（一）管理制度
一般认为西南联大在昆八年，行政管理基本沿袭长沙旧制，主要源于清华的管理模式，所以，讨论西南联大的管理制度，我们有必要对清华的校务领导体制做一个简单的回顾。陈岱孙先生在1983年《三四十年代清华大学校务领导体制和前校长梅贻琦》一文中，详细介绍了清华的管理制度。
因为历史原因，清华在20世纪20年代末到30年代初，基本没有校长（或名义上有校长而校长不发生作用），早期有全体教授参加的教授会和教授成员互选10多个成员产生的评议会。1928年罗家伦任校长，学校由董事会领导。后学校改教育部直辖，学校也改为校、院、系三级制，除教授会外，增加以校长为首，教务长、秘书长、文理法学院院长参加的校务会议，评议会的成员则由校长、教务长、秘书长和三位院长为当然成员，教授会互选若干人共同组成，这三个机构构成清华体制的组织基础。清华的体制对全国高校有一定的影响，也因此成为一些政治派系企图控制全国大学的障碍，所以教育部派吴南轩任校长，利用政治势力试图夺取教育学术机构的控制权，导致学潮的发生。吴南轩离校后，翁文灏代理校长，建议把派去美国当留美学生监督的教务长梅贻琦调回。这期间，校务会议议决一切通常校务行政事宜，成为学校行政的审议机构。
1931年11月，梅贻琦任校长。他与南京没有人事渊源，就感情和对教育的基本观点而言，梅贻琦与教师是一致，接受了现有体制的基本精神并不断巩固，到1937年基本定型。西南联大时期管理体制基本类似清华，常务委员会执行校长职务，是学校的最高权力机构，教授会由全体教授和副教授组成，是一个咨询机构；校务会议由常委成员、教务长、总务长、训导长、各学院院长及教授代表12人组成，具体讨论和处理校务，相当于清华的评议会。陈岱孙先生认为，这个体制是时代环境的产物，“在校内，它有以民主的名义对抗校长独断专权的一面；在校外，它有以学术自由的名义对抗国民党派系势力对教育学术机构的侵入和控制的一面。这一体制的确立和巩固，是和梅贻琦先生长校时的作风和支持分不开的”。
从制度层面而言，西南联大的管理机构非常精简，专职的管理人员少而精干。在行政组织方面，长沙临大时期由筹委会的常务委员三人（蒋梦麟、梅贻琦和张伯苓），秘书主任一人（杨振声）组成常务委员会作为最高行政领导机构，商决一切行政方针。常委会下设四个部分：1.秘书部分，下设文书部分；2.总务部分，下设会计组、事务组、校医室；3.教务部分，下设注册组、军训组、体育组；4.建筑部分，下设建筑设备组。常委蒋梦麟负责总务，梅贻琦负责教务，张伯苓负责建筑和设备。
至联大时期，仍以常委会为学校的最高行政领导机构，下设总务处、教务处和建设处。常委会作出决议后，由各部门贯彻执行，并规定各学院的院、处长列席常务委员会议。按照1938年国民政府颁行的《大学组织法》的规定，西南联大设有校务会议和教授会。西南联大的行政教学组织系统见图4.1。
图4.1 西南联大教学行政机构图
注：1.初期设有建设处，1938年10月建设长黄钰生调任师范学院院长，旋撤销。2.训导处设于1939年7月，其所属体育卫生组后来撤销。3.师范学院的附属学校包括附中、附小。4.先修班开办于1939年1月。
资料来源：根据西南联大北京校友会编《国立西南联合大学校史》（北京：北京大学出版社，1996年）第36页附表，参照惠世如主编《抗战时期内迁西南的高等院校》（贵阳：贵州人民出版社，1988年）第43页“西南联合大学教学行政机构表”所制。
校务会议的成员由常务委员、常务委员会秘书任教务长、总务长（1939年7月后，增加训导长），各学院院长及教授、副教授互选之代表11人组成。《国立西南联大校务会议组织大纲》（1938年5月）第三条规定，校务会议审议下列事项：本大学预算及决算；大学学院学系的设立及废止；大学各种规程；建筑及他项重要设备；校务改进事项；常务委员会交议事项。每学年由教授会民主选举产生代表（每学院至少须有1人）和候补代表（少则2人，多达12人）。校务会议由常委会主席主持，每学年举行一次（每届开会2次）。
校务会议所议之事虽然多按常委会的意图进行审议，但常委会对校务会议的各项决议一般都得执行，如果难以执行或有不同意见也不能更改而只能交校务会议复议。如1941年，在叙永分校撤留的问题上，蒋介石和教育部长陈立夫为分散联大力量并伺机将联大迁往四川以便就近控制，都主张继续设置分校，常委会只好将分校的存废问题再次提交校务会议复议，最终根据复议的结果撤销了叙永分校。
教授会由全体教授、副教授组成，常务委员会委员和常委会秘书主任为当然成员。教授会负责审议教学及研究事项改进之方案，学生导育之方案，学生毕业成绩及学位的授予等。作为一个咨询机构，教授会听取常委会主席报告工作，讨论学校的重大问题，向常务委员会或校务会议提出建议，或讨论他们交议的事项，选举参加校务会议的代表。教授会不定期举行，但每学年至少一次，开会时由常委会主席主持。如遇与政府规定发生矛盾而常委会与校务会议又难以解决的问题时，才增加开会次数。如1945年的“一二·一”运动期间，从11月29日到12月26日不到一个月的时间里开会就达九次之多。教授会在关键时刻起着咨询和决策全局的作用，对学校的行政管理、教学实施、学生都有相当的影响和作用。
为照顾各校的一些特殊事务与利益，三校还在昆明各自设有办事处，保留着各校原有的一些行政、教学和科研系统，便于各校独立地处理自身的事务。
由于学校的教务长、训导长、总务长、各学院院长、各学系系主任都是由教授担任的，校务会议、院务会议、系务会议也均由教授组成，教授们因而具有了对校务充分发表意见、参与讨论和决策的权利，一定程度上体现了教授治校的精神。除三位常委为专职外，总务长、教务长、训导长、各学院院长、各系主任均属兼任且兼职不增薪，课程负担与一般教授相同。各行政教学、科研机构和各专门委员会一般不设副职，尽管只有一个领导人，但随时都有专人负责，即使在请假离职情况下也会由别人代理。八年中各机构的领导人时有变动，却一般不会出现多头领导、指挥不一和无人负责的混乱现象。
西南联大的常设机构和专职工作人员较少，在常务委员会领导下，陆续设置了聘请教授参加主持的各种专门委员会，如课程委员会（负责各系课程的设置），图书委员会（筹划各系所需要的图书），理工设备设计委员会（筹划理工科所需之教学设备），教室宿舍设备委员会（筹划购置教室宿舍有关设备），国防工作介绍委员会（介绍学生参加国防服务工作），贷金委员会（负责困苦学生的救济及发放贷金事宜），防空委员会（负责防空工作）等。成立各种专门委员会的目的在于协助办理各项行政和教学事务或应急事宜。每一委员会设主席一人，委员数人至十数人，常委会根据具体情况聘请教授担任，并无报酬，在该项任务完成后委员会随即撤销。联大八年先后设立过的委员会有70多个。这些专门委员会因需要而设立，完成专项任务后很快撤销，对教学行政部门既辅导又指导，不仅完成了各部门本身难以办到的大量实际工作，而且还调动了广大教师群策群力建设联大的积极性。
常委会依托校务会议进行日常的行政管理工作，又有教授会的咨询与参谋，还有各种专门委员会的积极参与，管理层次简练，职责分明，保证了学校各项工作在经费困窘的情况下顺利地展开。