菲律宾群岛、帕劳群岛

帕劳群岛：1940年11月组建第3根据地队（Ⅱ），随第4舰队出征进驻帕劳群岛。1942年4月改称第3特别根据地队（Ⅰ），6月撤销。司令中村一夫、武田盛治。1944年1月帕劳群岛再组建第30特别根据地队，3月改为第30根据地队，司令伊藤贤三。

马尼拉：1942年1月第31特别根据地队组建于马尼拉，司令小林彻理，1943年2月解散。1944年9月菲律宾作战前夕以海军驻马尼拉防卫部队为基干再建，司令有马馨、岩渊三次，1945年2月在马尼拉巷战损失殆尽，岩渊三次战死。

棉兰老岛：1941年11月组建第32特别根据地队，随第3舰队出征，南方作战后驻棉兰老岛达沃，司令入船直三郎、代谷清志、土井直治。(https://www.daowen.com)

宿务岛：1944年8月在菲律宾宿务岛组建第33特别根据地队，司令原田觉。

以上4队属西南方面舰队序列。