二、教学科研
学术研究是高等学校的重要职能，战争时代的研究是在极其恶劣的条件下展开的。由于大量的图书和实验设备在沦陷区，运出的部分仪器设备几经辗转，到达昆明的时候数量已经很有限，藏书也遗失毁坏了一部分，研究材料的供应很艰难，加上生计困难需要兼职谋生，教师的精力体力严重不济，可以说，抗战以来，从事教育者无不备尝艰苦。面对国破家亡的现实，西南联大的教员们“虽在颠沛流离之中，并受物价高涨影响，几至饔飧不继。然于学术研究，仍一本旧贯，不稍懈怠”。当时郑天挺曾说：“在抗战期间，一个爱国的知识分子，不能亲赴前线或参加战斗，只有积极从事科学研究，坚持严谨创造的精神，自学不倦，以期有所贡献于祖国。”因此，尽管条件艰苦，联大的师生对国家和民族的未来充满深深的思索，或闭门伏案，从传统文化中寻找民族精神的支点，为抗战注入自信，为民族复兴探索精神资源，或投身基础科学的研究，因地制宜调查地方社会资源，以作开发边疆、支持前方的参考资料，为战后建国做好准备。
1.教材建设
由于战时教学条件的限制，同时为了把自己的研究成果和国内外最新的知识奉献给学生，西南联大所用的教材与讲义多数都是由教师们自己编著的。据不完全统计，仅在1941年～1944年间，联大教授编写的教材被教育部专家评审委员会通过定为教材的就有25部，如钱穆的《国史大纲》，朱自清、魏建功、黎锦熙等编的《大学国文选》，朱光潜等编的《大学英语》，王力的《中国音韵学》，冯友兰的《中国哲学史》，刘仙洲的《机械原理》和《热工学》，吴柳生的《工程材料学》，刘仙洲、楮士荃编著的《画法几何》，赵访熊的《高等微积分》，庄前鼎、刘维政合作的《空气动力学》等；此外还有《材料力学》（王德荣译）、《飞机材料学》（周惠文、张听聪合译）等译著。
受到教育部推荐的还有一批教材讲义，如闻一多的《中国文学史稿》，朱自清的《中国新文学研究纲要》，中文系教师集体编选《国立西南联大文选》、《国立西南联大语体文示范》，周培源编写的《理论力学》，陈福田的《大学英文（一）读本》，吴宓的《世界文学史大纲》，吴达元的《法国文学史》等。
2.人文社科方面的研究
在联大教师的科研成果中，教材、讲义的编撰仅是其中的一部分，他们根据当时所能了解的信息，选定学科前沿课题，积极开展研究活动，结合教学写出了大批学术著作。在人文社科方面，联大教师把学术视为抗战建国的一部分，爱国的最佳方式被理解为提升民族文化，在史学、哲学、文学、社会学和人类学等学科领域发表科研论文、出版专著，这些著作都成书或出版于西南联大时期，体现了联大学者的学术实绩，亦代表了中国现代学术研究的最高水平。
陈寅恪先生在抗战期间著有《隋唐制度渊源略论稿》《唐代政治史述论稿》，为治史者所必读；钱穆在宜良的寺庙中根据旧讲义完成了《国史大纲》，成为抗战时期发行最广、影响最大的国史著作；吴宓以课堂的讲稿为基础写出了英文版的《世界文学史大纲》；汤用彤教授潜心研究魏晋史，他的《魏晋玄学之研究》《魏晋文学与思想之关系》《魏晋时代圣人之观念》以及《汉魏两晋南北朝佛教史》等都是一家独到之言；张荫麟的《中国史纲》、雷海宗的《中国文化和中国的兵》、孙毓棠的《中国古代社会经济论丛》，郑天挺的《清史探微》等，都可以称为中国现代学术史上具有经典意义的著作。
冯友兰在联大期间完成了“贞元六书”：《新理学》（1939年）、《新事论》（1941年）、《新世训》（1941年）、《新原人》（1943年）、《新原道》（1944年）、《新知言》，旨在通过反思光大中华民族的传统精神，其中前三部在当时风行全国；贺麟完成了《近代唯心论简释》和《文化与人生》，在《抗战建国与学术建国》中提出了文化抗战、精神抗战、学术救国、学术建国等口号和主张；金岳霖完成了《论道》和《知识论》两部哲学著作（注：后者的手稿在躲避空袭的时候丢失，后于1948年重新写成），他在著作中对中国传统哲学中的基本范畴“道”加以系统地阐释，同时广泛吸收西方哲学理论，进一步深化和完善了融通中西哲学思想的理论体系。
中文系教授王力写出了他的“语法三书”，即《中国现代语法》《中国语法理论》和《现代语法摘要》，系统阐述中国语法的规律，在当时国内外语言学界尚属一项开创性的研究工作。闻一多先后完成《楚辞校补》《神话与诗》《周易义证类纂》《尔雅新义》《庄子内篇校释》《唐诗杂论》《中国文学史稿》等关于上古文学史的论文，发前人所未发，其中《楚辞校补》被公认为是抗战时期国学研究领域的重要著作；朱自清的《诗言志辨》《新诗杂话》《经典常谈》等著作脍炙人口，他与叶圣陶合作编写的《精读指导举隅》，至今仍是阅读教学的重要文献，对语文教学有现实的指导作用。
社会学家们就地取材，研究云南丰富的少数民族文化及边疆的社会公共服务。费孝通在调查的基础上完成了《云南三村》；吴泽霖在墨江和丽江建立服务站进行社会调查并开展医疗卫生、教育普及和抗战宣传；法商学院主要围绕人口问题进行了系列研究，陈达主持国情普查研究所，完成了《近代中国国势普查》和《中国人口问题之研究》两本著作及一些论文，潘光旦出版了《优生与抗战》《优生概论》《自由之路》等著作，还开设了《西南边疆社会》《中国边疆地理》等课程。钱端升研究了中国的政治体制，王赣愚完成地方政府和县政府的研究，蔡枢衡出版了《中国法律之批判》，伍启元着重研究政策问题中的价格问题，杨西孟则研究昆明教授的生活消费。
3.理工科方面的研究
战前，清华的理科拥有良好的工作环境，师资和设备都很好。联大时期，受限于设备和材料的匮乏，实验科学受到的影响较大。尽管条件艰苦，教师们分工合作，开设特色专业课，也有一些研究成果达到当时的国际先进水平，在数学、物理学、地质地理气象学、生物植物学、农学方面都取得了世人瞩目的成就。
算学系教师发表了至少127篇论文，多篇达到国际水平。华罗庚在简陋的小楼上写了20多篇论文并完成了第一部数学专著《堆垒素数论》，陈省身结合微分几何与拓扑学的方法，完成了两项划时代的重要工作：高斯-博内-陈定理和Hermitian流形的示性类理论，为大范围微分几何提供了不可缺少的工具，成为现代数学的重要组成部分。
联大时期物理系开展的研究主要是纯理论科学方面的，内容涉及了广义相对论、湍流理论、核物理、X射线吸收、生物物理等多方面，所发表的论文集中于理论物理领域，包括周培源的湍流理论研究，王竹溪的统计物理学和热力学等。同时，教师们克服图书仪器缺乏、实验条件受限等实际困难，尽可能地开展实验研究。吴大猷教授自行设计实验器材，使用简陋的分光仪研究拉曼效应，他在抗战期间写下的《多原子的结构及其振动光谱》一书，直到80年代都是这一领域全世界各研究机构普遍采用的标准手册。据不完全统计，物理系师生在国内外的学术期刊上共发表了论文108篇（不包括联大师生出国攻读学位时发表的论文和学成回国前在国外发表的论文），其中刊载于国外期刊上的论文共50篇。
联大理工科的教师们积极以科研成果支援抗战事业，直接服务于政府的军事需要。以清华特种研究所为例，共设立5个应用型学术研究机构，分别是农业研究所、金属学研究所、无线电学研究所、国情普查研究所和航空研究所，抗战期间重点加强与国防有密切关系的学科的研究，不断推进学术研究，培养学术人才。研究所设在昆明大普吉，逐渐发展成为当时远近闻名的学术研究与交流中心，对战时科学技术的发展起了极大的推进作用。
无线电研究所研制成功了中国的第一个电子管，金属研究所在制造真空管、设计及制造通讯机器、训练通讯军官、为矿务局及兵工厂冶炼合金等方面提供技术支持，并协助美国盟军举办无线电探空仪训练班，其中余瑞璜关于金属及合金之X-射线研究的成果，仅1941年至1943年发表于英国《自然》周刊的论文就有8篇。
农业研究所的植物生理组提炼加工用于机器的润滑油，分离制造出工业重要原料丙酮及医药必需品乳酸菌，承担了调查及计划改良中国军队之膳食及营养的任务等，还在云南经济植物、植物病害、抗病育种、昆明地区作物虫害等方面进行研究，对单细胞生物进行纯理论研究方面均取得较好成果。
国情普查研究所以云南昆明环湖地区一市四县为实验调查对象，运用现代人口普查方法，搜集、整理我国人口相关问题的材料，并整理出版了调查报告，为全国范围的人口普查进行了有益的尝试和探索。
为服务于战时需要，航空研究所在艰苦的条件下建造了中国第一个航空风洞，进行了改良机型的研究试验和空气动力学、高空气象学、结构材料等方面的研究，编译了《应用空气动力学》《气动力学概论》《飞机材料学》《理论气象学》《兵器学》等多部大学教科书及参考书，同时完成《中国空军烈士传》《降落伞部队》《炸弹的威力》《防空壕洞》《战争机械化》等普及航空常识的通俗读物，发表了论文和研究报告108篇。
如果说联大造就的人才和对国家的贡献很难用数字来表达的话，它能在当时“维持一个学术的水准，它确实能维持着优良的研究学术的作风，而始终未尝低落或向坏的方面变更，这水准使中国在艰苦的战争中仍然在国际上博得不少声誉，这作风保证了中国学术进步的可能”。
1941～1946年间，国民党政府教育部“就本国学者之发明及美术制作”先后进行了六届学术奖励活动，本着宁缺毋滥的原则严格审选，其中西南联大教师获奖甚多，联大教师在前五届评审中所获33项奖励，占六届评选出的所有奖项（包括受奖助者在内共330项）的10%，其中一等奖8项，占整个一等奖奖项（共14人获一等奖）的57.1%。具体情况见表3.4。
表3.4 1941～1946年西南联大教师获教育部学术奖励情况统计
续表
资料来源：根据张思敬、孙敦恒等主编的《国立西南联合大学史料（三）教学、科研卷》（昆明：云南教育出版社，1998年）第756～769页内容统计制作。