最后的联合舰队序列

4月25日成立海军总队，联合舰队司令部兼海军总司令部，海军总司令接任原联合舰队司令任务即指挥所有海军部队，因此《大海令第36号》授予联合舰队的限定指挥权不再适用，代之以海军总司令部对联合舰队、中国方面舰队、海上护卫总司令部、各镇守府、各警备府的隶属指挥关系。

5月29日大本营令西南方面舰队、东南方面舰队从联合舰队序列解除，但未有第10方面舰队从联合舰队序列解除的记载（中太平洋方面舰队、东北方面舰队已于上年撤销），由于海军总队兼联合舰队，第10方面舰队是否从联合舰队序列解除在指挥关系上并无实质差别，《日本陆海军事典：海军部队最终位置》记载终战时第10方面舰队与西南方面舰队、东南方面舰队平行都隶属海军总队，本书依此说即联合舰队不辖方面舰队（海军内有种解释，因联合舰队司令资格低于西南方面、东南方面舰队司令资格有悖日本海军传统而采取特殊处置，战后陆士39期中原茂敏大佐所著《大东亚补给战》干脆说联合舰队于5月撤销）。

自此至终战时的联合舰队序列：

第3航空舰队（奈良）

第5航空舰队（大分）：第31战队（驱逐舰等）

第10航空舰队（茨城）(https://www.daowen.com)

第12航空舰队（大湊）：第104战队

第4舰队（特鲁克）

第6舰队（吴）：第11潜水战队（3艘潜艇）

第7舰队（门司）：第103战队

看来有点奇怪的是，联合舰队司令部与部队都已龟缩本土内海，唯独下属第4舰队孤悬海外特鲁克群岛。这可以解释为：第4舰队的上司中太平洋方面舰队已于上年撤销，第4舰队本身已没有什么机动能力、又遭美军海、空封锁，第4舰队隶属谁都是一样。

日本海军的指挥体制一大特点是，海军的大洋作战能力全归联合舰队，军令部总长能直接指挥的仅有中国方面舰队不多的舰艇与各镇守府、警备府岸上部队，形成日本海军指挥的二元结构。成立海军总队后所有部队都归海军总司令指挥，军令部总长地位更加尴尬。美国海军也设美国舰队建制，但珍珠港事件后海军作战部长斯塔克被免职，美国舰队总司令金兼任海军作战部长，美国舰队总司令部与美国海军作战部事实上统一。