如备案合同与标后合同、标前合同发生矛盾，怎么处理
案例简介
A公司是发包方，B公司是承包方，B按照约定进入A的综合楼工程工地进行施工。同年A、B签订《建设工程施工合同》，其内容为：本工程为B垫资工程，按实结算，实做实收，按工程总价优惠10个点，工程结算以本合同为准。该市城乡建设监察大队对未经招标的该工程进行了处罚，A即委托B在该市招投标办公室补办了工程报建手续，双方所签合同已经备案。诉讼中双方持有的合同，内容区别在于有无31条，该条内容为：由B包工包料承包A综合楼工程，A按工程进度向其支付工程价款。工程施工到正负零时，A向B首次支付已完工程量90%的工程价款。正负零以上工程，由B每月28日报告当月工程量，经A审核后在次月5日前将上月所完成工程量价款90%支付给B。若A不能依约支付工程款项，应赔偿因违约给B造成的损失，并支付逾期付款利息。A、B双方就按哪一合同进行结算发生争议，遂B向法院提起诉讼，要求A按照备案合同支付相应的工程款。
A与B双方签订的经该市城乡建设委员会备案的建设工程施工合同，系双方当事人真实意思表示，该合同内容不违反法律、行政法规的强制性规定，应依法有效。审理中双方当事人持有的合同内容不同，但鉴于备案合同手续是由B办理，且法院对备案合同中有关31条内容到城市建设档案馆进行了核查，故对备案合同应予以认定并作为结算依据。判令A按照备案合同向B支付拖欠的工程款（包括逾期利息）。
原理及观点
建设市场上，施工单位的数量急剧增加，竞争异常激烈。为了揽到工程，施工单位往往会接受建设单位提出的过分要求，甚至约定工程价低于成本价。因此就有了“黑白施工合同”，又称“阴阳合同”，这是指建设工程施工合同当事人就同一建设工程签订的两份或两份以上实质性内容相异的合同。通常把经过招投标并经政府有关部门备案的施工合同称为“白合同”；把实际履行的对“白合同”中实质性内容进行了重大变更的施工合同称为“黑合同”。实务中，当事人签订“白合同”，无一例外都是为了应付有关部门的监督和检查，而不是为了实际履行，双方实际履行的都是“黑合同”。两份合同的效力如何？当事人应当按照哪一份合同履行？
《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》（简称《最高院施工合同纠纷司法解释》）第二十一条规定：“当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。”
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足以说明最高人民法院“统一采信白合同”的态度，但如果因“黑白合同”实质条款不一致而引发纠纷，承办法官不能准确理解和适用《中华人民共和国建筑法》、《中华人民共和国招投标法》及《中华人民共和国合同法》等现行相关法律法规，而是依据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条，在证据采信上简单认定“白合同”有效、“黑合同”无效，统一适用中标备案合同，便有可能认定了当事人的虚假意思和表示，导致少数法官机械适用司法解释而错误裁决案件，既不符合市场经济契约自由的原则，也有违当事人私权自治的基本法治理念。因此各地对《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条中的“实质性内容变更”进行了明确的限定，若确有必要更改白合同中的非实质性内容，可以以补充协议的形式作出约定，双方当事人按照补充协议履行合同。
《北京市高级人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干疑难问题的解答》规定：“16、‘黑白合同’中如何认定实质性内容变更？招投标双方在同一工程范围下另行签订的变更工程价款、计价方式、施工工期、质量标准等中标结果的协议，应当认定为《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定的实质性内容变更。中标人作出的以明显高于市场价格购买承建房产、无偿建设住房配套设施、让利、向建设方捐款等承诺，亦应认定为变更中标合同的实质性内容。”
备案的中标合同实际履行过程中，工程因设计变更、规划调整等客观原因导致工程量增减、质量标准或施工工期发生变化，当事人签订补充协议、会谈纪要等书面文件对中标合同的实质性内容进行变更和补充的，属于正常的合同变更，应以上述文件作为确定当事人权利义务的依据。
《广东省高级人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件若干问题的指导意见》规定：“二、《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定的‘实质性内容不一致’主要指的是工程计价标准、工程质量标准等主要条款内容差距较大。建设工程施工过程中，当事人以补充协议等形式约定的正常的工程量增减、设计变更等，一般不认定为‘实质性内容不一致’。”
建 议
1.合法有效的补充协议的订立与处理：施工方在合同备案后，若根据实际情况，需要变更设计或调整规划等，导致实际工程量增减，质量标准或施工工期发生变化，应积极与发包方协商，并签订补充协议。对备案合同的内容进行变更及补充，双方就工程价款问题一定要达成一致意见并签订结算确认书。只要不违反法律的规定，结算书即有效，对双方都有约束力。
2.“黑合同”式的补充协议被动利用：避开与发包人的正面冲突。最后应以竣工结算书为结算依据。建议施工单位在签订“黑白合同”时，尽量争取签订计价方式明确、价款对己有利的“白合同”，签订的“黑合同”至少应符合己方的利益。