建立海峡殖民地
1824年，英国对新加坡的殖民宗主地位进一步得到确立。当年3月，英国和荷兰这两大殖民强国签订了《英荷条约》。根据该条约，荷兰撤销了对英占马来亚及新加坡的所有主张，并将其在马来半岛和印度的所有基地都转让给英国。作为回报，英国人则同意将其在苏门答腊岛、廖内群岛（均属今印度尼西亚）的据点转让给荷兰。两大殖民主义国家最终通过谈判，决定以马六甲海峡为界，划出一条分界线，规定该界线以北为英属殖民地，以南为荷属殖民地。该条约在事实上削弱了柔佛王国的影响力，粗暴地将其一分为二：北部是由英国庇护的苏丹东姑胡先统治的马来半岛地区，含柔佛、新加坡等在内，此后均归属英国，南部是由荷兰庇护下的苏丹阿都拉曼·穆阿占沙统治的苏门答腊岛、廖内群岛，此后均划归荷兰。同年8月，被英国人庇护的柔佛王国苏丹东姑胡先及天猛公阿卜杜拉·拉赫曼与英国签订协议，同意将新加坡割让给英国。
1824年《英荷条约》的订定使英国完全获得了渴望已久的对马来半岛（含今西马来西亚和新加坡）的殖民宗主权，而荷兰则转而经营荷属东印度地区（含今印度尼西亚）。两大殖民国家经过激烈争夺后实现了新的划疆而治的格局。
不过，英国虽获得了马来半岛的殖民宗主权，但其认为自己对马六甲海峡这一重要贸易通道的控制仍不够。事实上，英国的殖民势力早在1785年即开始进入马来半岛，其下属的东印度公司曾向吉打土邦苏丹租借槟榔屿（华人称为槟城），随后获得槟城的统治权。随着1819年英国从柔佛苏丹手中夺取了新加坡的管治权，1824年英荷签订了条约，英国确定了对马来亚的统治权。为了更好地管理和控制分布在马六甲海峡沿岸、互不连接的新加坡（华人称为石叻埠）、马六甲城和槟城这三个殖民地，1826年英国殖民者将上述三个殖民地合组为“海峡殖民地”（Straits Settlements），统一划归英属印度殖民当局管辖，首府为槟城，华人通常将海峡殖民地称为“三州府”或“叻屿呷”，其中“叻”意为“石叻”或“叻埠”，系新加坡的简称，“屿”指槟榔屿，“呷”则指马六甲。
1832年，新加坡成为海峡殖民地的首府，但海峡殖民地仍隶属于英属印度殖民当局管辖。1867年4月1日，英国政府殖民地部正式接管海峡殖民地，并将其划入“皇冠殖民地”（Crown Colony，又译直辖殖民地、皇家殖民地），不再隶属英属印度殖民当局，而由位于伦敦的殖民地部直接管辖，总督驻守于新加坡。与此同时，印度洋上的圣诞岛和科科斯群岛也划归海峡殖民地管辖，海峡殖民地总督兼任英国驻马来半岛上一些国家和文莱这些英国保护国的高级专员。1874年1月20日，时任海峡殖民地总督安德鲁·克拉克（Andrew Clarke）与霹雳土邦苏丹以及当时的两大华人会党海山会和义兴会的领袖在英国军舰“冥王星号”上签订《邦咯条约》（又称《1874年邦咯协定》），英国获准将位于马六甲海峡中部偏北的天定港（Dinding，今属马来西亚）及其附近岛屿也纳入其海峡殖民地。1906年10月30日，位于北婆罗洲沙巴地方的纳闽港（Labuan，今属马来西亚）也被划归海峡殖民地。1946年，英属海峡殖民地正式解散。
与此同时，柔佛王国虽早已名存实亡，但英国殖民当局仍在不断加强对其控制。1885年，英国与柔佛王国签订条约，拥立摩哈拉惹为柔佛王国新苏丹，英国承诺保护柔佛王国，协助其抵御外来侵略，柔佛王国则允许英国殖民者派遣代理官驻扎当地，代理官控制了柔佛王国的行政权。1914年，英国与柔佛王国修订1885年条约，将派驻柔佛王国的代理官改称驻扎官，英人被允许担任柔佛王国的高官，控制了该国的行政、司法和财政大权。于是，以新加坡开埠为始点，整个柔佛王国（领土涵盖今马来西亚和新加坡大部）最终完全沦为英国殖民地。
叻币100元纸钞
（钞面正上方印有繁体汉字“叻屿呷国库银票”字样，1901年印制）
随着殖民统治的深入，新加坡港的吞吐量大增。1824年，出入新加坡港的商船仅有3 500吨，1865年已迅速升至153万吨，1930年更增至3353万吨。18世纪60年代蒸汽船发展以及1869年苏伊士运河凿通后，新加坡成为航行于东亚和欧洲之间船只的重要停泊港。18世纪70年代前后，当地橡胶种植业发展起来，新加坡成为全球主要的橡胶出口及加工基地。1873—1913年，当地贸易增长了8倍。转口贸易成为新加坡经济的主要特点，新加坡已超过马六甲城成为马六甲海峡首屈一指的世界港口。到19世纪中叶，在新加坡开设的英国大商行就有数十家，这些大商行还在新加坡开设炼锡厂和橡胶加工厂，将邻国的锡砂、橡胶等原料运来加工，然后输往欧美等地。1909年，贯穿马来半岛的铁路正式通车，更便利了新加坡的出口加工业发展。殖民者经新加坡从东南亚获得大量财富，新加坡因此一度被称为“大英帝国的东方宝石”。英国的殖民统治造成新加坡经济的畸形发展，当时的新加坡除有一些加工工业外，工农业均不发达，粮食和重要工业品几乎全靠进口。
叻币1元硬币
（印有英王爱德华七世肖像和繁体汉字“壹元”字样，1904年制）
这一时期新加坡使用被华人称为“叻币”的新加坡殖民地货币。其实，所谓“叻币”是早期新加坡华人对“叻屿呷国库银票”的简称，英语为Straits Dollar，即海峡殖民地货币，是新加坡所属英国海峡殖民地于1899—1939年发行并流通的货币。由于它的发行单位海峡殖民地政府又被华人称为叻屿呷政府，因而也被华人俗称作“叻币”。1940年，英国殖民政府发行了新的货币马来亚元，原来的叻币就被取消了，但华人有时仍沿用“叻币”来指当地的货币。
1914年第一次世界大战前后，英国确立了英属马来亚的势力范围。英属马来亚（British Malaya）成为当时大英帝国广阔的殖民地之一，包含海峡殖民地（1826年成立）、马来联邦（1895年成立）及5个马来属邦（1904至1909年英国取得对其殖民宗主权）。第二次世界大战后，这些殖民地先后合组为“马来亚联邦”和“马来亚联合邦”，直至1957年马来亚联合邦获得独立。新加坡又于1965年从“马来亚联合邦”中独立。
英属马来亚的旗帜