（二）经营所得
个体工商户业主、个人独资企业投资者、合伙企业个人合伙人以及从事其他生产、经营活动的个人，以其每一纳税年度来源于个体工商户、个人独资企业、合伙企业以及其他生产、经营活动的所得，减除费用6万元、专项扣除以及依法确定的其他扣除后的余额，为应纳税所得额。
1.个体工商户经营所得查账征收个人所得税的计算
个体工商户的生产、经营所得，以每一纳税年度的收入总额，减除成本、费用、税金、损失、其他支出以及允许弥补的以前年度亏损后的余额，为应纳税所得额。
应纳个人所得税=应纳税所得额×税率-速算扣除数
（1）成本是指个体工商户在生产经营活动中发生的销售成本、销货成本、业务支出以及其他耗费。
（2）费用是指个体工商户在生产经营活动中发生的销售费用、管理费用和财务费用，已经计入成本的有关费用除外。
（3）税金是指个体工商户在生产经营活动中发生的除个人所得税和允许抵扣的增值税以外的各项税金及其附加。
（4）损失是指个体工商户在生产经营活动中发生的固定资产和存货的盘亏、毁损、报废损失，转让财产损失，坏账损失，自然灾害等不可抗力因素造成的损失以及其他损失。个体工商户发生的损失，减除责任人赔偿和保险赔款后的余额，参照财政部、国家税务总局有关企业资产损失税前扣除的规定扣除。
（5）其他支出是指除成本、费用、税金、损失外，个体工商户在生产经营活动中发生的与生产经营活动有关的、合理的支出。
（6）允许弥补的以前年度亏损，是指个体工商户依照规定计算的应纳税所得额小于零的数额。
2.扣除项目的具体规定
（1）个体工商户生产经营活动中，应当分别核算生产经营费用和个人、家庭费用。对于生产经营与个人、家庭生活混用难以分清的费用，其40％视为与生产经营有关的费用，准予扣除。
（2）个体工商户纳税年度发生的亏损，准予向以后年度结转，用以后年度的生产经营所得弥补，但结转年限最长不得超过5年。
（3）个体工商户实际支付给从业人员合理的工资薪金支出，准予扣除。个体工商户业主的工资薪金支出不得税前扣除。
（4）个体工商户按照国务院有关主管部门或者省级人民政府规定的范围和标准为其业主和从业人员缴纳的基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、生育保险费、工伤保险费和住房公积金，准予扣除。参加财产保险的，按照规定缴纳的保险费，准予扣除。
（5）个体工商户在生产经营活动中发生的合理的不需要资本化的借款费用，准予扣除。
（6）个体工商户在生产经营活动中发生的下列利息支出，准予扣除：①向金融企业借款的利息支出；②向非金融企业和个人借款的利息支出，不超过按照金融企业同期同类贷款利率计算的数额的部分。
（7）个体工商户向当地工会组织拨缴的工会经费、实际发生的职工福利费支出、职工教育经费支出分别在工资薪金总额的2％、14％、2.5％的标准内据实扣除。
（8）个体工商户发生的与生产经营活动有关的业务招待费，按照实际发生额的60％扣除，但最高不得超过当年销售（营业）收入的5‰。
（9）个体工商户每一纳税年度发生的与其生产经营活动直接相关的广告费和业务宣传费不超过当年销售（营业）收入15％的部分，可以据实扣除；超过部分，准予在以后纳税年度结转扣除。
（10）个体工商户发生的合理的劳动保护支出，准予扣除。
3.不得扣除的项目
（1）个人所得税税款及代其从业人员或者他人负担的税款。
（2）税收滞纳金。
（3）罚金、罚款和被没收财物的损失。
（4）不符合扣除规定的捐赠支出。
（5）赞助支出。
（6）用于个人和家庭的支出。
（7）与取得生产经营收入无关的其他支出。
（8）国家税务总局规定不准扣除的支出。
查账征收的个人独资和合伙企业的扣除项目依照《个体工商户个人所得税计税办法》的规定确定。
个人独资企业的投资者以全部生产经营所得为应纳税所得额。合伙企业的投资者按照合伙企业的全部生产经营所得和合伙协议约定的分配比例确定应纳税所得额，合伙协议没有约定分配比例的，以全部生产经营所得和合伙人数量平均计算每个投资者的应纳税所得额。生产经营所得，包括企业分配给投资者个人的所得和企业当年留存的所得（利润）。
投资者兴办两个或两个以上企业的，其投资者个人费用扣除标准由投资者选择在其中一个企业的生产经营所得中扣除。