阮士怡教授深谙“治病必求于本”“正气存内,邪不可干”“邪之所凑,其气必虚”等中医治病理念,并将其融入疾病治疗中,形成了“软坚散结法治疗动脉粥样硬化” “益气养阴法治疗冠心病”“育心保脉法治疗心系疾病”等新学术思想。