荷属东印度

苏门答腊岛：1941年10月组建第9根据地队，随南遣舰队出征，进驻苏门答腊岛棉兰，担任苏门答腊岛西部防卫，1944年移驻沙班岛（沙璜），司令平冈粂一、广濑末人。

苏门答腊岛/马来：原驻棉兰第9根据地队司令部移师沙璜后，因棉兰为重要的潜艇基地，1944年6月再组建第15根据地队，以第8潜水战队司令部兼任，后改为第15特别根据地队迁马来槟榔屿，司令市冈寿（兼）、鱼住治策（兼）。

以上属第1南遣舰队

爪哇岛：1942年3月于爪哇泗水组建第21特别根据地队，司令久保九次、伍贺启次郎、星野应韶、田中菊松。

婆罗洲：1941年1月组建第2根据地队（Ⅱ），随第3舰队出征进驻婆罗洲岛，1942年3月在巴厘巴板改编为第22特别根据地队，司令广濑末人、福田良三、醍醐忠重、鎌田道章。醍醐忠重、鎌田道章因镇压当地民众反抗，战后被荷兰军事法庭处死。

西里伯斯岛：1942年3月10日由佐世保联合特别陆战队司令部及佐世保二特改编为第23特别根据地队，驻西里伯斯岛望加锡，司令森国造、下村胜美、大杉守一。(https://www.daowen.com)

安汶岛/弗洛雷斯岛：1942年底在安汶岛组建第24特别根据地队，后迁弗洛雷斯岛。1943年11月改编为第24根据地队，次年9月撤销，司令畠山耕一郎、柴田弥一郎、福田贞三郎。

西部新几内亚/安汶岛：1942年末由吴镇守府派出部队在西部新几内亚马诺夸里编成第25特别根据地队，隶属第4南遣舰队。1944年7月移驻安汶岛，1945年1月改编为第25根据地队，司令铃木长藏、长谷真三郎、山县正乡、冈田为次、一濑信一。

哈马黑拉岛：1943年11月在哈马黑拉岛卡乌编成第26特别根据地队，司令横川市平、一濑信一，1945年5月29日解散。

比亚克岛：1944年5月编成第28特别根据地队，下属有马诺夸里第18警备队、比亚克岛第19警备队、萨米第91警备队，司令部驻比亚克岛。1944年8月在美军攻占比亚克作战中覆没撤销，司令千田贞敏战死。

荷属东印度的根据地队分属第1、2、4南遣舰队。