暂驻衡湘：驻衡湘，又离别
1937年8月28日，教育部高等教育司给梅贻琦的一封公函中说：“奉部长密谕，指定张委员伯苓、梅委员贻琦、蒋委员梦麟为长沙临时大学筹备委员会常务委员，杨委员振声为长沙临时大学筹备委员会秘书主任。”梅贻琦接信后立即赴长沙进行筹备工作；9月10日，教育部以第16696号令正式宣布在长沙和西安两地设立临时大学，筹备委员会主席由教育部部长王世杰兼任；9月13日在长沙进行的第一次筹委会确定了校舍、经费、组织分工等具体事项；9月28日，国立长沙临时大学关防开始启用。
为节省开支，提高教学效率，对原来三校的科系作了调整，性质相同及相近的都加以归并，归并后共设4个学院（即文学院、理学院、法商学院、工学院）、17个学系；截止到10月底，全校共有教师148人（其中北大55人，清华73人，南开20人）；学生主要以收纳原三校学生为主，登报公告，限期报到。截止到11月20日，旧生报到者1120人（其中北大342人，清华631人，南开147人）；此外，遵照教育部规定，接纳性质相当现已停办学校之借读生218人，另外还有北大和清华在武昌联合招收的新生与南开中学毕业后直升大学的新生114人。据长沙临大于1938年1月铅印的学生名册，新旧学生共1500多人。
长沙临时大学于1937年11月1日在日军的轰炸中开始上课，校舍是教育部与湖南省教育厅事先租定的一所美国教会学校——韭菜园圣经学校，文学院设于南岳圣经学校分校，也于11月9日开始上课。理学院借用了湘雅医学院的校舍，工学院电机系和机械系学生寄宿岳麓山湖南大学，机械系航空工程研究班在南昌航空机械学校借读（由清华大学航空研究所教授讲课），后因南京沦陷迁往成都。化学工程系学生在重庆大学寄读，由长沙临时大学部分教授前往讲课。
由于仪器少，图书资料匮乏，许多课程无法开设，部分教师如罗常培、郑天挺、陈雪屏、钱穆、陈寅恪、贺麟等人受阻于交通，至11月底方抵长沙，一些开设的课程暂时无人授课。同学们无课可上，也无书可读，再加上前线战事日紧，国土沦陷，师生情绪不佳，精神上也比较苦闷。学校邀请了一些社会名流来校演讲，这些讲演的内容主要是配合抗战的形势。首先是《大公报》总编辑张季鸾先生讲战局的发展形势预计；第二位请来的是当时指挥军事的高级将领陈诚将军，讲的是关于战略与士气的问题；此外还有湖南省主席张治中讲抗战形势，刚从监狱中释放不久的陈独秀保留着囚犯式的长发来到长沙，讲了国际形势的发展预测，还有八路军驻长沙办事处负责人先后三次来校，介绍延安八路军的情况及动员民众参加抗战的问题。这些讲演使学生们开阔了视野，进一步认清了战争的形势，明确了自己的职责，大家都感到安排得比较有意思。
和长沙校本部一样，南岳分校的教学条件也非常差，教授们多数只能修订原有的讲稿进行授课，英籍教师燕卜荪凭记忆将莎士比亚的作品打印出来分发给学生作教材。学生们因为无条件看书，常常只能议论战争形势。不过，由于师生之间接触的机会较多，关系比较融洽，相互交流的内容涉及专业知识、治学方法等，颇有古代书院之风味。当时冯友兰、钱穆、金岳霖、闻一多、朱自清、吴宓、潘光旦等人均在南岳，授课之余，教授们依旧进行从前的著述与研究工作。第二年1月20日寒假开始，分校师生全部返回长沙。
战局的变化使湖南成为抗战后方的重要基地，1937年11月24日日军首次轰炸了长沙，此后临大的教学活动倍受干扰。12月13日南京失守，武汉告急，人们更加意识到临大的危险处境，遂起搬迁之议。当时的湖南省政府主席张治中将军认为长沙绝对安全，完全没有必要西迁。常委会对这一关系学校前途的大事非常慎重，反复磋商，经多次研究后，决定迁往云南。作出这一决定主要因为昆明地处西南，离前线较远，当时内迁至滇的学校尚少，安排校舍不至于太困难；再加上云南与缅甸、越南接壤，在海岸线已经被封锁的当时，只能依靠滇越铁路通往海外，便于采购图书资料和设备。迁滇的决议教育部亦不敢定夺，由常委蒋梦麟亲自到武汉向蒋介石提出，于1938年1月上旬得到最高当局的批准，1月20日，第43次常委会作出《长沙临时大学常委会关于迁校的决议》，“教职员学生统限于二十七年三月十五日以前在昆明校址报到”，下学期开始在昆明上课。
早在1938年初，迁校的消息开始在学生中传开，学校内部就出现了反对迁校的大字报，几乎贴满学校的四壁。主要指责“学校应知国破山河在”，认为“西迁昆明之议，实属荒废学时，劳民伤财”，“须知大观楼不是排云殿，昆明湖不在颐和园”，没有必要劳师动众地迁到昆明（高小文《行年二十步行三千》）。学生们认为国难当头，他们的同龄人正冒着硝烟炮火去冲锋陷阵、流血牺牲，而日寇距长沙还有千里之遥，自己就忙着去西迁“逃命”，“百万战士流血过野，他们平日里何尝得着国家的好处？而我们却是平日受国家待遇最优者，每个学生每年国家津贴至少一千元……今日还依恋这辉煌的校舍，能不愧对死者？”在这样的氛围中，认为西迁对不起前线流血的将士，对不起投笔从戎的同窗，更对不起被日寇屠杀的同胞，学生们纷纷要求参军。
学校认为，这是一场长期的战争，日后中国建设需要专业人才，不能让大批的大学生上前线。梅贻琦认为保学校是保存一个民族生存的最根本价值，而教师的责任，是要塑造一个民族的灵魂，这是比打仗更艰巨的事情。这些话打消了学生心中的困惑，坚定了他们刻苦学习、以知识报国的决心。最终，820名学生决定随学校迁往云南昆明，还有600多名学生，或退学参加抗战，或转学其他学校，或返回家乡。校方和广大教师也支持学生的爱国热情并考虑战时的特殊情况，尽量调整教育方案，在学生服役期间保留学籍。