关于MMN的产生机制和心理生理意义有两种假说:记忆痕迹假说和不应期假说。记忆痕迹假说认为,标准刺激的多次重复使其物理特征精确地留在脑内,成为记忆痕迹,每一个输入的听觉刺激都自动与之比较,如果偏差刺激出现在记忆痕迹持续时间(5~15s)内,神经会登记和编码差异,从而产生MMN。目前多倾向于记忆痕迹假说。