东南亚大陆、新加坡、印度洋

西贡：1940年11月组建第1根据地队（Ⅱ），随第3舰队出征进驻西贡，1942年2月撤销，司令久保九次。

新加坡：1942年1月在南遣舰队序列组建第10特别根据地队，2月进驻新加坡，司令奥信一、山口仪三郎、今村脩。

西贡：1941年11月佐世保镇守府派出部队编成第11特别根据地队，随南遣舰队出征驻西贡，担任法属印度支那防卫。1945年5月改编为第11根据地队，司令户苅隆始、堀内茂礼、藤田利三郎、近藤泰一郎。(https://www.daowen.com)

安达曼群岛：1942年2月以苏门答腊岛第9根据地队派遣陆战队攻占安达曼群岛，后编成第12特别根据地队留驻当地，司令石川茂、原鼎三。

缅甸：1943年10月在仰光组建第13根据地队，司令田中赖三。隶下第12、第13警备队1945年锡当河作战转进中覆没，残部退往泰国。终战时仅余2000多人。

以上属第1南遣舰队。