因为大多数染料是有机分子，特别是在水溶液中，这是细菌和真菌生长的良好的培养基，细菌和真菌的繁殖会引起孔堵塞。为了防止其生长，应该添加杀菌剂到墨水中。杀菌剂的选择是由日益增长的生物物种决定的。理论上，杀菌剂应该是非常有效而且具有广泛抗菌种类/抗菌活性。常用的杀菌剂是1，2-苯并异噻唑-3-酮和2，6-二甲基-间-二恶烷-4-醇乙酸酯。杀菌剂通常与水性墨水有关，添加量少，质量分数为0.1%～0.5%[17]。
