部门预算与国库集中支付制度环境
（一）部门预算环境
由于部门预算改革是对传统预算管理方法的根本变革，触及既有利益格局和各方关系，加之受综合配套改革推进等多种因素的制约，难免会遇到各种各样的阻力，要达到完整、细化、综合、法制的部门预算改革目标，仍需不断努力。部门预算在高校财务管理工作中存在瓶颈，需要进一步完善。
一是对财务预算管理的重要性认识不够。随着高等教育事业的蓬勃发展，高校规模不断扩大，各院校教育经费增长较快，财务管理科目逐渐增多，财务工作量明显加大，高校办学经费来源发生较大变化，财政拨款、银行贷款、学校收入、产业收入、社会投资等形式的办学经费给高校带来了大量的全方位经费支持。对于这些资金的管理和正确应用，保证高校教学科研、行政后勤和学生管理工作的正常开展，是新时期高校财务管理的重要任务。然而，许多高校并没有认识到财务预算管理的重要性，不能适应高校快速发展的财务管理需要，没有建立科学有效的财务预算管理及监督机制，未能将财务预算管理的责任落实到位，缺乏科学理财的主动性和积极性，使预算管理流于形式。因此，建议各高校内部要加强学习和宣传，充分认识这项改革的重要性、艰巨性和复杂性，争取学校领导和教职工对这项工作的理解和支持，加强与校内各部门、各院系的配合与沟通，积极化解矛盾和阻力，使改革能顺利进行。此外，高校财会人员要加强学习，提高业务素质和应变能力，以适应改革发展新形势的需要。
二是部门预算没有真正做到“零基预算”。目前，部分学校仍然没有完全脱离“基数加增长”的预算编制方法，造成高校之间经费分配不公平。建议主管部门和财政部门要根据各个高校事业发展计划对资金的需求分配预算资金，真正做到“零基预算”。
三是学校编制的部门预算不能体现学校支出的全貌。学校编制的部门预算没有按照复式预算的方法反映学校的经常性支出和建设性支出，学校建设性支出的很大部分未纳入部门预算，仍然不能体现出学校支出的全貌。其主要原因是财政投入不能满足学校实际支出的需要，如果将建设性支出全部编入部门预算，就会出现赤字预算。因此，在财政不加大投入的情况下，高校的“赤字”只好隐性存在，不能反映在部门预算之中，这使学校编制部门预算的完整性大打折扣。建议政府加大投入，学校编制完整的支出预算，使部门预算改革更加完善。
2.部门预算对高校财务管理的积极影响
首先，高校部门预算的公开，将有助于政府和高校进一步深化部门预算改革，完善预算支出标准体系和政府收支分类体系，增强预算编制的准确性、科学性；有利于进一步细化部门预算编制，增强预算约束力，严格执行预算进度，实现预算与决算的有效衔接；有利于高校加强资产管理，促进资产管理与预算管理的结合；有利于高校依法理财、民主理财。
其次，实行高校部门预算公开，是推进高校管理体制改革的必然要求，也是强化对高校办学的制约和监督、从源头上预防和治理腐败的重要举措。高校部门预算的公开不仅不会引发社会矛盾，反而能够增强社会对高校的信任，更有利于社会稳定。社会的监督也有助于高校精打细算，把有限的资金用到高校发展急需的地方。将高校部门预算置于社会监督之下，财务信息透明度的提高，可有效遏制高校在收费、招投标等方面的腐败现象。高校对自身财务信息进行公开，才能提高社会力量的参与热情并实施有效管理，帮助公众正确地理解高校的办学困难，提升高校办学形象。
最后，高校部门预算的公开，将预算收入和支出予以公开，不同高校之间的横向比较可以起到“准市场”的作用，办学效率比较低的高校会受到社会舆论的监督和责难。同时，高校部门预算公开也有助于财政部门对高校展开财政绩效评价，并将评价的结果与拨款制度改革相联系。社会和政府的双重监督将会有效地促进高校提高办学效率和办学质量。
（二）国库集中支付制度环境
实行国库集中支付制度后，尽管强调不改变预算单位资金使用权，不改变预算单位财务管理和会计核算权，改变的只是财政资金的拨付方式和程序，但是由于客观情况的多变性和复杂性，高校在财务管理中又出现了许多新问题。
（1）部门预算的准确性、科学性和规范性直接影响国库集中支付制度的实施。部门预算是实行国库集中支付的基础和依据。目前，在部门预算中，人为地将支出项目按资金来源对应区分预算内和预算外资金，与目前高校财务执行《高等学校财务制度》和《高等学校会计制度》（以下简称两个《制度》）中实行“大收大支”的综合预算财务制度不相符，与高校实际不相符。
（2）实行国库集中支付制度后，财政资金要通过财政直接支付和财政授权支付2种方式拨付使用，这与现行的两个《制度》相矛盾。要满足国库集中支付的要求，就会增加会计核算的难度，并使核算趋于复杂化。学校在用零余额账户资金支付时，支出不仅要分清类、款、项，还要分清是基本支出还是项目支出。在预付购货款、借款及应付款时，由于确认支出在时间上不一致，在确认支出时要分别确认项目支出、基本支出和分清支付渠道，这在实际工作中很困难，会给财务人员的工作带来不便。
（3）财政部门从预算到支出实行全过程监督与控制，每项费用开支必须根据预算进行安排，资金的使用不再像以前那样灵活，增加了单位的理财难度，同时使学校对社会资金的筹资能力有所降低。近几年来，高校大规模扩招及基础建设的大量投入，导致资金缺口越来越大，这些资金缺口在财政拨款无着落及高校自身创收很难短期弥补的情况下，积极开展银校合作，争取银行贷款已成为这一时期高校主动适应市场竞争、争取经费给养、保证其生存与发展的重要生命线。实行国库集中支付制度以后，高校在商业银行的账户被取消，只允许在指定的商业银行保留零余额账户，且该零余额账户也是由财政部门指定的，只有计划额度，没有实体资金，余额保持为零。没有了银行存款的沉淀，没有了收费权的质押，高校自然也就失去了与银行交易的砝码，这些因素必然堵塞高校向银行融资的渠道，增加了高校筹资的压力。