航空舰队名录
日本海军航空兵部队组织层次关系是：
航空舰队——航空战队、联合航空队——航空队——分队——小队。
1941年4月首次将航空母舰组建为第1航空舰队，中途岛战败后第1航空舰队撤销，航空母舰编队以航空战队形式混编入第3舰队。除此以外的航空舰队实际都是海军陆基航空兵部队，而陆基航空队、航空战队也可编入各类其它舰队。
第1航空舰队（Ⅰ）：1941年4月组建的航空母舰编队，司令南云忠一，辖第1、2、4、5航空战队，配置零战、99舰爆、97舰攻等舰载机。首次出征即以第1、2、5航空战队6艘航母为袭击珍珠港的机动部队。1942年2月从本土南下，编入近藤信竹南方部队序列，先在东南方向攻击新不列颠岛、新几内亚岛，再进入班达海、爪哇海攻击澳大利亚达尔文港，参加爪哇作战。4月进入印度洋作战，轰炸锡兰岛。中途岛作战时为机动部队主力，第1、2航空战队担任轰炸中途岛、寻歼美军舰队任务，第4航空战队攻击阿留申群岛。中途岛战败后于7月撤销。
第1航空舰队（Ⅱ）：1943年7月另组第1航空舰队，初期直属大本营，不久隶属联合舰队，司令部驻提尼安岛，是继第11航空舰队之后新的陆上航空兵主力。初辖两个航空战队、17个航空队约1200架飞机。1944年6月马里亚纳作战前夕的编制情况是：
第61航空战队（马里亚纳群岛），辖9个航空队、672架飞机
第22航空战队（加罗林群岛），辖8个航空队、552架飞机
第23航空战队（澳北地区），辖3个航空队、168架飞机
第26航空战队（菲律宾）、辖3个航空队、240架飞机
马里亚纳作战后舰队司令部撤往菲律宾宿务，参加台湾近海航空战。10月15日，以达沃为基地的第26航空战队司令有马正文驾1式陆攻寻歼美军，在企图撞击一艘美军航母时被击落身亡，是日本海军航空自杀攻击的前奏。10月底莱特湾海战后第1航空舰队再迁台湾，1945年5月以高雄警备府兼任，6月撤销编制。历任司令角田觉治、寺冈谨平（1944.8）、大西泷治郎（1944.10）、志摩清英（1945.5）。
海军的特攻战术酝酿与技术准备在1943年8月黑岛龟人任军令部第2部长时正式立案，首次实施就是在第1航空舰队。1944年10月，初任舰队司令的大西泷治郎在马尼拉基地组建第1神风特别攻击队，队长关行男大尉。25日关行男机队在萨马岛海域击沉美国护航航空母舰圣洛号，机队23人全部死亡（关行男是海兵70期，追晋中佐）。战后调查日军直接死于特攻作战的有9564人，海军官兵超过80%，其中大多是航空军人。大西泷治郎被公认为海军空中特攻开创人，日本宣布投降时，军令部次长大西泷治郎于当日自杀，遗言“告特攻队的英灵……我将以一死酬谢旧部下的英灵及其家属”，算是对特攻死亡者的交代。(https://www.daowen.com)
第2航空舰队：1944年6月组建驻高雄，司令福留繁。担任台湾与西南诸岛航空作战，辖台湾第21航空战队、西南诸岛第25航空战队等。10月中旬台湾近海航空战担任主力，再改隶西南方面舰队进驻吕宋岛、投入莱特湾作战，24日一架彗星舰爆重创普林斯顿号航母（后自沉）。作战中损失飞机数百架，次年1月因战线北移而撤销。
第3航空舰队：1944年7月在本土组建隶属联合舰队，驻千叶县木更津担任本土东部防卫，初期辖第27航空战队等。硫磺岛作战后曾在南九州展开参加冲绳岛特攻，历任司令吉良俊一、寺冈谨平（1944.11）。
第5航空舰队：1945年2月在九州组建驻大分，担任西部地区防卫。8月15日天皇诏书广播后5小时，舰队司令宇垣缠（曾任山本五十六的参谋长）率领一队彗星舰爆从大分基地出发飞往冲绳岛方向，有3架飞机因故障中途迫降，另8架包括宇垣缠在内再未回还。关于宇垣缠机队的下落有多种说法，但因盟军方面未有相关作战记录，宇垣缠列为日本投降后的自杀而不是战死。两天后草鹿龙之介接任第5航空舰队司令。战后出版的宇垣缠阵中日记《战藻录》是重要战史研究资料，8月15日确实记录宇垣缠决定发起最后特攻，随同他行动的官兵当然也知道此行的目的，但无人知道宇垣缠最终怎样改变主意、放弃特攻。
第10航空舰队/练习联合航空总队：1943年2月在本州组建练习联合航空总队，为飞行训练部队，下辖第11、12、13、20联合航空队，历任司令户冢道太郎、原忠一（1943.5）、寺冈谨平（1944.2）、松永贞市（1944.8）。1945年3月练习联合航空总队改编为第10航空舰队，担任中部地区防卫作战，司令前田稔。
第11航空舰队：1941年1月将全部外战陆基航空兵组建为第11航空舰队，历任司令片桐英吉、冢原二四三（1941.9）、草鹿任一（1942.10）。初辖第21、22、24航空战队，配属舰艇部队第34驱逐队。第11航空舰队一成立就接手原由中国方面舰队指挥的对中国内地轰炸攻击。
太平洋战争开战后第11航空舰队首开战绩，12月10日以西贡为基地的松永贞市第22航空战队出动26架1式陆攻、68架96陆攻，炸沉英国东方舰队主力威尔士亲王号战列舰、却敌号战列巡洋舰。1942年初第11航空舰队司令部驻提尼安岛指挥南方各地作战，在主要战场所罗门作战中损失6000架飞机、2362名飞行员。12月移驻拉包尔与第8舰队同编入东南方面舰队，降为地域性部队。舰队困守当地至终战，仅辖第958航空队。
第12航空舰队：1943年5月组建，8月编入东北方面舰队，司令户冢道太郎兼任东北方面舰队，后任司令后藤英次（1944.9）、宇垣完尔（1945.3）。1943年末参加马绍尔群岛作战惨败，东北方面舰队撤销后直属联合舰队，1945年2月又由大湊警备府司令部兼任。
第13航空舰队：1943年9月在西南方面舰队序列组建，即以西南方面舰队司令部兼任，西南方面舰队迁往菲律宾后隶属第10方面舰队驻新加坡。初期辖第23、28航空战队，历任司令高须四郎、三川军一（1944.6）、大川内传七（1944.11）、田结穰（1945.1）、福留繁（1945.1）。
第14航空舰队：1944年3月在中太平洋方面舰队序列组建，由南云忠一自兼，初期辖第22、26航空战队，7月塞班岛作战中覆没撤销番号，是最短命的航空舰队。
二战期间，航空兵在海战中的重要作用逐步充分显示，战争后期美国海军作战部长金与太平洋舰队司令尼米兹商定了这样的人事规则：所有舰队、特混舰队的司令与参谋长必须一人有舰艇部队主官经历、一人有航空部队主官经历。与之形成差距的是，日本陆军、海军航空部队指挥官的任用很少考虑专业出身。