1944年菲律宾绝地之战
1944年马里亚纳作战后期，日本绝对国防圈眼看不保，菲律宾形势骤然紧张，大本营忙不迭调兵遣将。第14军升格为第14方面军，在宿务岛新设第35军指挥南菲律宾部队，刚从独立守备队改编的独立混成第30—33旅团再扩编为第100、102、103、105师团。长期驻防吕宋岛的第16师团移往莱特岛编入第35军，抽调关东军第8师团与战车第2师团、中国派遣军第26师团、本土独立混成第58旅团加强吕宋岛防务，抽调朝鲜军第30师团驻防棉兰老岛，又将海军西南方面舰队司令部自爪哇泗水调马尼拉。
7月22日东条英机下台，陆军人事大范围异动，但陆军中央之门仍然没有向山下奉文敞开。9月22日，大本营以《大陆命第1335号》部署菲律宾决战，并以山下奉文任第14方面军司令、取代没有大战经历的黑田重德。28日山下奉文回到东京领受任务，这是太平洋开战以来山下奉文第一次有回国机会，并获准觐见天皇。
东京一星期后，山下奉文到达马尼拉视事，此时离美军登陆只有半个月时间了。第14方面军共有23万人：吕宋岛第8、26、103、105师团，战车第2师团，独立混成第58旅团共13万人；第35军10万人包括莱特岛第16师团，班乃岛第102师团（后移内格罗斯岛、宿务岛），棉兰老岛第30、100师团及独立混成第54旅团，和乐岛独立混成第55旅团。
菲律宾群岛的其它部队有陆军第4航空军（主力第4飞行师团）6万人、第3船舶司令部约4万人，海军第1航空舰队（第26航空战队）、第2航空舰队（高雄）计6.5万人，西南方面舰队、第3南遣舰队（辖第31、32、33特别根据地队及第33警备队等）约12—16万人。山下奉文曾向大本营代表、参谋本部作战部长宫崎周一力陈“请冒渎圣颜，奏准陆、海军的统一指挥”。12月底第4航空军等交由山下奉文指挥，总算争得陆军系统的统一指挥。但在马尼拉激战期间，第4航空军司令富永恭次借口患病飞往台湾，在没有获得确切命令情况下自行决定军司令部移驻台湾。富永恭次因敌前逃亡事件被免职退入预备役，2月第4航空军即被解散（富永恭次1945年7月被征召赴满洲任第139师团长，结果在西伯利亚服劳役10年。富永恭次历任参谋本部作战部长、陆军省人事局长、陆军次官兼人事局长，被讥为“东条的裤腰带”。1944年东条英机下台后，长期坐机关的富永恭次到马尼拉就任第4航空军司令，是陆军空中特攻开创人。）
海军仍没有交出指挥权，以致发生驻马尼拉海军单干事件。7月山下奉文司令部撤到最后一个地点时，西南方面舰队司令部驻在土坎，7月3日以西南方面舰队参谋副长岛本久五郎海军少将兼任第14方面军参谋副长的方式将陆海军两个司令部联系起来。
山下奉文临危受命，大本营再增调关东军第1、10、23师团与朝鲜军第19师团，陆军唯一的空降部队第1挺进集团从本土调至吕宋岛（初隶属第4航空军），又调台湾军第68旅团至莱特岛，增调兵力总数估计10万人。现在的第14方面军序列有12个师团、3个独立混成旅团以及战车第2师团、第1挺进集团、第4飞行师团、第68旅团近40万人，菲律宾群岛海军约15—20万。
南方军7月底拟订的菲律宾作战计划预定在马尼拉组织与美军的决战，莱特岛、棉兰老岛作为海、空兵力的支撑点。但实际上首战却在莱特岛爆发，麦克阿瑟为什么首先攻打莱特岛？美军当然要在吕宋岛外围获得跳板，莱特岛、棉兰老岛或其南部海域的塔劳群岛曾被考虑。据报哈尔西舰队一名被击落的飞行员听搭救他的菲律宾人说莱特岛没有日军，于是美军参谋长联席会议决定先打莱特岛。10月初，美军首攻莱特岛意图渐显，10月12—15日爆发台湾海面航空战，日本海军谎报军情称“击沉航母11艘、击伤航母8艘、击沉战列舰4艘”，大本营、南方军认为美国海空力量已被消灭，下令加强莱特岛将美军歼灭在登陆场、挡在吕宋岛外。美军的情报错误与日军的情报错误交汇起来的结果就是爆发莱特岛大战，对美军幸运的是莱特湾海战彻底埋葬了日本海军主力舰队、莱特岛地面作战消灭了8万日本陆军。
10月20日美军克鲁格第6集团军登陆莱特岛东岸塔克洛班至杜拉格一线，第10军第1骑兵师、第24步兵师在北，第24军第7、96步兵师在南。山下奉文加派第1、26师团，第8师团第5联队，第102师团一部从莱特岛西岸奥莫克湾上岸增援。其中第1师团第57联队在利蒙高地与美军第1骑兵师、第24师恶战50天。
日本海军不惜以航母舰队为诱饵引开美军登陆掩护舰队，企图一举歼灭莱特岛滩头美军登陆部队。10月23—26日爆发莱特湾大海战，日本海军损失了航空母舰4艘、战列舰3艘、巡洋舰10艘、驱逐舰9艘、潜艇7艘，菲律宾群岛日军逐渐失去海空支援。(https://www.daowen.com)
山下发现海军战报有误，力主收缩兵力、停止莱特岛作战。第14方面军参谋副长、参谋长11月6—9日多次向南方军提出请求，但总司令寺内寿一坚持执行大本营命令。
12月7日克鲁格调第77步兵师登陆莱特岛西岸奥莫克湾以东西对进，莱特岛战况急转直下。12月15日美军又在吕宋岛南部邻接的民都洛岛登陆，构筑进攻吕宋岛的航空基地，莱特岛已无防守价值。山下奉文认为必须立即停止莱特岛作战、撤出第35军部队。参谋本部作战部长宫崎周一22日专程赴马尼拉视察，此时寺内寿一早已率南方军总司令部跑到西贡去了，特派总参谋长饭村穰来此与宫崎周一、山下奉文会商。大本营、南方军除了认可山下奉文的意见别无他法，饭村穰也就此离开南方军总司令部，调任澳北第2方面军司令。
事实上，25日莱特岛日军大规模抵抗就已结束，麦克阿瑟将剩余作战任务交给艾克尔伯格中将，留置部队改称第8集团军。至1945年1月中旬，莱特岛日军第1、102师团残部撤出莱特岛至宿务岛，剩余退缩山区的有千余人，3月17日第35军司令部逃往宿务岛。
美军占领莱特岛后，山下奉文将吕宋岛近30万人编成三个集团。以方面军主力15万人编成尚武集团防守北吕宋地区，以第23师团、独立混成第58旅团的兵力在林加延湾沿岸组织防御。以第1挺进集团、第10师团一个联队等部3万人编成建武集团守卫中吕宋克拉克机场以西地区。以第8师团105师团等部10万人编成振武集团，扼守马尼拉以东地区，马尼拉被宣布为不设防城市。山下奉文判断美军从民都洛岛方向进攻吕宋岛，预定方案是在山区构筑可长期坚守的据点，尽量牵制、消耗美军以推迟日本本土作战，1945年1月3日第14方面军司令部转移到吕宋岛中西部的碧瑶。
麦克阿瑟的作战计划规定首先占领马尼拉，再解决巴丹、科雷吉多尔以报当年一箭之仇，这恰与山下奉文退守东北部计划不谋而合，只是日本海军不听山下奉文的，带动部分陆军部队在马尼拉打了一场恶战，数万平民死于马尼拉废墟。马尼拉湾的强大防御体系使美军不能选择直接进攻方式，而是南北两路合击马尼拉。1月9日，克鲁格第6集团军20万人在吕宋岛西北岸林加延湾登陆，左翼第1军第6、43步兵师一部进攻山区尚武集团，主力右翼第14军第37、40步兵师南下攻击。日军第23师团在林加延湾沿岸防御消耗殆尽，战车第3旅团长重见伊三雄战死。1月15日，麦克阿瑟增派艾克尔伯格指挥美军第11军两个师在马尼拉周边圣安东尼奥八打雁登陆、第11空降师在纳苏格布登陆对马尼拉形成夹击态势。1月底美军攻占克拉克进逼马尼拉。2月3日，美军第1骑兵师、第37步兵师从北面，第11空降师从南面进攻马尼拉市区，双方在马尼拉展开4个星期的巷战。2月27日美军占领马尼拉，随即开始巴丹、科雷吉多尔作战。3月以后第6集团军清剿分布在山区的日军主力部队，抽出美第8集团军先后夺取菲律宾南部的巴拉望、棉兰老、班乃、内格罗斯等岛屿。4月27日美军占领碧瑶市，6月美军进入卡加延河谷，打通阿帕里至碧瑶和圣何塞的道路。山下奉文逐次转到东北方向班邦、开延干、卡加延河谷巴克丹，7月进入海拔1500米的山区，尚武集团余部对美军和菲律宾游击队的零星作战持续到终战。
9月2日山下奉文走出深山，3日在碧瑶的高级专员别墅里正式签字投降。7日第35军投降，8日振武集团投降。
关于菲律宾作战日军死亡人数历来说法不一，日军从1944年7月起向菲律宾群岛陆续增兵，海运过程中就有损失。前已分析第14方面军近40万，陆海军合计55—60万，是理论上的最高数字。《日本陆海军事典》统计日军在菲律宾战死陆军36.87万人、海军11.79万人，共48.66万人。毫无疑问，菲律宾作战日军死亡人数是战争期间日军战死总数212万的大头。日本战败后在菲律宾投降日本陆军97300人、海军36151人共13.34万，则战死与投降合计62万，可能有部分海军海战损失人数未包括在48.66万人内。
莱特岛日军损失情况应当较准确：第35军直辖部队10932人，第1师团13542人，第16师团18608人（第16师团一直驻防菲律宾，兵员足额），第26师团13778人，第68旅团6392人，第102师团司令部及一部3142人，其它有第8师团步兵第5联队（高阶於菟雄支队）、第30师团第41联队、海军第33特别根据地队下辖第36警备队（竹下宣丰，海兵48期）共17612人，总计约8.4万（各部队人数包括海运途中战死者）。战败时在山区的各部投降者均在千人以下，战死者超过8万，战死率超过95%。麦克阿瑟传记的说法是日军在莱特岛地面损失5万多，死于海运、海战4万多。