总统支持他的作战计划
麦克阿瑟晚年写回忆录时，深深地怀念1941年那段日子。这年的7月，他被罗斯福总统任命为美军远东部队总司令。麦克阿瑟上任后，将自己的司令部设在菲律宾的马尼拉饭店。1941年12月，日本偷袭珍珠港，太平洋战争全面爆发，美国对日宣战。
在这之前，麦克阿瑟对日本的企图有所察觉，他还准备向总统要求调拨340架飞机和几十艘军舰，誓死保卫菲律宾。这飞机和军舰还没调来，日军就已打上门了。12月24日，日军兵分两路，向马尼拉进攻。麦克阿瑟迅速组织美军和菲律宾军队进行抵抗。日军攻势凶猛，势不可挡，麦克阿瑟不得不率领所有美军和菲律宾军队撤出马尼拉。这时，大部分军队都已按他的命令撤走，他还留在马尼拉。因为，他的去留要等总统的指令。这时日军已经进入马尼拉，日本人的枪声已在他耳边响起，但总统的指令还没到，麦克阿瑟掏出了父亲留给他的德国造手枪，检查了弹夹，发现只剩下两颗子弹。他考虑后对妻子说：“亲爱的，这两颗子弹，一颗是你的，一颗是我的，我们为国捐躯的时刻到了。”
妻子含泪说：“亲爱的，我们再等等，也许总统的指令就到了。”果然，两分钟后，总统要他撤退的命令到了。
3月11日夜，麦克阿瑟带着妻子和四岁的儿子及参谋人员，离开了马尼拉，前往科雷希多岛。接着又前往澳洲。离开前，他对菲律宾的民众发誓说：“我还要回来的。”
他临行前的这句话，第二天就出现在马尼拉的墙上、海滩上、邮件上，这成为麦克阿瑟鼓舞士气的响亮口号。
麦克阿瑟到了澳洲，在马丹和菲律宾的美军和菲律宾军队共计7万余人向日军缴械投降了。这一段历史，在麦克阿瑟的生涯中，是最耻辱的一页。
4月18日，麦克阿瑟在澳大利亚成立了西南太平洋战区总司令部，他任总司令。接下来的日子里，麦克阿瑟大部分时间总是手持烟斗，双眼盯着墙上的军事地图，倾听着参谋人员报告来自各方的消息。有时，他也会赶走所有的参谋，独自一人专注地盯着地图，分析着太平洋战争的形势，有什么新的体会，便在纸条上写下来，写得最多的有这么一句：“我要打回菲律宾！”
麦克阿瑟在地图旁站了大半月时间，渐渐地想出了一个“蛙跳”战术，这种战术首先是夺取对方的空军基地，利用有战斗机护航的轰炸机对敌进行一连串的轰炸。每前进一步都要建个空军基地，为下一步的进攻创造条件。由于南太平洋地区是以岛屿为主的地形，利用“蛙跳”战术可以一个一个地夺取岛屿，打击日军。
麦克阿瑟强调要进行陆、海、空三军协同的立体作战，这种立体战的形式是，通过占领前进基地，测算轰炸机的前进路线，以使中短程轰炸机可以在同等距离的战斗机掩护下进行战斗。前进的每个阶段都以一个机场为目标，作为下一个进程的垫脚石。当航空线向前推进时，在空军的掩护下，海军又控制了敌人海上交通线。这种作战形式的要求是“避实击虚”，即避免进行正面攻击，而是打击敌之薄弱部位。“乘虚而攻”，进而切断补给线以孤立敌军，使其无所作为，软弱无力，自行消灭。在有限的兵力下，进攻部队不脱离空军的掩护，沿着前进的轴心线，向几个重要目标外围作跳跃式进攻，即所谓“蛙跳”战术。
在此期间，麦克阿瑟获悉日本联合舰队司令山本五十六大将的行踪，立即指派空军除掉山本五十六。4月18日，山本五十六率舰队参谋长宇垣中将等幕僚，乘两架轰炸机由腊包尔起飞，在六架零式战斗机护航下，前往布根维尔岛南端的一个小岛——布因岛。山本五十六座机飞抵布因岛上空降落前，从瓜岛起飞的16架美国战斗机，乘日军护航飞机离开的瞬间，接近目标，一举将山本和他的参谋长的座机击落，山本摔死，参谋长宇垣重伤。山本之死对日军又是一次打击。
此时，盟军在太平洋战场节节胜利，收复了许多失地，盟军士气高涨，胃口越来越大，菲律宾群岛战役就是在这样的形势下展开的。
早在1943年春天，罗斯福总统在考虑艾森豪威尔登陆法国诺曼底之际，也考虑如何加快太平洋战争的步伐，尽快将日军消灭在东南亚地区，解放菲律宾。为此，他多次催促参谋长联席会议尽早拿出方案。
1943年4月，美国参谋长联席会议在华盛顿召开，专门研究如何加快太平洋战争。会议由陆军参谋长马歇尔主持。他只讲了不到十分钟的话后，会议就进入了讨论阶段。麦克阿瑟没有参加会议，而是派他的参谋长萨瑟兰前来。萨瑟兰代表麦克阿瑟发言，他说：“此次，我奉麦克阿瑟将军的命令参加会议，一个主要的目的是提出我军下一步作战方向。目前，我军已到达马鲁古群岛，离棉兰老岛不足500公里，考虑到菲律宾战略地位的重要性，因此，攻占菲律宾将使盟军为尔后的进攻获得重要的出发基地和跳板，可以把海上攻势和亚洲大陆的反攻结合起来，并将切断日本掠夺东南亚资源和支援该地区作战的海上运输线。”(https://www.daowen.com)
萨瑟兰说罢，环顾了四周，见没人表示支持他的发言，便又继续说：“麦克阿瑟和司令部提出先攻打菲律宾的想法，是综合各方面有利因素提出的，尤其是那里有数万名被日军抓去的战俘，他们需要我们尽早解救。他们生活条件极差，有病没药治，每天都有我们的人饿死病死，我们早去一天，就能多救活不少人。”
马歇尔问到会的人，对萨瑟兰的发言有什么意见。这时，海军部长欧内斯特·金上将表示说：“我不同意麦克阿瑟代表的意见，先攻占菲律宾战法是蜗牛式动作，速度太慢，不能很快救出俘虏。如今的菲律宾经日本人经营几年，已成为他们的铜墙铁壁，要消灭菲律宾几十万日军，没有几年是不行的。此次战斗是以巨大的伤亡作代价，这是把我们美国青年往火坑里推。要打回菲律宾，要解放俘虏，只有直接消灭日本军队。我的意见是绕过菲律宾，攻击中国的台湾或沿海的厦门。菲律宾有7000个岛屿，台湾只有一个，先打哪一个更合算，只要掰指头算就能知道，你们怎么不掰指头算算呢？”
会上出现两种不同的意见，马歇尔认为它们都有合理的一面，一时定不下来，便将裁决权交给了罗斯福总统。
1943年7月26日，罗斯福乘坐巡洋舰来到珍珠港召集会议，麦克阿瑟及各军兵种司令官都赶来参加。罗斯福在会上讲了此次会议的中心议题后，太平洋舰队总司令尼米兹手持着厚厚的一叠文件资料要求发言，他发言的第一句话就是反对麦克阿瑟先打菲律宾的主张。他边翻阅着资料边说出先打菲律宾的不利因素。他的发言，博得一片叫好声，这对麦克阿瑟产生了一种巨大的压力。因为会场的这种情绪，反映了相当一部分人都是站在尼米兹一边的。可以看出，来自海军的代表都是反对自己的。整个上午的发言，几乎是一边倒。下午会议继续进行，两种意见反复争论，最终也没有结果。
第二天上午10时，会议继续举行，海军代表们似乎没有更新的内容可陈述了，一个个不再争着发言。此时，麦克阿瑟觉得自己的机会来了，为了取得大家的认可，他重申自己的“蛙跳”战术应用在攻打菲律宾的意义。日军攻打和防守太平洋诸岛的飞机、弹药、粮食几乎都集中在菲律宾的马尼拉等地，如果先打菲律宾，等于先灭了他们的后勤装备，先烧了他们的仓库。这一战役一旦成功，占领其他岛屿的日本军队就会断粮，断弹药。
罗斯福在海军代表们发言时，只是默默地听，没有插一句话。而在麦克阿瑟发言时，他不停地插话提问。他问麦克阿瑟，菲律宾的码头多大？有几处？仓库有几个？机场有几个？这些问题对麦克阿瑟来说，简直不是问题，他从小跟着父亲在菲律宾长大，这里可以说是他的第二故乡，他熟悉菲律宾胜过美国。他的回答令罗斯福十分满意。
会议即将结束，麦克阿瑟说：“日本占领军血腥的屠刀已经激起这个岛国的反抗怒火，可以说，菲律宾民众就像一堆干柴，只要有火种就会燃烧。菲律宾民众信赖美国总统和军队，相信我们一定会去拯救他们。我也在许多场合说过，我会回来的。我是代表美国说的这话，如不履行自己的诺言，这将是美国国旗上的污点。”
罗斯福见尼米兹在听到麦克阿瑟的发言时，不断地点头，表示赞同。
这之前，美国大选，麦克阿瑟与罗斯福一同参加了竞选总统活动，最后麦克阿瑟落选。第二天，麦克阿瑟就陪同罗斯福巡察部队。罗斯福问他对美国大选有何感想，麦克阿瑟回答说，军人的精力在打仗，一切听总统的。罗斯福对他的回答十分满意。
巡视部队结束后，罗斯福拉着尼米兹、麦克阿瑟，三人照相留念，并对他俩说：“我们不绕过菲律宾，直接攻打菲律宾。”然后还对麦克阿瑟说，“你赢了，好好指挥，好好打好这一仗。”
麦克阿瑟受命后，匆匆返回澳大利亚，兴奋地告诉司令部的成员们，说总统支持了他的作战计划。然后命令作战参谋反复研究作战计划，对每个细节都作出了安排。