中国关内

上海：日军攻占上海后，于1937年12月组建第1根据地队（Ⅰ），司令园田滋、伍贺启次郎（1938.12）。1939年11月改编为上海方面特别根据地队，司令樋口修一郎、小林仁（1940.11）、平冈粂一（1941.5）、牧田觉三郎（1941.9）、大野一郎（1942.2）、畠山耕一郎（1943.6）、铃木长藏（1944.3）、森德治（1944.8）。1941年9月—1944年8月期间上海方面特别根据地队司令与上海特别陆战队司令兼任。

广州/香港：1938年9月在第5舰队序列组建第2根据地队（Ⅰ），司令锄柄玉造。10月12日第21军与第5舰队登陆大亚湾、攻占广州后第2根据地队（Ⅰ）即驻广州，1939年11月改称广东方面特别根据地队。1941年12月26日日军攻占香港后移驻香港，改称香港方面特别根据地队。司令副岛大助、井上保雄、安场保雄、小畑长左卫门、大熊让。

厦门：1938年5月12日海军第2联合特别陆战队（司令宫田义一）攻占厦门，11月在厦门改建为第3根据地队（Ⅰ），司令宫田义一，1939年11月改为厦门方面特别根据地队，司令牧田觉三郎、大野一郎、畠山耕一郎。1942年1月降格为厦门警备队，11月又恢复厦门方面特别根据地队，司令原田清一。

海南岛：1939年1月在第5舰队序列组建第4根据地队（Ⅰ），司令太田泰治，2月参加海南岛作战，攻占海南岛后进驻三亚，11月改称海南岛根据地队，司令福田良三、井上保雄。1941年4月升格为海南警备府。(https://www.daowen.com)

汉口：1939年11月由第1遣华舰队第4防备队改建汉口方面特别根据地队，司令小林仁、松永次郎、一濑信一，1942年1月降格为汉口警备队。1943年8月撤销汉口警备队，同时第1遣华舰队降格改编为扬子江方面特别根据地队驻汉口，司令大野一郎、畠山耕一郎、泽田虎夫。

青岛：1938年1月10日海军第1联合特别陆战队攻占青岛，次年11月改建青岛方面特别根据地队，司令大岛四郎、金子繁治、绪方真记、大杉守一。1942年4月撤销，又将第3遣华舰队降格改编为青岛方面特别根据地队，司令桑原虎雄、藤田类太郎、金子繁治。

这6个根据地队都属中国方面舰队序列。