英、荷争夺柔佛王国
如前所述，1641年新崛起的荷兰殖民者联合柔佛王国，从葡萄牙殖民者手中夺取了马六甲城，并将葡萄牙人赶出了马来半岛。然而，荷兰殖民东南亚的历史并不是从1641年才开始的。实际上，荷兰人很早就已染指东南亚地区，其殖民历史一直延续至击败葡萄牙人后的近200年。仔细探究起来，在1602年至1638年，荷兰人就已经开始接触柔佛苏丹，了解到柔佛王国与葡萄牙人的世仇之后，便开始试探与柔佛王国联手进攻盘踞在马六甲城的葡萄牙人的可能性。接下来，1639年至1700年，荷兰人成功地联合柔佛王国击败了马六甲城的葡萄牙人，然后独占马六甲城，并在随后的时间里重建该城，推动了马六甲海峡商业的繁盛。
然而，如前所述，荷兰人协助柔佛王国驱逐侵占马六甲的葡萄牙人并不是大发慈悲，而是为了独占东方贸易。事实上，在此后的一两百年时间里，柔佛王国（包括其所辖的新加坡地区）不可避免地沦为新来的荷兰殖民者的“囊中之物”，逐渐成为其垄断东方贸易、对东南亚进行殖民统治的基地。
这一时期，荷兰人扩张在东南亚殖民势力最主要的工具，就是著名的资产阶级政商军事集团——荷兰东印度公司。
17—18世纪，荷兰人所拥有的很多殖民资产都会被打上VOC的标记。其实，VOC就是荷兰文Verenigde Oostindische Compagnie的缩写，意思就是“联合东印度公司”，即著名的荷兰东印度公司。它是荷兰6个小商家于1602年3月20日联合成立的一家集政治、商业和军事功能于一体的大型集团公司，被荷兰政府赋予独立的政治、经济和军事决策权，可独自完成政治协定、签订商业合同、训练自己的军队、修建城堡并攻占港口。随着规模的扩大，该公司后期实际上已经成为一个富可敌国的“殖民巨兽”，它集庞大的人力、物力、财力与军力于一体，致力于拓展荷兰在印度以东的东南亚等地区的商业利益，而其决策很多时候只要由公司董事制定即可。
17世纪荷兰东印度公司的标志
荷兰人为什么要组建东印度公司。因为历史上荷兰人长期处于西班牙人的统治之下。经过近80年的艰苦斗争，直到1648年荷兰人才脱离西班牙王国的统治，获得完全独立。联合东印度公司就是在荷兰人反抗西班牙人的独立战争时期成立的。当时在争取民族独立的斗争中，荷兰人认识到，作为一个被压迫的弱小民族，要想打败强大的外来统治者，就要组建统一的联合阵线，只有这样才能在商业和政治上积累足够的实力对抗强大的敌人。基于这一原因，1602年3月20日荷兰东印度公司正式成立。公司成立后除了致力于争取民族独立，也很快被赋予了占领东方市场，为荷兰积蓄财富的使命，而当时印度以东包括马六甲、其他东南亚王国所辖地区的商业活动已经大多被葡萄牙人控制，因此荷兰东印度公司自然要与葡萄牙人展开激烈的经济和军事争夺。最终，在1641年，新兴的资产阶级殖民强国荷兰打败了旧式的欧洲王国葡萄牙，夺取了对东南亚贸易的控制权。
与此同时，比荷兰更加强大、羽翼日渐丰满的又一新兴殖民强国英国，也开始染指名义上仍属柔佛王国实为荷兰殖民势力范围的马来半岛（含新加坡地区）。1701年至1795年，荷兰人在马六甲城、新加坡岛附近海域的商业活动逐渐由盛转衰，荷兰东印度公司的经营状况也时好时坏。在此期间，英国武装商船就与当时穿行在马六甲海峡的荷兰人不断发生武装冲突。1786年，英国海军上校F.莱特奉英国东印度公司之命，前往马来半岛，利用当时吉打土邦的困境，迫使吉打苏丹将槟榔屿割让给了英国东印度公司，英国的殖民势力首次在马来半岛落地，并首度与控制该地区的荷兰人形成对峙局面。
1795年，英国以荷兰的海外殖民地被法国控制为借口，进攻马六甲城，在未遇抵抗的情况下占领了马六甲城，从而控制了整个马六甲海峡。1796年至1818年，荷兰人被迫将马六甲城交由新崛起的英国殖民者暂管；1819年至1824年，荷兰又短暂恢复了本国东印度公司对马六甲城的经营。但最终，荷兰人仍不敌新兴殖民强国英国的攻势，于1825年结束了对马六甲、新加坡地区的殖民统治，将殖民宗主权拱手让给了英国人。
在1795年占领马六甲城后，英国人曾竭力将贸易中心从马六甲城转移至槟榔屿（今马来西亚槟榔州，位于马六甲海峡西北出口、马来半岛西北侧），但由于槟榔屿地理位置过于偏西北，不便于建立控制马六甲海峡乃至整个东南亚的船舶修理站、海军基地和贸易中心，且不能控制通向中国的贸易航线，因此1800年英国又迫使吉打土邦苏丹割让槟榔屿对岸马来半岛上的大片土地，建立了所谓的威利斯省，旨在巩固槟榔屿的地位。1802年3月27日，英国同拿破仑统治下的法国及其盟国西班牙、巴达维亚共和国（荷兰）在法国北部城市亚眠签署《亚眠条约》。根据该条约，英国应将马六甲城归还给荷兰，但英国以与拿破仑的战争再次爆发为借口，直到1818年才将马六甲城归还给荷兰。
将马六甲城归还给荷兰之后，英国在东南亚“好不容易”获得的殖民据点丧失，英荷双方对马来半岛的殖民局面再次陷入僵持。1818年，为打破这一局面，曾在英属爪哇殖民地（今印度尼西亚爪哇）任副总督的托马斯·斯坦福·莱佛士爵士向英国驻印度总督W.黑斯廷斯勋爵提出一项战略计划，建议在马六甲海峡的南端开辟一个全新的殖民贸易中转站以控制整个马六甲海峡，并与荷兰控制的马六甲城形成对峙，进而实现在马来群岛永远取代荷兰的目标。
1819年1月29日，为寻找新基地而在马六甲海峡南端反复勘探的莱佛士登上新加坡岛，不禁大喜过望，发现脚下这片土地就是他计划中的“理想之地”。新加坡近代史上最重要的一幕——新加坡的开埠史就此揭开。
与荷兰一样，英国对殖民地的最初统治也是靠东印度公司，即英国东印度公司。英国东印度公司全称“不列颠东印度公司”（British East India Company，简称BEIC），初名“伦敦商人在东印度贸易的公司”（The Company of Merchants of London Trading into the East Indies），别称“约翰公司”（John Company）、“令人尊敬的公司”（The Honourable Company），1600年12月31日由英国女王伊丽莎白一世授予皇家特许状，准予在印度及其以东地区开展贸易，后扩展至全球。英国东印度公司在成立初期由1名总督和24名董事组成董事会，下辖10个委员会。后来随着业务的不断扩展，其影响力不断扩展，变成了英国海外殖民地的事实上的统治者，不仅有权占有土地、铸造货币、调遣军队、签订协议、发动战争和议和，甚至还可以建立自己的法律和税收体系，富可敌国，成为英国在资本主义发展早期进行资本原始积累和殖民开拓的主要工具之一。
英国东印度公司靠贸易起家，茶叶、丝绸、纺织品、硝石甚至鸦片等麻醉品都曾是它的经营商品，但随着这些商品交易的没落，它的发展也由盛转衰。特别是公司长期拥有宣战、铸币、征税、派遣官员等诸多特权，导致其拥权自重、日益腐败。其对殖民地人民的残酷统治激起当地人民经久不息的反抗，在英国内部也遭到质疑，最终英国政府不得不收回其特许权。1813年，英国东印度公司的垄断地位被打破，公司开始脱离贸易业务。1857年，公司将管理事务交由英国政府行使，政府开始直接出面委派官员对殖民地进行管理。19世纪60年代中期，公司大部分财产转交政府。1874年1月1日，《东印度公司股息救赎法案》生效，公司宣告解散。