告，并称马君武已允就中国公学校长职。[11]
在经历了胡适与马君武交接的过渡时期后，至1930年5月初，胡适又向校董会重提前议，胡适正式辞职，马君武接掌校政。胡适的辞职虽系外在压迫的结果，但其辞职及新校长的选聘均由校董会主导，政府和党部未能施加影响，可见此时的中国公学仍保持私立学校的独立性。党部之所以未能施加影响，很大程度上是碍于法理，即国民政府《大学规程》所规定的，私立学校校董会为最高权力机构，所以在校董会尚能发挥其正常功能的情况下，外部势力无由介入。
5月19日，马君武正式就中国公学校长职。胡适及校董会主席蔡元培出席就职典礼，首先由胡适致开会辞，对马君武多有褒奖，“马先生是经过我们长期间物色得来的，他是本校的老教师，中国负有盛誉的科学家，此后定能为本校造成无限的光荣”。继由蔡元培致辞，“大意为胡马两先生的学力操守完全相同，语多恳挚，期与前校长共负责任，促成本校之光荣”。然后由马君武讲话，由于其抱病，发言甚少。后由教授高一涵讲演，提出四点希望，“一、为本言论自由的精神，发表学术思想；二、为改良教员物质上的待遇，得以安心任教；三、为充实图书馆至低限度，成为上海的最完美的图书馆；四、为充足本校经费，将来达到学生免费求学的地步”。高一涵认为，如切实去做，中国公学可望“达到全国最高学府的领袖地位”。最后由学生会代表对新校长致欢迎词，并提出三点希望，“一、迅速解决本校立案问题；二、新校舍早日落成；三、继续胡前校长精神发扬而光大之”[12]。由此可见，马君武继任校长基本上得到校董会、前校长、教职员及学生等各方的认可，且对其颇多期许。
马君武就校长职后，采取各种举措，致力于中国公学的发展。1930年春，由于学校规模扩大后，校舍不敷使用，部分学生借住北八字桥游氏住宅，造成一校分居两地的局面，于学校管理、教学及经济上均极不便利。胡适长校时，就已与马君武商及建筑新校舍，将八字桥分校归并炮台湾。1930年4月13日，中国公学校董会决议，“因近年学生人数增加，吴淞原有校舍不敷，议决增建可容五百人之校舍，推马君武、杨杏佛、丁鷇音负责进行云”[13]。1930年5月，由东南建筑公司介绍冯泰兴建筑公司负责建筑新校舍，并商妥一切条件，由冯泰兴代向正大银行借款七万四千元为建筑费，分三年偿还，以炮台湾地契为抵押品。[14]马君武对于新校舍建设颇为用心，据学生回忆，“他每天必到学校，前往工地巡察，认真监督，日夜赶工，大概前后不过三个月，一座能容纳八九百人的三层楼崭新宿舍便告落成”[15]。新宿舍于1930年9月建成，可以容纳五百余人入住。9月15日开学时，八字桥分校并入吴淞校区，所有新旧学生有一千四百多人。[16]中国公学在1930年下半年学生人数猛增，除招考的学生外，还有上海的大陆大学被查封后转学的学生。
1930年5月19日，中国公学新旧校长完成交接后，卸任校长胡适（右二）与校董会主席蔡元培（中）、新任校长马君武（左二）、社会科学院院长高一涵（左一）、总务长丁鷇音（右一）合影。
马君武还着手调整院系，将文理学院分成两院，将文史学系扩充为文学系、教育哲学系和史地系，文学系、教育哲学系归属文学院，而史地系则列入原来的社会科学学院。在教授人选上，马君武基本延续胡适掌校时的阵容不变，在此基础上添聘教授。文学院、商学院的院长依旧分别由胡适和刘秉麟担任，社会科学院院长先后由高一涵、王云五、潘光旦担任，而调整后的文学系、教育哲学系、史地系都新聘了系主任。马君武任内各系新聘请了很多名教授，像郑振铎、傅东华、陈望道、谢六逸、洪深、张世禄等文学界名人都被聘为文学院教授；教育哲学系聘请了李石岑、沈有乾；史地系聘请了何炳松等知名学者。除了调整院系、添聘教授外，马君武积极扩充教学仪器，增加实验设备和图书资料，改善办学条件。
再次，解决中国公学的立案问题。中国公学是私立学校，学校立案与否，直接关系到校务进行及学生毕业的前途问题。在胡适任校长时，中国公学的立案问题一直没能解决。马君武到任不久，便亲自前往南京解决中国公学的立案问题。1930年6月中旬，中国公学顺利立案。
与胡适的无为而治不同，马君武掌校后的一系列举措侵犯了川籍校董的利益。在胡适任内，身为校董的丁鷇音兼任校董会秘书和学校总务长两职，对于学校的经济及日常管理有很大权力。马君武上任后，任用王宏实为总务长，免去丁鷇音的职务。丁鷇音免职的原因，与学校的财务账目有关，马君武任校长后清查账目，认为丁鷇音有贪污的嫌疑。[17]丁鷇音是否存在贪污之实是一事，但查账本身是对既得利益群体的一种清算，适足以激化矛盾。[18]
作为校长，马君武的处事风格与胡适迥异。马君武上任后对于中国公学总务和教务的整顿即反映其治事风格，据马君武对记者发表的谈话，“中国公学积弊甚深，总务处会计科目的帐目，差到一万数千元以上；教务处如一乱字纸篓，无论调查学生何事，非经过一点钟以上找不出来。去年秋季开课，选课、点名簿诸事，教务处七人忙了两个月尚办不清楚，等到点名单发到教员手里，一个学期已经去掉一半了。我去年五月十九日到中国公学接校长事以后，便先整顿总务处，发现会计处亏空数目，其内容非常复杂，有的是总务处挪用，有的是会计主任、事务主任挪用，有的是教员挪用，最怪的是凡是学生在会计处放存之款，只出收条，永远在帐簿上查不出一字记帐，总务长丁某因此辞职”[19]。
作为对照，据杨亮功回忆，胡适治校，“既付与主管者以事权，复予以奖掖”，除有关校务的重要政策须亲自参与决定外，其他的不大过问。[20]且胡适善于调和矛盾，宽大为怀。[21]马君武则事事操心，亲力亲为。胡适曾对罗尔纲说：“马先生是孙中山同盟会的秘书长，地位很高。只是脾气不好，一言不合，就用鞋底打宋教仁的巴掌。他不肯信任人，事事要亲自抓，连倒痰盂也不放心，要去看过，不肯信任人，人便不敢负责；事事自己去抓，便行不通。”[22]也曾有校董指责马君武查办丁鷇音侵吞公款一事措置不当，认为“不宜向学生宣布”，其意或认为应私下调解，不应公之于众。[23]马君武的行事风格影响到校内的既得利益者，由此引发校内的分裂与冲突。