（二）学术自由
学术自由之所以成为一流大学基本的学术活动价值准则，是因为思想自由与否直接影响学校的学术生态，决定了从事学术活动的人基本的精神生活环境，影响大学的知识创新和文化使命，从而影响学校的生机活力和创造力。直至今日，倡导和坚持学术自由的方针依旧是高等学校学术发展的根本保障。
一般认为学术自由是指学术共同体成员，无论个人或集体，通过探查、研究、探讨、记录、生产、创造、教学、讲演以及写作而追求、发展和传授知识的自由。它包括教和学的自由，前者如教师发表和讨论学术意见的自由，后者意味着学生可以根据自己或得自他人的观点选择课程和教师的权利。联大的学术自由体现在不同的教师都有机会表达自己的见解。当时的社会环境下，有的学者认为危机深重的国家已经承受不起混乱无序和优柔寡断，而思想自由是造成困境的导火索，也有教师认为，在一个动乱而不确定的时代，教育者的职责是指导学生思考，毕竟，宣传灌输并不是真正的教育。所以，培养学生辨别和选择能力至关重要。
西方大学在走出中世纪的阴影后，“探讨的自由”在启蒙运动中被广泛接受，逐渐成为德国大学的核心观念之一，经蔡元培的传播，以“兼容并包”的形态出现在中国。从联大教师的受教育背景来看，超过80%的教师都有赴欧留学或北美深造的经历，同时他们中的很多人也保留着传统教育所留下的中国士大夫文化的痕迹，相较于专制和独裁，整个教师群体对“自由”的理念显然更加认同。
从大的社会和时代背景上来说，费正清认为当时中国大学面临的是这样的局面：一方是具有经济后盾，大权在握的国民党和教育部，另一方是决心维护他们所接受的美国学术自由传统的大学教授，双方针锋相对，势均力敌。
当时，在旧体制废墟上建立起来的中国高等教育，在发展模式等方面尚在广泛学习和思考争论的过程中。军阀混战的民国时期，教育部既希望提高教育质量水平，也希望借教育之名，行政治之实，加强对高校的控制。教育部通过课程改革实现中国化，颁布官方制定的基础课课程表，试图实现标准化。除了课程设置外，后来又增加了对教科书、课程纲要和毕业统考的要求，同时通过对教师聘用和等级的控制，对休假、留学等方面也进行了控制，直接触及教授的利益，教授职业不再是“自由”的，而是沦为政府的雇员。这里我们不讨论这些措施在特定历史条件下的必要性和可行性，但是可以想见这些政策对学术自由产生的影响，也可以想见这些政策推行过程中联大教师的批评和反抗。
为了落实通才教育的目标，联大广泛开设选修课课程，一方面对教师的学术研究和课程开发是激励和挑战，另一方面也能通过提供更多的可能性，帮助学生有机会根据自己的选择“自由”地建构自己的知识体系。选修制在学校的层面保障了学生学习的自由，在课程实施的过程中，学术自由保障了教师“教”的自由。联大教师的教学风格各不相同，有的干净利落，每节课自成段落，笔记记得好就是一篇文章；有的重在启发诱导，事先指定参考书，提出思考题，由学生作好准备，上课时边讲边议；有的只是重点指出课程中较难的或是历来争议较多的地方，举一反三，旁征博引，从方法上引导学生入门。因各自研究心得的差别，由几位教师同时开的课程常常具有不同的特点，各有各的思想和观点，各有不同的讲法。例如讲授“中国通史”时，孙毓棠侧重于经济，雷海宗侧重于文化史，吴晗则侧重于典章制度。这几个方面纵横交错，构成了一部完备的中国历史。教授高年级和研究生课程的老师除了在课堂上系统讲授之外，往往还增加时间组织讨论会（“习明纳”seminar），开展民主讨论，由参加者根据兴趣认选有关题目，准备好发言提纲或写好论文在讨论班上宣读，然后大家发言，或提意见，或做补充，各抒己见，相互启发。教师则鼓励学生钻研问题，从讨论中抓住某些关键的问题及时引导，使讨论步步深入或引申到其他问题或其他领域。本着学术自由精神，学校的管理者尊重每位教授，既不强求一律，也不厚此薄彼。
从上述教学工作状况我们可以看出，西南联大在实施通才教育的过程中，教师们可以按照自己认定的学术准则来选择教学的内容与方法，而学生们则有选择自己感兴趣学科、发表自己意见与看法的自由，这二者就是我们通常所说的教学自由与学习自由，也就是通常意义上的学术自由。由于联大在管理中保持民主的作风，在教学的过程中充分体现学术自由的原则，与重庆政府的有关规定产生冲突在所难免，在道德训育课程、军训课程甚至校训的选择等方面都有体现。联大对教育部的一些规定只是被迫做出一个姿态，后期更是成为顽强反抗重庆政府的民主壁垒。以至于有的研究者甚至认为联大的办学经费何以如此拮据，是一个值得研究论证的问题。
1939年8月至1940年5月，教育部曾颁布各大学共同必修科目表，各系必修课程表，部订教材以及学生成绩考核方法等。诸多的硬性规定激起了联大师生的反感。在1940年6月由教务长主持，全体教授参加的一次教务会议上通过了一封致常委会的公函——《西南联合大学教务会议就教育部课程设置诸问题呈常委会函》。经梅贻琦改动了很少的一部分后抄呈教育部并最终得到了教育部的默许。这份著名的呈文主要根据教授们的发言拟成，列举了大量事实，据理反驳教育部规定不当之处，指出：
1.大学为最高学府，包罗万象，要当同归而殊途，一致而百虑，岂可以刻板文章，勒令从同。世界各著名大学之课程表，未有千篇一律者，即同一课程各大学所授之内容亦未有一成不变者。惟其如是，所以能推陈出新，而学术乃可日臻进步也。……今教部对于各大学束缚驰骤，有见于齐，而无见于畸。
2.教部为最高教育行政机关，大学为最高教育学术机关，教部可视大学教学研究之成绩，以为赏罚殿最。但如何研究教学，则宜予大学以回旋之自由，律以孙中山先生权能分立之说，则教育部为有权者，大学为有能者，权能分职，事乃以治。
3.教育部为政府机关，当局时有进退，大学百年树人，政策设施宜常不宜变。若大学内部甚至一课程之兴废亦须听命于教部，则必将受部中当局进退之影响，朝令夕改，其何以策研究之进行，肃学生之视听，而坚其心志。
4.师严而后道尊，亦可谓道尊而后师严。今教授所授之课程，必经教部之指定，其课程之内容亦须经教部之核准，使教授在学生心目中为教育部一科员之不若，在教授固已不能自展其才，在学生尤启轻视教授之念，与部中提倡导师制之意适为相反。
公函最后强调，“本校承北大、清华、南开三校之旧，一切设施均有成规，行之多年，纵不敢谓为极有成绩，亦可谓当无流弊，似不必轻易更张……”全文义正辞严，表达了联大的教授们对教育部措施的不满，也集中地反映了西南联大的办学理念。可以说，在学术自由这个问题上，“从教授的自由流动到教授治校，从合理抗议政府到支持学生运动，从视学术自由为生命到为自由而关心政治，这些今天看来很抽象的东西，在当年的西南联大都有实实在在的体现”。