柔佛王国“联荷抗葡”
葡萄牙人出兵占领马六甲王国首都并灭掉该国后，被迫流亡在外的马六甲王国苏丹马哈茂德·沙阿率领军民辗转至马来半岛的巴莪（今马来西亚麻坡市的一个小镇）、柔佛（今马来西亚柔佛州，该州位于新加坡北面，与新加坡相邻）等地继续抗击葡萄牙殖民者，并渡过马六甲海峡在新加坡南面的廖内群岛的最大岛屿民丹岛（Bintan Island，今属印度尼西亚）建立了新都，疆域包括今新加坡岛和毗邻的印度尼西亚廖内群岛。在这里，苏丹马哈茂德·沙阿继续领导复国运动，从陆地和海洋上不断袭扰葡萄牙殖民者，让葡萄牙人吃尽了苦头。
1526年，恼羞成怒的葡萄牙殖民者派出了由佩德罗·马斯卡伦哈斯将军（Pedro Mascarenhaas）率领的强大舰队，从印度果阿出发前往民丹岛，攻击并摧毁了马哈茂德·沙阿的基地，马哈茂德·沙阿随后转移到甘巴（Kampar，又译甘帕，位于今印度尼西亚苏门答腊岛），并于两年后的1528年驾崩于此。同年，苏丹马哈茂德·沙阿的幼子阿拉乌德丁二世（Sultan Alauddin Riayat ShahⅡ）继任苏丹。1536年，阿拉乌德丁二世宣布放弃马六甲苏丹称号。1540年，阿拉乌德丁二世以旧柔佛为首都（现为马来西亚南部毗邻新加坡的一个重要港口，位于柔佛河中游），创建了“柔佛王国”（Kingdom ofJohore），中国明朝称之为“胡戎国”。也有历史学者认为马哈茂德·沙阿是柔佛王国的创始人。阿拉乌德丁二世继续领导军民抗击葡萄牙殖民者。1536年，他一度与葡萄牙人讲和，但双方很快再次反目。
柔佛王国从血统上讲，直接来自已灭亡的马六甲王国的苏丹，所以在一定程度上可以看作马六甲王国王统的延续。但它在很多方面又是一个全新的王朝，因此历史学界大多倾向于把它称作一个新的王国。柔佛王国建国后，即派遣“天猛公”对治下的新加坡实行统治。天猛公是马来苏丹国的一种高级官职，系苏丹宫廷侍卫、警察和军队统领的总称，位高权重。在苏丹委派的天猛公统治下，新加坡成为柔佛王国治下的一个重要地方政权。
柔佛王国建国后，一面继续与“灭国世仇”葡萄牙殖民者作战，一面开始与印度尼西亚苏门答腊岛崛起的亚齐王国交战，这段时期大约持续了一个世纪，因而这段时期在历史上又被称为“三角战争”或“三角交争”时期。关于亚齐人的祖先，有多种说法，最广为接受的一种是指其为占婆人的后裔，其故土占婆王国位于今越南的南部，1471年被越南后黎朝消灭后散落南洋各地，其中一支流散到今新加坡以南、印度尼西亚苏门答腊岛北部的亚齐并建立亚齐王国。总之，在此期间，柔佛王国、葡萄牙人和亚齐王国三方之间相互攻伐。1587年，葡萄牙人甚至攻占了柔佛王国的首都旧柔佛，柔佛王国被迫迁都至巴都沙哇。
然而情况很快有了变化，新殖民者的加入打破了原有的三角交争状态。17世纪初，随着欧洲资本主义经济的发展，新兴的荷兰资产阶级迅速崛起并垄断了东西方之间的航海贸易。从17世纪起，经过资产阶级革命而摆脱西班牙统治的荷兰，在短短几十年间就在发展上超过许多欧洲国家，成为“17世纪标准的资本主义国家”。波罗的海沿岸地区的粮食由荷兰运往地中海。德意志的酒类、法国的手工业品、西班牙的水果和殖民地产品由荷兰运往北欧。虽然荷兰是个面积仅4万多平方公里、自然资源匮乏的欧洲小国，但它在17世纪上半叶就拥有了1.6万艘商船，是法国、英国、西班牙和葡萄牙四国商船总吨位的3／4。荷兰人垄断了世界贸易，荷兰商人的足迹遍及五大洲，因而获得了“海上马车夫”的称号。
早在1619年，荷兰人就在今印度尼西亚的爪哇地区建立了第一个殖民据点巴达维亚（今印度尼西亚首都雅加达市），然后由爪哇向西侵入苏门答腊岛，向东从葡萄牙人手里夺取了香料群岛（今印度尼西亚马鲁古群岛），还相继侵占了马六甲和锡兰（今斯里兰卡）。在亚洲东部还一度侵入中国台湾地区，在日本九州岛的长崎取得了商业据点。1652年，荷兰在南非建立了好望角殖民地。在北美以哈得孙河流域为基础，建立了新尼德兰殖民地，并在河口夺取曼哈顿岛建立了新阿姆斯特丹。在南美洲，荷兰殖民者占领了安得列斯群岛中的一些岛屿。
在荷兰殖民势力侵入马来半岛这一时期，为争夺东南亚香料贸易的主导权，荷兰人与盘踞在此的葡萄牙人展开了激烈的争夺战。到17世纪中叶，这场为争夺东南亚香料贸易而展开的争夺已经达到白热化状态，双方为扩大各自的殖民势力范围均采取了一系列激烈的对抗措施。
17世纪中叶，柔佛王国苏丹阿勃都尔·者利，希望借助荷兰人的力量击败葡萄牙人，并收复马六甲城。1639年柔佛王国与荷兰签订了共同进攻马六甲城葡萄牙人的条约。1640—1641年，柔佛王国派出了由40艘舰船组成的舰队，它们同荷兰人的舰船组成联合舰队，打败了葡萄牙这个老对手，将盘踞在马六甲地区长达100多年的葡萄牙殖民势力彻底驱逐出了马来半岛，最终为马六甲王国报了灭国世仇。然而，荷兰人与柔佛王国联手的最终目标是将强劲的殖民对手逐出本地区，从而独占东南亚。此外，还有一个更加直接的目的，就是开采马六甲地区的锡矿。因此，在击败葡萄牙人后，虽然柔佛王国苏丹声称自己是马六甲的主人，但荷兰人并不承认柔佛王国对马六甲的主权，而是自行管理马六甲城。
17世纪悬挂红白蓝三色旗的荷兰舰船在马六甲海域频繁活动
柔佛王国和荷兰人也联合对亚齐王国展开了一系列战争，柔佛王国借机夺取了彭亨（今马来西亚的彭亨州），并在马根都希（今哥打）这个地方建立了新首都。随后，柔佛王国迎来了中兴，疆域一度涵盖了今马来西亚和新加坡两国大部分领土，成为控制马来半岛大部分地区（各地方拥有自己的马来人苏丹，但均臣服于柔佛苏丹），马六甲海峡以南廖内群岛和苏门答腊下辖望加锡、监篦、硕坡等地的广袤帝国。荷兰人也从亚齐王国获得渴望已久的利益。1639年，荷兰人最终迫使亚齐人签订协议，同意荷兰人在霹雳（今马来西亚霹雳州）开采锡矿。1641年，荷兰第一位驻马六甲总督要求霹雳地方的苏丹“停止同外国公司的一切贸易，必须把锡矿资源全部卖给荷兰的东印度公司”，这理所当然地遭到了霹雳地方苏丹的拒绝。荷兰舰队随即封锁了霹雳河口。1650年，荷兰人最终强迫亚齐签订了条约，规定荷兰东印度公司和亚齐王室分享霹雳锡业贸易，将其他国家全部排除在外。
面对西方殖民大潮的侵袭，柔佛王国的辉煌注定是短暂的。1673年，柔佛王国开始遭到位于今印度尼西亚苏门答腊岛上的一个新崛起的王国占卑王国的入侵，国势急转直下。1699年，柔佛王国苏丹被暗杀，王国政权落入天猛公阿布杜尔·者利·黎耶·沙阿（1699—1719年在位）之手，史称“首相王朝”，而柔佛王国延续自马六甲时代的王统也就此中断。
此后的柔佛王国虽名义上仍有苏丹，但实际上长期由首相统治，而历任首相也缺乏强有力的影响，从而导致王国所辖的各马来人土邦都拥有自己的苏丹和首相。这些地方割据势力各行其是，并不完全听从王国统一号令，成为今天马来西亚下属各州苏丹及地方政府的前身。
在此后的历届“首相王朝”期间，柔佛王国先后受到来自今印度尼西亚苏门答腊岛的锡克人和望加锡岛武吉斯人的入侵。其间，王国所辖的森美兰马来人土邦又宣布从王国脱离出去，而吉打、吉兰丹、丁家奴等土邦又相继沦为北方暹罗的被保护邦，真可谓“屋漏偏逢连夜雨”。
到1795年，柔佛王国的实际版图已经缩小到只剩下彭亨、柔佛和新加坡岛、廖内群岛的少数几个马来人土邦。当时的新加坡作为王国下辖的一个地方土邦，同其他地方一样，也有自己的苏丹和首相。而且更令人忧虑的是，包括新加坡在内的所有土邦虽名义上仍受王国苏丹、首相和土邦苏丹、首相统治，但实际上已逐渐沦为新殖民者——荷兰殖民者的势力区。柔佛王国联合荷兰人驱逐了有灭国世仇的葡萄牙人，却无奈成为新殖民者荷兰人的猎物，可谓“前门拒虎，后门迎狼”。
柔佛王国国祚的衰微是由诸多原因造成的。从内部来看，自身问题重重：政权涣散、王室不振；从外部看，既受到来自北方大陆的暹罗人和来自南方苏门答腊岛的锡克人、望加锡岛的武吉斯人的侵扰，又不断遭受外来新殖民者荷兰人的威逼利诱，除非做出巨大的改革，否则王国走向衰微是不可避免的。