政策的提出与执政党内的协商过程
所谓政策决策“乃是一种过程，即指决策者为达到想象中未来事务的状态，从社会所限制的各种途径中，选择一个行动计划的过程”[44]。从制度规定性角度而言，日本的政策形成主要由国会、内阁和执政党来共同参与完成。然因自民党长期“一党优位制”的政治现实，使其可凭借自身在国家政治与行政上的主导地位及在国会中的优势条件，使得包括行政上的政策决定与法律上的立法过程在内的国家的政策决定过程呈现出两大特色：一是自民党事实上架空了依宪法和法律而存在的制度化的国家的政策决定过程；二是作为自民党自身政策形成能力的一个重要体现，国家的政策在很大程度上是由自民党政党意志转化而来的。因此，自民党内部组织化的领导和决策体系被称为日本“实质的政府”。[45]
在政策提出阶段，党属议员并不直接参与某项政策的纲要制定过程中，一般而言这些均是以省厅下属的各课为单位，由课长或课长辅佐级别的中坚官僚来制定。纲要制定完成后自民党不会直接提交国会，而会进行所谓的党内“事前审查制”，即政策纲要首先要经过政调会的非公开审议，并对不同意见加以协调，然后再由总务会加以定夺，形成一致的党的政策意见后，以法案的形式提交国会。若无法做出决定，则无法作为法案提交到国会当中。[46]由是观之，自民党国会议员参与决策是由政调会开始的，其在党内环节的折冲樽俎，是以政调会为舞台而进行的。
自民党的领导层，总裁以下是由干事长、总务会长和政调会长组成的“党三役”。[47]“党三役”是以本党的方针为基轴、致力于将其变成日本政府政策的主要决策人。因此，他们对国政的影响力是十分巨大的，其重要性堪比内阁阁员，甚至尤为过之。其中干事长在党内序位第二，是党务的实际责任者。[48]总务会是自民党最终意志的决定机关，而政调会的主要工作是“协调及研究自由民主党采用之法案，以及立案等工作之政策机构”。[49]两者的职能，前者如美国参议院的全体大会，后者如美国参议院的委员会。[50]
自民党采纳的政策法案必须先经过政调会的审议，因此政调会内与各省厅、众参两院的常设委员会相对应，分别设置了许多“部会”、“调查会”、“特别委员会”。如在外交方面，政调会中设置外交调查会、外交部会、对外经济合作特别委员会，而与安全保障问题相关联的，有安全保障调查会、国防部会、基地对策特别委员会。通常而言，自民党所属国会议员在众参两院参加哪一常设委员会，则自动成为政调会的相关联的部会委员（如众参两院社会劳动委员会委员→自民党政务调查会社会部会员）。[51]如此一来，部会实际上与国会中的常设委员会，不仅在组织上形成了对应关系，而且在人员上形成了互通的关系。由于各部会与各省厅形成相互对应的关系，而且部会负责人多由该省厅出身者担任，这样部会与各省厅的关系也很容易打通。部会与各省厅和国会各常设委员会的关系表明：在以自民党为核心形成的政策决定过程中，国会、政党和政府（官僚）实际上是相通的，具有明显的一体化倾向。[52](https://www.daowen.com)
政调会在审议各项法案时，原则上以“全场一致”为原则。然而，自民党内部因派阀众多，议员在政调会部会中的折冲樽俎，基本上是体现了不同派阀的政治诉求。因为“全场一致”的原则，只要部会员中有一人对法案提出异议，则交付审议的法案要去的部会同意就会比较困难。因此，各省厅在向政调会部会提出法案之前，会事先了解可能反对的部会员，并借所谓的“根回し”做好事前协商的工作，向该部会员做详细说明，用心争取法案能照原案通过。这实质上一方面是各派阀之间不断进行非正式的意见磋商，另一方面是各省厅制定相关法案的官僚根据自民党政调会内部磋商的结果，对原案进行修正，直至政调会内部的磋商取得“全场一致”为止。在这一过程中，多数都是以不可见的方式在官僚集团、党内的委员会间和永无终止的非正式磋商中谈判解决。
过了部会审议的阶段，虽然还要交政调审议会审议，并经过总务会的讨论、审议后方能成为正式的党的政策或决议，但这后面的几个步骤，仅是一种形式或必要的程序而已。党属议员必须统一步调支持该决议，并在国会审议中按照党的意愿投下赞成票。可见，政调会部会是利益协调的最前线，是自民党协调不同派阀利益的重中之重。[53]
在自民党一党单独执政时期，这时法案即可提交国会了。但在自民党与其他政党组成执政联盟的时期，政策制定的程序则显得稍有不同。首先，无论法案是阁法还是议员法，均必须提交执政党政策调整会议事务局登记，然后由执政联盟组成的不同省厅政策调整会议或有关课题调整会议进行审议、协调，其后再提交执政党院内总务会审议、决定，经执政党责任者会议批准后提交国会审议。
这其中不同省厅政策调整会议和课题政策调整会议是执政联盟的基层决策机构，相当于自民党的政调会部会。各省厅制定的有关法案提交给这两个机构审议的同时，各执政党的决策机构也在审议该法案。如自民党仍然是按政调会部会、审议会、总务会的顺序审议有关法案，各级决策机构提出的意见将通过本党的代表反映到执政联盟联合决策机构中去。当执政联盟中的各党分歧实在过大，一些政策不得不提交执政联盟最高首脑会议或政府执政党首脑联席会议这一可以做出最终决定的唯一机关来解决。[54]而“全场一致”的原则在这种情况下依旧被视为行事准则，因此这一过程中也充满了不同党内派阀与执政联盟之间的非正式的谈判与磋商。