南海支队与巴布亚半岛作战
大本营与总军极少直辖作战部队，实际发生的大本营与总军直辖作战部队可能是暂未分派任务待命，或者是因部队隶属、指挥关系变更但不能立即生效。如1941年8月第4师团调上海直属大本营待命，次年3月调第14军参加攻打巴丹半岛。1945年6月华南战场6个师团调往华东地区列为中国派遣军直辖，这6个师团从第11、23军序列解除后短时间不能到达指定位置，至日本投降时都还在途中。但南海支队是真正的直属大本营，因为南海支队前往作战的地区并没有上级司令部。
1941年11月6日发布南方作战部队序列，其中南海支队由第55师团部队编成：第55步兵群司令部、步兵第144联队、山炮兵第55联队1个大队、工兵第15联队1个中队（在新几内亚作战期间又加强配属步兵第41联队、独立工兵第15联队），支队长堀井富太郎少将（原第55师团步兵群长），小小的南海支队由大本营直接指挥。12月1日大本营分别下达给南方军总司令《大陆命第569号》、中国派遣军总司令《大陆命第572号》、联合舰队司令长官《大海令第9号》、南海支队长《大陆命第570号》正式作战命令，南海支队将首先攻占关岛、尔后以关岛为基地进攻俾斯麦群岛。
1941年11月底南海支队集结于小笠原群岛母岛，12月10日攻占1500公里外的关岛。1942年1月下旬南海支队再越洋2000公里攻打新不列颠岛首府拉包尔，澳大利亚守军不敌而投降。在第17军司令部7月到达新不列颠岛之前，堀井富太郎就是外南洋陆军最高指挥官，一直受命于大本营。日军以拉包尔为基地，下一步目标东南方向是所罗门群岛、西南方向是新几内亚岛，全面切断美国、澳大利亚联系。
新几内亚岛面积78.5万平方公里，东、西2000公里，内陆高山连绵，只在沿海有断续的开发之地。以东经141度为界，岛西部为荷属领地，东部曾分别为英属、德属，1920年起统归澳大利亚管辖。新几内亚岛形似一只头朝西的大鸟，大鸟的尾巴是400公里长的巴布亚半岛。半岛北岸临所罗门海，南岸珊瑚海，东北越过100公里宽的勇士号海峡便是新不列颠岛，东去1000公里是瓜达卡纳尔岛。巴布亚半岛南海岸重要城市莫尔兹比港到澳大利亚北端约克角仅500公里。日军若控制莫尔兹比港，既可向东南瞰制夏威夷与澳洲之间的海上交通线，也可伺机攻击澳大利亚本土。
图11-1 新几内亚岛东部的巴布亚半岛，南海支队从新不列颠岛拉包尔出发到巴布亚半岛北岸布纳、吉尔哇登陆点航程约700公里（引自《大东亚战争全史》）
日军大本营2月2日下达攻占莫尔兹比的命令（MO作战），南海支队担任陆路行动。3月初日军占领巴布亚半岛西北海岸的重镇莱城和以南的萨拉莫阿小镇，即为进攻莫港的先期作战。由于原在此处作战的南云忠一第1航空舰队西调小巽他群岛海域，对莫港的进攻行动被拖延了，4月底海军才将第5航空战队（辖瑞鹤、翔鹤号航母）与第5战队抽调回东线，并将祥凤号航母配属第4舰队。5月4日日军发起攻占莫尔兹比作战，指挥官是坐镇拉包尔的第4舰队司令井上成美，担任掩护的主力舰队自特鲁克基地南下，运载南海支队的船队自拉包尔向莫尔兹比进发。然而，本应是MO作战却以珊瑚海海战闻名于世——5月7、8日爆发了史上首次航空母舰对决战，日军祥凤号航母与美军列克星敦号航母沉没。珊瑚海海战本身日军未败，但从海上登陆莫尔兹比港的企图却告终结。
大本营决心重整旗鼓，5月18日组建第17军、百武晴吉中将任司令，下辖南海支队、川口支队、一木支队、青叶支队等部约13个步兵大队。第17军更加宏大的目标是协同海军执行进攻萨摩亚群岛、斐济群岛和新喀里多尼亚岛的F.S计划（MO作战包括在内），要从拉包尔再前出2000—4000公里。此时又因中途岛海战失利F.S.计划推迟，于是回头再搞修订版MO作战。百武晴吉司令部尚在菲律宾达沃，计划南海支队加强配属步兵第41联队（矢泽清美，原属第5师团，曾以河村支队番号增援菲律宾作战）、独立工兵第15联队、独立高射炮第47大队、高砂义勇队等实施在巴布亚半岛北岸登陆，通过科科达小径向南攻占莫尔兹比。科科达小径始自奥因斯坦列山脉北麓，翻越山脉100多公里可到达半岛南岸的莫尔兹比港近郊。通行科科达小径绝非易事，地形险峻、气候恶劣，加以有澳军沿途的抵抗。
第17军同时令川口支队配合海军陆战队攻占半岛东端米龙湾附近的萨马赖，建立海空基地，与南海支队南北夹攻莫尔兹比。川口支队以第18师团第124联队为基干组建，开战初攻占北婆罗洲，3月增援菲律宾作战。支队长川口清健，陆士26期、陆大34期，原任步兵第35旅团长。川口清健后因反对大本营特派参谋辻政信被免职，1943年入预备役，1945年3月征召任对马要塞司令。
第17军在西线挑战麦克阿瑟的西南太平洋战区，还要在东线挑战尼米兹的太平洋战区：夺回瓜岛的作战交给了刚由关岛调来的一木支队（以第7师团第28联队为基干，支队长一木清直，陆士28期，七七事变时驻丰台步兵第3大队长）。余下青叶支队（以第2师团第4联队为基干，支队长那须弓雄）担任第17军预备队。(https://www.daowen.com)
在海军方面，大本营于7月14日新编第8舰队专用于外南洋作战，司令为三川军一中将，辖重巡洋舰4艘、轻巡洋舰3艘及若干陆战队和工程部队。驻拉包尔的第11航空舰队第25航空战队提供空中支援，有各型飞机70余架。
7月21日南海支队先遣队在巴布亚半岛北岸登陆，29日攻下澳军防守的科科达机场，8月中旬支队主力包括配属的步兵第41联队8000多人抵达布纳，还有海军的陆战队、设营队4000人。南海支队强行从科科达小径翻越海拔2000多米的奥因斯坦列岭，丛林荆棘、崎岖小道使补给与装备难以随行，饥饿、恶劣气候、传染病造成人员伤亡。9月5日支队主力登顶，16日进抵莫尔兹比港东北40公里处。
但此期间日军在所罗门方向的麻烦大了，8月21日一木支队在瓜岛全军覆没，第17军将川口支队转用瓜岛。接替川口支队担任米龙湾作战的青叶支队尚在菲律宾达沃，8月25日海军独自发动米龙湾登陆战失利撤回拉包尔，从南岸进逼莫尔兹比已属不可能。
第17军捉襟见肘，决定先顾瓜岛、推迟进攻莫尔兹比港。起初命南海支队坚守既有阵线等待后续部队跟进。后因预定支援南海支队的青叶支队、第2师团主力又被相继投入瓜岛战场。南海支队在美澳军打击下难以守住奥因斯坦列岭阵地，9月23日第17军再命南海支队退至山岭北麓科科达，但要确保以后的进攻据点。26日南海支队全部退至北麓、保留巴布亚半岛北岸阵地以待将来。但美军不依不饶，麦克阿瑟决心围歼巴布亚半岛之敌以彻底解除对莫尔兹比港之威胁，决战即将在巴布亚半岛北部展开。
瓜岛战局让百武晴吉困顿不已，10月中旬亲率第17军司令部进驻瓜岛，大本营11月9日再组建第18军（司令安达二十三中将）专门经略东部新几内亚，第17、第18军由新组建第8方面军（司令今村均中将）统一指挥。
10月下旬退下奥因斯坦列岭的日军在科科达、奥依比构筑阵地，美、澳军攻击迅速11月10日夺取了奥依比阵地。日军继续北退在戈纳、萨纳南达、布纳一线16公里海岸上建立滩头阵地，布纳地区的日军部队包括南海支队（含独立工兵第15联队、步兵第41联队3大队）及海军陆战队、工程部队约7000人。11月23日堀井富太郎在行进途中溺水身亡，独立工兵第15联队长横山与助大佐临时担任这支部队的指挥官，12月14日澳军第7师、美军第32师分别攻占戈纳、布纳，22日合围萨纳南达日军据点。
12月20日新任南海支队长小田健作少将（原丰桥陆军预备士官学校校长，陆士23期）到达现地，新任步兵第144联队长山本重省带来补充兵员，第18军又加派独立混成第21旅团增援布纳。增援日军受盟军空袭阻挠，只有山县栗花生旅团长以下约1300人到达战场。
孤立无援、补给断绝的日军于1943年1月13日突围退向萨拉莫阿、莱城，第18军派冈部支队（第51师团一部）由莱城前进到库牟希河口地区接应。1月22日萨纳南达日军被歼灭，南海支队长小田健作21日自杀。
第18军全力以赴加强莱城和萨拉摩阿防务，遏止盟军进攻势头。第41、51师团等部队相继调至东部新几内亚，残破不堪的独立混成第21旅团、南海支队于6月前离开新几内亚。步兵第144联队生还者200人（出动时3500人）归建正在缅甸若开作战的第55师团，步兵第41联队在朝鲜编入新组建的第30师团，独立混成第21旅团6月12日撤销。东部新几内亚以后的战事沿半岛北岸逐渐向西转移，离第8方面军越来越远，1944年3月第18军改隶澳北第2方面军，韦瓦克高山密林是第18军最后归宿地。
科科达小径作战在澳大利亚享有极高知名度，成为澳军对日作战胜利的象征。在今天的巴布亚新几内亚独立国地图上，标有由波蓬德塔经过科科达到莫尔兹比港的道路，但并非当年的科科达小路。莱城以南的萨拉莫阿仍是不起眼的小地方，当年的荒凉可想而知。