195艘潜水艇与潜水战队
二战期间一线潜艇195艘：水面排水量1000吨以上的一等潜水舰即伊号型123艘、二等潜水舰包括500至1000吨的吕号型54艘、500吨以下的波号型18艘（不含袖珍、特攻潜艇）。
伊号型分为巡潜型、机雷潜型、海大型、甲型、乙型、丙型、海大七型、特型、潜高型、潜补型、潜输型及接收德艇12级。52艘伊号型超过3000吨（盟军方面不到10艘），37艘可携载1架水上侦察机，65艘航程超18000海里，17艘未装备鱼雷、担任补给。伊号型之特型潜艇排水量达6560吨、可携载3架M6A爱知特殊攻击机/晴岚，潜高型潜艇水下航速达19节。波号型首艇1944年底竣工，只装备25毫米机炮或7.7毫米机枪，担任补给。128艘潜艇在战争期间沉没。
潜艇装备制式鱼雷是95式氧气鱼雷1型，直径533毫米，重量1665公斤，速度49节，射程9000米。
1905年日本海军在横须贺组装美制霍兰潜艇5艘，编成第1潜水队。1919年4月根据《海军舰队条令》设置潜水战队建制，标准编制是队本部有旗舰（潜水母舰）与潜艇各一艘，辖3个潜水队，每队3艘潜艇。曾有10个潜水战队番号，终战时余2个。
第1潜水战队：旗舰是特设潜水母舰靖国丸，1940年11月再次编成，初为第6舰队兼任，后任司令锄柄玉造（1941.5）、佐藤勉（1941.8）、山崎重晖（1942.4）、三户寿（1942.10）、古宇田武郎（1943.3）。珍珠港袭击战时，第1潜水战队的5艘伊9型、伊15型潜艇先一日到达珍珠港口，释放5艘袖珍潜艇预定与空袭机队同时发起攻击，未有战绩。嗣后9艘潜艇驶往美国西海岸封锁港口、袭击商船一个多月。1942年9月15日伊—19号潜艇在俾斯麦海重创黄蜂号航母（后自沉）。1944年1月撤销。
第2潜水战队：旗舰是特设潜水母舰さんとす丸，1940年11月再建，司令山崎重晖、市冈寿（1942.2），第6舰队作战主力。1942年8月撤销。
第3潜水战队：1941年7月再建，旗舰是潜水母舰大鲸号，司令河野千万城（1942.4）、驹泽克己（1942.12）。第6舰队作战主力，参加中途岛海战、伊—168号潜艇击沉已负重伤的约克城号航母。1943年9月撤销。(https://www.daowen.com)
第4潜水战队：轻巡鬼怒号为旗舰，司令若林清作（1939.11）、吉富说三（1940.11），隶属南遣舰队，1942年3月撤销。
第5潜水战队：1940年5月再建，司令锄柄玉造、高冢省吾（1940.11）、醍醐忠重（1941.10），特设潜水母舰里约热内卢号为旗舰，隶属联合舰队主队，参加中途岛海战，1942年7月撤销。
第6潜水战队：1941年5月新建，旗舰长鲸号潜水母舰，司令田中赖三、河野千万城（1941.9），编入第3舰队，1942年4月撤销。
第7潜水战队：旗舰迅鲸号潜水母舰，司令佐藤勉（1940.11）、大西新藏（1941.8）、吉富说三（1942.6）、原田觉（1943.1）、大和田昇（1943.12），先后属第4、8舰队，1945年3月撤销。
第8潜水战队：为执行破交战而组建，旗舰日枝丸特设潜水母舰，初期在印度洋、澳大利亚海域作战，1942年5月伊—16、伊—20号潜艇在马达加斯加岛海域击伤英国舰艇。司令石崎昇（1942.3）、市冈寿（1943.8）、鱼住治策（1944.8），1945年2月撤销。
吴潜水战队/第11潜水战队：1942年8月在吴镇守府组建，旗舰特设潜水母舰さんとす丸，1943年4月改称第11潜水战队，编入第1舰队担任训练任务，1944年调第6舰队，是第6舰队仅存的作战部队，司令醍醐忠重（1942.8）、石崎昇（1943.10）、仁科宏造（1944.12）
吴潜水战队：1943年12月以第33潜水队扩建，潜水学校长兼司令山崎重晖、醍醐忠重（1944.7）、市冈寿（1945.5），隶属吴镇守府，终战时存。