第1—9舰队（F）
第1舰队：1903年组建，日俄战争以来为联合舰队主力，向由联合舰队司令兼任，1929年首支航母编队第1航空战队即编入第1舰队。1941年8月始取消联合舰队司令兼任制，第1舰队原辖第1、2战队分出第2战队给第2舰队，又分出航母编队给新组建的第1航空舰队，分出潜水战队给新组建的第6舰队。1941年12月第1舰队辖战列舰第2、3战队（第1战队在联合舰队主队），巡洋舰第9战队，第1、3水雷战队，第3航空战队。第1舰队战绩甚少，袭击珍珠港时派出第3战队担任掩护，中途岛作战时虽出动但离战场数百公里。第1舰队负有训练与整顿任务，所辖部队逐渐抽出，1944年1月仅有第2战队、第11水雷战队（新造驱逐舰编练部队），2月25日撤销番号。历任司令永野修身（1937.2兼）、吉田善吾（1937.12兼）、山本五十六（1939.8兼）、高须四郎（1941.8）、清水光美（1942.7）、南云忠一（1943.10）。
第2舰队（Ⅱ）：1903年初设，1921年撤销，1922年12月再建。以巡洋舰为主力担任大洋机动作战，其第8战队参加珍珠港袭击。太平洋战争开战时辖重巡洋舰第4、5、7、8战队，第2、4水雷战队。作为南方部队主队担任陆军西南方向作战支援，参加爪哇海海战，进入爪哇岛南印度洋作战。1942年8月从本土南下驻特鲁克岛，参加第2次所罗门作战、南太平洋作战、第3次所罗门作战。1943年在东南方面舰队序列参加克伦班哥拉岛作战、奥古斯塔皇后湾作战、布干维尔岛抗登陆支援作战。东南方向大规模海战结束后移师西南太平洋。1944年3月编入第1机动舰队，6月参加马里亚纳作战。10月第2舰队从南洋林加基地、第1机动舰队主力第3舰队从本土出发会战莱特湾，失败后退回本土。1945年4月7日第2舰队大和号战列舰发动对冲绳岛海域美军舰队特攻，大和号沉没、舰队司令伊藤整一战亡，第2舰队即此撤销。历任司令吉田善吾（1936.12）、岛田繁太郎（1937.12）、丰田副武（1938.11）、古贺峰一（1939.10）、近藤信竹（1941.9）、栗田健男（1943.8）、伊藤整一（1944.12）。
第3舰队（Ⅳ）：日俄战争时即有第3舰队，后多有废存，1932年第4次再建。七七事变后投入淞沪作战，10月编入中国方面舰队，1939年11月改编为第1遣华舰队，司令长谷川清（1936.12）、及川古志郎（1938.4）。
第3舰队（Ⅴ）：1941年4月另建，司令高桥伊望。太平洋战争开战即参加菲律宾、帕劳群岛、爪哇岛、婆罗洲岛支援作战。1942年4月改编为第2南遣舰队驻爪哇，下辖第21、22、32根据地队分驻泗水、巴厘巴板、达沃，并以其为基干组建西南方面舰队。
第3舰队（Ⅵ）：1942年7月再建第3舰队，实行航母与水面舰艇混合编组，是最强大的作战舰队，整编后的航母第1、2航空战队一直隶属第3舰队，还有从第3战队抽出雾岛、比睿号战列舰组建的第11战队，重巡洋舰第7、8战队，轻巡洋舰与驱逐舰第10战队。8月从本土南下所罗门地区，参加第2次所罗门航母大战（东所罗门群岛海战）、南太平洋航母大战（圣克鲁斯海战）、第3次所罗门海战，雾岛、比睿号战列舰在第3次所罗门海战沉没。1944年3月以第3舰队司令部兼第1机动舰队，6月参加马里亚纳作战，损失3艘航母。10月莱特湾作战在吕宋岛恩加诺角海域遭美军哈尔西舰队打击，又损失4艘航母，11月撤销。历任司令南云忠一、小泽治三郎（1942.11）。
第4舰队（Ⅱ）：1905年日俄战争时即有第4舰队，战后撤销。1937年10月淞沪作战期间从第3舰队分组第4舰队，同属中国方面舰队，1939年11月改称第3遣华舰队，历任司令丰田副武、日比野正治（1938.11）。
第4舰队（Ⅲ）：原第4舰队改称第3遣华舰队的同时第3次组建第4舰队，担当南洋诸岛基地建设、防卫，1940年11月编入联合舰队，历任司令片桐英吉、高须四郎（1940.11）、井上成美（1941.8）、鲛岛具重（1942.10）、小林仁（1943.4）、原忠一（1944.2）。1941年7月即常驻于南洋，太平洋战争开战攻占吉尔伯特群岛、威克岛，与陆军南海支队协同攻占关岛、新不列颠岛，尔后即以特鲁克岛为基地担任南太平洋作战。1942年初编入原忠一第5航空战队（翔鹤、瑞鹤号航母），与第5战队组成MO作战（攻占莫尔斯比港）机动部队，5月7、8日爆发史上首次航母大战——珊瑚海海战。1942年7月新建第8舰队用于外南洋作战，第4舰队专担负内南洋作战，统辖马里亚纳群岛、马绍尔群岛、加罗林群岛海军部队。马里亚纳海战后中太平洋岛屿与日本本土的海上运输几近中断，第4舰队处于孤立无援状态，但名义上还是直属联合舰队。(https://www.daowen.com)
第5舰队（Ⅰ）：1938年2月组建投入侵华作战，参加大亚湾登陆、海南岛攻略作战。1939年10月桂南作战掩护第5师团登陆钦州湾，11月改编为第2遣华舰队，历任司令盐泽幸一、近藤信竹（1938.12）、高须四郎（1939.9）。
第5舰队（Ⅱ）：1941年7月大本营决定对苏作战准备，陆军实施“关特演”，海军再建第5舰队配合行动。此后第5舰队长期留置北方海域，历任司令细萱戊子郎、河濑四郎（1943.4）、志摩清英（1944.2）。中途岛作战时进攻阿留申群岛。1943年3月26日细萱戊子郎率舰队增援阿图岛发生科曼多尔群岛海战，遭受失败而免职。8月与第12航空舰队同属东北方面舰队。1944年10月第5舰队作为第2游击部队从本土南下参加莱特湾作战，失败后即留驻南洋改隶西南方面舰队，次年2月再改隶第10方面舰队，不久撤销。
第6舰队：1940年11月组建的潜水艇专门编队，历任司令平田升、清水光美（1941.7）、小松辉久（1942.3）、高木武雄（1943.6）、三轮茂义（1944.7）、醍醐忠重（1945.5）。第6舰队直属联合舰队，先后以练习巡洋舰香取号、潜水母舰筑紫号为旗舰。初期以马来槟榔岛为基地参加印度洋作战，炮击悉尼市区，所罗门作战时曾前出新喀里多尼亚岛海域。第6舰队在夸贾林环礁设重要基地，1944年后相继迁驻塞班岛、吴港。日军潜艇部队庞大但战绩平平，1942年9月15日伊—19号潜艇在俾斯麦海重创美军航母黄蜂号（后自沉），1943年11月24日吉尔伯特群岛作战期间伊—175号在马金岛海域击沉美军护航航母利斯康姆湾号，1945年7月29日伊—58号在莱特岛海域击沉刚卸下原子弹返航的印第安纳波利斯号重巡洋舰。另外，中途岛作战时美军约克城号航母、萨沃海战时朱诺号轻巡洋舰均已遭重创，后被日军潜艇击沉。在破交战方面，日军潜艇仅击沉100万吨商船，远不及德军的1450万吨，也落后于美军、英军的战绩。
战后被东京国际军事法庭与各国处死的日本战犯中，军级以上指挥官有陆军方面军司令5人、军司令7人，但海军仅有第6舰队司令醍醐忠重1人。1943年11月醍醐忠重任婆罗洲巴厘巴板第22特别根据地队司令近一年，1944年7月当地发生坤甸事件：西婆罗洲日军当局声称发现一起反日叛乱阴谋，相关人员被捕遭杀害。1947年醍醐忠重与后任鎌田道章被荷兰军事法庭判处死刑。醍醐忠重9岁继承侯爵爵位，海兵40期毕业、无海大学历。早期担任过炮术、鱼雷，潜艇学校教官、潜艇艇长、潜水队司令。战时任第5潜水战队、吴潜水战队、第11潜水战队司令、第22特别根据地队司令、潜水学校长、第6舰队司令，几乎全部任职都在潜艇部队，算得上日本海军的潜艇专家。不过醍醐忠重任第6舰队司令时间是1945年5月，能用的潜艇仅10余艘了，仅有的战果是组织回天鱼雷攻击，还有就是7月29日击沉了美军印第安纳波利斯号重巡洋舰。
第7舰队：1945年4月在九州门司最后编成的舰队，辖第18战队以及几艘海防舰，第1护卫舰队司令岸福治兼任，与第6舰队同驻濑户内海实为海岸舰队，担负内海及对马海峡、朝鲜海峡警备。
第8舰队：1942年7月日军初登瓜达卡纳尔岛修建机场，大本营又计划实施攻占斐济群岛、萨摩亚群岛、新喀里多尼亚岛作战（F.S作战）而组建第8舰队。日军若能在美军势力尚未到达瓜岛时牢固掌握瓜岛，其实已足可有力威胁从夏威夷经新喀里多尼亚岛到澳大利亚的美国海上供给线，至于再前出一、两千公里直接切断美国供给线的F.S作战实属狂妄之举。随着瓜岛形势恶化F.S作战被推迟、取消，第8舰队改为担任东南方面（外南洋）的作战，第4舰队移师特鲁克群岛专任中太平洋（内南洋）方面的作战。第8舰队司令部7月30日进驻拉包尔，东南方面舰队成立后移驻布干维尔岛，历任司令三川军一、鲛岛具重（1943.4）。初时所属兵力是：旗舰鸟海号重巡洋舰、第6战队（重巡洋舰4艘）、第18战队（轻巡洋舰3艘）、第7潜水战队（潜艇5艘）、第7根据地队（包括第82警备队）、第8根据地队（包括第84警备队）、吴镇守府第3特别陆战队、佐世保镇守府第5特别陆战队、第2航空队。第11航空舰队的第5航空战队协助第8舰队担任东南方面作战。第8舰队有著名的4比0战绩，即1942年8月8日三川军一指挥的第1次所罗门海战（萨沃岛海战），第8舰队部队还参加10月埃斯帕兰斯角海战（萨沃岛海上夜战）、11月第3次所罗门海战、1943年7月库拉湾海战。至终战时第8舰队仅辖一个根据地队了
第9舰队：1943年11月东南方面舰队新建第9舰队担任新几内亚作战，司令部先后驻新几内亚岛北岸威瓦克、霍兰迪亚（今查亚普拉），指挥当地的第2、7根据地队（后合并为第27特别根据地队），辖1400吨敷设舰白鷹号、驱逐舰不知火号、4艘扫海艇以及佐世保第5特别陆战队。1944年新几内亚与所罗门战线分割，陆军改隶南方军、第9舰队改隶西南方面舰队。5月霍兰迪亚作战时舰队司令部覆没、司令远藤喜一战死，7月第9舰队撤销，第27特别根据地队直属第10方面舰队。