“政治三原则”与“贸易三原则”的提出
中国推动与日本的民间贸易，目的是“民间先行，以民促官”，积累渐进式地实现邦交正常化，但同时也考虑日本面临的客观事实，在四次民间贸易协定谈判过程中，对来自政府方面政治上的保证并未做特殊要求。然而“长崎国旗事件”的发生，促使中国政府改变想法，认为若不能在政治上进行定位，获得政府的政治保证，一方面签署的民间贸易协定容易遭到各种干扰，不能按时完成协定的各项内容，另一方面也容易在操作中陷入事实上的“政经分离”。因此，伴随着“长崎国旗事件”的发生，中国随即于同年6月在政治上定了调，这便是日后所谓的“政治三原则”。它最初是以中国政府提出的“中日关系正常化三原则”的面目出现的，即：（一）不执行敌视中国的政策；（二）不参加制造“两个中国”的阴谋；（三）不阻挠中日两国关系正常化。[19]
1958年7月下旬，日本社会党为了探询恢复中日贸易的条件，决定派该党社会局长、参议员佐多忠隆访华，探听“经济绝交”之后恢复中日贸易关系的条件，以便向岸内阁进行传达。
对此，周恩来指派廖承志与佐多进行会谈。廖首先指出中日经贸往来中断的责任完全在于岸内阁，要打开中日关系，日本政府就要公开保证遵循中国提出的“中日关系正常化三原则”。
至于“长崎国旗事件”，廖表示日本政府必须派政府代表往肇事现场，在原处重新悬挂中国国旗，对于肇事者当按侮辱国旗之罪，施以应有的惩罚，此外岸内阁还必须派遣正式代表团赴北京道歉。
廖还强调表示，岸内阁必须停止制造“两个中国”的阴谋，且要声明日本政府愿同新中国恢复正常关系并为此做出努力，在完全履行上述事项之后，日本政府可派代表团来北京就今后问题进行商谈，该声明应当文字确凿，一字不差。
廖进一步强调说，这是代表中国政府发表的正式见解，也是最终态度。佐多问是否可以放宽条件，廖回答：不允许后退一步，不接受订正和修改。
佐多询问，如果岸内阁不接受上述条件怎么办？廖回答说：
贸易毋庸置疑，将继续中断各方面的交流，其责任在日本的岸政府，10年也罢，20年也罢，时间问题的决定权也在岸政府手里而不在中国方面。
佐多又询问在实施中国提出的政治三原则之前，能否派遣日本政府代表来华商谈？廖则断然予以拒绝：
履行条件之前，无论是日本政府代表，还是民间代表，我们均不与其进行任何形式的对话。我们知道，即使在保守党内部，也有贤明之士希望访华，但是现在此事已被岸政府利用，反而会影响他们的政治生命，又被作为中国的示弱加以利用，因此，不能承诺其来访。迄今为止，日本政府通过数国的驻外使领馆斡旋，试图制造与我们对话的机会，均遭我拒绝。
佐多担心地说，遵照中国提出的条件，无异于岸内阁的自我毁灭，其结果会否愈发将岸推向美国一边？廖回答，岸是一如既往地向美国一边倒，中国已经对岸政府不抱幻想。[20]
回国后，佐多将中国方面的意见进行了归纳，写成“佐多忠隆报告书”，并向岸内阁做了传达。
（一）终止日本对北京的敌视政策；
（二）日本停止参与“两个中国”之阴谋；(https://www.daowen.com)
（三）日本政府停止阻碍日本人民使东京、北京外交关系正常化之努力；
（四）对长崎扯落旗帜事件，采取适当步骤；
（五）保证努力恢复正常关系；
（六）派遣日本政府代表团前往北京。
关于“长崎国旗事件”，佐多忠隆转述北京要求如下：
（一）日政府派一正式代表团前往长崎，在那里悬起中国国旗；
（二）对扯下旗帜者，依侮辱国旗例处罚；
（三）派正式代表赴北京，为扯旗事件道歉。[21]
佐多报告中的前三条，日后被精简为“日本政府保证不再发表敌视中国的言论；不参与制造“两个中国”的阴谋；不阻挠两国民间正常关系的发展”，即著名的“政治三原则”。之后，无论是接待来访的社会党代表团，还是对前首相石桥湛三和自民党顾问、众议员松村谦三，中国均多次强调了“政治三原则”是中日重开往来的先决条件。
1958年8月29日，日本政府对“佐多忠隆报告书”进行研判，认为中国提出的六项条件，完全办不到，并指责此条件无异于要日本完全投降。[22]与此同时，自民党还召开大会，认为“对华发展经贸关系始终应该停留在民间层次，社会党的动向属于经贸问题政治化”[23]，因此自民党正式决定脱离超党派的“日中促进贸易议员联盟”，这导致日中议联陷入了分裂状态。如前所述，成立于1949年的这个日本国会超党派团体，到1957年时，有300多名朝野不同政党的国会议员参加，人数几乎占全体国会议员的一半，会员遍及日本各大中城市。但由于“长崎国旗事件”的发生，两国贸易停止，自民党国会议员从联盟退出，其活动也处于低迷状态，整个60年代几乎未向国会提出过一个决议。[24]
“长崎国旗事件”后，由于政治原因，中日经贸往来被中断，这对很多日本中小企业，特别是原材料需要从中国进口的行业而言不啻是灭顶之灾。因此，中国为体现将日本政府与日本人民分开的精神，作为将高度的原则性与灵活的实践性相结合的做法，在提出“政治三原则”之后，又提出重开两国经贸往来的“贸易三原则”。
“贸易三原则”的主旨最早是1960年8月27日，周恩来在接见来华访问的日中贸易促进会专务理事铃木一雄时指出的。周恩来首先重申了“政治三原则”，然后他指出今后中日之间一切协定必须由双方政府缔结，才有保证，因为过去的民间协定，日本政府不愿给以保证。至于政府协定，总要在两国政府向着友好方向发展，并且建立起正常关系的情况下才能签订，否则不可能签订。关于两国政府的关系，还是坚持过去中国说过的“政治三原则”；至于协定的签署，可以在条件成熟的时候签订民间合同；针对日本一些中小企业有特殊困难，则可以予以照顾。9月10日，周恩来在接见日本社会党国会议员穗积七郎，日中友协常务理事、参议员吉田法晴等人时，将他在接见铃木一雄时关于中日关系和中日贸易问题的谈话记录交给穗积七郎等，并将之归纳为“贸易三原则”，即：（一）政府协定；（二）民间合同；（三）个别照顾。[25]
“政治三原则”与“贸易三原则”的提出，诚如周恩来所说的那样，“过去中日双方曾经搞过民间团体协定，想通过民间协定来发展中日贸易。经过岸信介政府这一时期，证明这种做法行不通。岸信介不承认、不保证民间协定的实施，并且采取敌视中国的政策来破坏它。我们不能容忍这种行动，只好将中日贸易来往停了两年多。”[26]可以想见，正是由于“长崎国旗事件”的发生，促使中国提出中日应该在一个政治框架中开展民间经贸往来，即两国之间的民间经贸往来应该得到政治上的保证。因此，从该意义上而言，“长崎国旗事件”虽然直接导致两国间的经贸往来停止了两年多，但也正是该事件促使中日两国对过去的贸易形式进行反思，并最终在1962年成功地签署了LT贸易。